当《马关条约》约定将台湾割让给日本的条款传出后，全国愤怒，康有为率领1300多名在北京应试的举人上书，要求拒和、迁都、变法。清政府一些要员如张之洞等也都认为割地万不可行。台湾人民对于割台无不惊骇、痛哭、愤怒。台湾军民同仇敌忾，以自己的鲜血和生命为抵制割让台湾给日本进行了不屈不挠的斗争。
光绪二十一年（1895）四月二十一日，台湾绅民发表公告，发誓不服属于日本，坚决挽留台湾巡抚唐景崧及帮办刘永福率众抗日。二十五日台北罢市，宣布饷银不准运出，用于抗日。但清政府阻止人民反对割台，于四月二十六日下令台湾巡抚唐景崧率文武官员陆续内渡，并派李经方（李鸿章之子）为割台使，到台湾与日方办理割让手续。五月十日，割台大臣李经芳与日本“台湾总督”桦山资纪在基隆签订《交接台湾文据》。
为反抗日本霸占台湾，以台绅邱逢甲为首的台湾官民于五月二日宣布成立“台湾民主国”，推举唐景崧为总统，宣告自立。六日日军登陆。十二日，唐景崧微服潜回大陆，邱逢甲等台绅也相继内渡。
唐景崧、邱逢甲走了，台湾人民抗日斗争并没夭折。爱国志士徐骧、吴汤兴、姜绍祖与台湾帮办刘永福携起手来，共同领导台湾人民抗日。抗日烈火顿时熊熊烧起来，他们拿起武器，频频打击敌人。
武装保卫台湾战从五月下旬开始，首先在北部地区打响。五月二十日，日军进犯台湾新竹，徐骧、吴汤兴、姜绍祖和部分清军，在新竹痛击日军，杀伤大量敌人。次日，日军进攻大湖口，被吴汤兴部击退。三十日，新竹被日军攻下。闰五月十七日，义军分三路反攻新竹，姜绍祖牺牲，徐骧、吴汤兴突围，退至大甲溪、台中。
第二阶段斗争转到中部地区。七月七日，日军攻打台湾府城台，提督陈尚志战死。八日，日军猛攻八卦山，义军与日军激战，吴汤兴牺牲，吴彭年与其指挥的七星队阵亡。徐骧撤至台南。七月九日，日军进攻彰化。
十一日，刘永福率黑旗军收复大莆林。六月底，日军攻占苗栗，七月十四日台湾义军再克苗栗，日军退入彰化城。日军进犯大甲溪，遭到吴彭年和徐骧伏击，歼灭日军1000多人，刘永福军和义军也有很大伤亡。
由于台湾军民斗争声势浩大，日本援军到七月下旬达到七八万人。
八月中旬，日军进攻嘉义，义军和清军用地雷炸死敌人数百。日近卫师团长北白川能久受重伤，后来死去。
二十一日，日军占领嘉义，义军首领徐骧殉难。二十七日，台湾军民在嘉义西南的曾文溪与日军展开了最后一次激战，失败。余部退入台南，受敌三路夹攻。九月四日，台湾全境落入日军之手。二十一日刘永福乘英国轮船回到厦门。
刘永福黑旗军与义军，面对在数量上与装备上都占有优势的日军，毫无畏色。他们坚持抗敌五个多月，使敌人造成重大伤亡，加上病的伤的，一共有三万多人，充分显示了中国人民不愿当亡国奴，敢于与敌人血战到底的气概。他们的战绩鼓舞人心，永垂青史。
刘永福军与义军是在极其艰苦的条件下坚持斗争的。卖国的清政府免去了刘永福一切官职，不允许大陆人民支援他。甚至于刘永福派人募捐得来的经费都被清政府扣留。台湾的外国商人拒收刘永福发售的银票，日本派奸细与各国侵略者共同对反日斗争进行破坏。刘永福与义军失败，清政府罪责难逃。
台南失陷后，台湾的抗日斗争仍是前仆后继，此起彼伏，一直没间断。