随着1938年德国对奥地利的吞并，纳粹开始着手在奥地利北部城市林茨(Linz)附近修建集中营， 毛特豪森于1938年8月开始运转。整个营体被设计成老式堡垒风格，四周以石墙和高塔为主。众多的犹太人和来自奥地利、荷兰、意大利还有匈牙利的政治犯被囚禁于些，并被强制征为采石厂的劳动力。在二战期间，成千上万的苏联和波兰战俘也并囚禁在毛特豪森(Mauthausen Concentration Camp)从1939年1月至1945年4月大约有十万人左右死于此，他们中大多数是累死在采石厂，其他的是被枪毙或被送进毒气室。毛特豪森在1945年5月5-6日被美军第11装甲师解放。在头一年，带到毛特豪森的1100名囚徒是普通犯人，是一些被当作不合群、不适合在德国社会生活的人。此外，第三帝国的政敌也被带到毛特豪森，其中包括一些从达豪转来的政治犯。整个战争期间，毛特豪森主要用来囚禁在政治或意识形态上反对纳粹政权的人。
毛特豪森分为三部分：监狱区、办公区和党卫军住宅区。监狱区是毛特豪森的主体，又由三部分组成。囚徒住在一号营的20间棚屋之中。每间棚屋可容纳300名囚犯，但在大多数情况下会塞进600多人。有4间棚屋是检疫棚，新囚徒先要在此生活三星期，再搬入其它棚屋。二号营是工场，包含4间棚屋。从1944年初开始，它也用作检疫区。三号营建于1944年春，起初有6间棚屋。从1944年夏起，体弱多病的囚徒在遇害前会被带到这里。凶残的党卫军骷髅队负责看守营区。囚徒中有各种权力职位，例如营地老大、老大的副手以及营登记员。营地的工作由牢头狱霸监管，而营区则由各区老大、区登记员和寓所老大掌控。所有任职的囚徒都有特权。
第二次世界大战爆发前，毛特豪森与德国其它的集中营相差无几。德国囚犯被关押起来从事艰辛的苦役，但营地条件还不像后来那样残忍。战争一开始，毛特豪森的情况就变了。经过扩建，它既是集中营又是屠杀中心，接收来自德国和其它纳粹占领国的政治或意识形态方面的反对者。食物配给量日益下降，囚徒生活在拥挤不堪和肮脏的环境中。这导致霍乱和痢疾流行，拖垮和杀死了许多人。到1939年底，营地人口翻了一番，达到2666人。在1940年，抵达的囚犯人数呈几何级数增长。约11,000名新囚犯运抵毛特豪森，致使营地当局在营地附近建立了第一座附属营，这种附属营后来又建了好几座。在1940年抵达的囚犯当中有一群西班牙共和党人，他们是在弗朗西斯科佛朗哥将军赢得西班牙内战后逃离西班牙的。他们原在法国避难，未曾料到在1940年5月德国人入侵法国后会落入纳粹手中。
1941年，共有18,000名新囚徒抵达毛特豪森，其中包括营地的第一批犹太人，他们来自荷兰，于5月份抵达。其他新囚徒包括许多新来的西班牙人、捷克政治犯和4000多名苏联战俘。由于党卫军首领赖因哈德海德里希被捷克抵抗斗士杀死，作为报复，大多数捷克囚徒当年夏天就遇害了。苏联战俘单独住在名为俄罗斯营的棚屋之中。尽管有大量囚徒不断住进来，但营地的死亡率极高，到1941年底只剩下11,135人。在1942年，囚徒继续从荷兰、苏联、捷克斯洛伐克和南斯拉夫抵达。此外，新来的还有法国、比利时、希腊和卢森堡的流放者。在1943年，来自全欧洲的21,028名新囚徒抵达，其中只有少量犹太人。同年，8000多名囚徒死于毛特豪森及其子营古森。
1944年，大批新囚徒抵达。德国当局遂下令建造几座附属营来控制过剩人口。共有65,000多名新囚徒登记在册，这一年最高曾达到114,524人。1944年5月，毛特豪森接纳了来自奥斯威辛的大量遭流放的犹太人。这一年在毛特豪森死亡的犹太人高达3000人。1944年10月波兰华沙起义被镇压后，大批波兰人也于同年抵达毛特豪森。许多波兰学生和地下成员抵达后很快就遇害了。1945年，近25,000名新囚徒来到毛特豪森，其中有一群来自匈牙利的犹太囚徒，他们之前关押在奥地利-匈牙利边界的营地中，被迫修建防御工事。随着作战前线日益逼近，他们的营地被腾空，囚犯们徒步前往毛特豪森，许多人在途中死去。关押在毛特豪森的犹太人比其他囚徒受到的待遇要差得多。他们被迫在子营挖地道，用作地下军工厂，纳粹期望他们以常人难以忍受的飞速完成。约一个月后，犹太工人体力透支、精疲力竭，几乎难以挪动。
1945年5月3日，一队来自维也纳的警察接管了营地的保安工作。次日，营地的所有工作停止了，党卫军官员也离开了。5月5日，美国军队抵达，营地获得解放。共有199,404名囚徒曾囚禁在毛特豪森。约119,000人死于恶劣的环境、精疲力竭、营养不良和过度劳累，其中包括38,120名犹太人，还包括至少5名中国人。2003年5月11日，毛特豪森集中营旧址举行了中国遇难同胞纪念碑揭幕仪式，深色的大理石纪念碑上镌刻着：“纪念在此集中营遇难的中国同胞”。此外，在1941年8月到1942年10月，以及在1944年4月至12月期间，体弱多病和不合需要的囚徒被带到附近的哈特姆城堡，在那里的毒气室中遇害。现在毛特豪森被改造成了纪念馆供后人参观。