有关“三王”、续顺公及所部是否隶入八旗问题，历来受到忽略。这不仅是历史资料的记载本身便不十分明确甚至错误，也是因为清初统治者对这部分人实施的笼络和利用政策较为独特、复杂，使目前的研究或很少注意，或将错就错，含糊其辞。致使在清初满洲贵族对待汉人降兵降将的政策、策略的评价方面；在清初兵力、兵制、八旗制度，尤其是汉军八旗的研究方面；以及在清初平定全国反抗和三藩成因等方面的研究都难以做出深入细致、较为科学的结论。
在清代有关传记文献中，关于三王及续顺公等是否加入汉军旗籍的问题，一般是肯定的。如在较权威的《清史列传》本传中记有：崇德七年，孔有德隶汉军正红旗；耿仲明隶汉军正黄旗；尚可喜隶汉军镶兰旗；沈志祥隶汉军正白旗。后之史籍中有关四人旗籍多沿此说，例如在《清史稿》四人本传中所记全同是说。
但在清代其他一些文献中，如《清实录》及《八旗通志初集》、《清朝文献通考》等，却没有比较清晰肯定的记载，多是比较含混，甚至有些记载还出现前后矛盾的情况。因此，关于“三王”及续顺公的旗籍，包括其属下的隶旗等问题，便众说纷纭，分歧很大。清人魏源在其《圣武记》中言：“凡孔、耿、尚三王之天ｙòｕ＠兵、天助兵，皆入八旗”。基本沿《清朝文献通考》说。五十年代，孟森先生经过研究认为：此说不尽合事实，“当其为天ｙòｕ＠、天助等军名，即是未能变更其组织、而消化其界限。至三藩既平，而后就其力屈受编者，编为汉军”。续顺公及其属人亦是如此。孟森先生似乎认为三王及续顺公本人也是在这个时候才入汉军旗的。目前另有一议，认为三王及兵确不曾入旗，但续顺公沈志祥及所部是确实在崇德七年编入汉军旗内的。我们认为这几种说法均不尽符合历史实际，且出入很大。
三王之降与汉军建立的关系如何？《圣武记》认为：“自尚、耿、孔携来大军，乃编为天ｙòｕ＠①、天助二军，遂附益之而成汉军八旗。”目前又有一说认为：八旗汉军之最后组成，其始创必从三王来归谈起，与之“有着十分密切的联系”。两说虽不尽相同，但都肯定汉军始创与三王来归的关系。其实际并非如此。
天聪七年五月，孔、耿率属下官兵３６００余人降后金；天聪八年正月尚可喜率官兵５５００余人降，皇太极对此十分重视，给二人以隆重的接见和优厚的待遇。事实上，早在天聪五年正月汉军旗即已编立，时只有一旗，由佟养性总统。在孔、耿等来降前，汉官宁完我等便建议皇太极将这些降将降兵“收入我汉兵营中，其伊之大小头目照依我汉人一样分置部伍，置立将帅。”甚至建议将“新附之兵”“令八固山分养，使各触目儆心知我金国之法，听其调用，此抚养之一策也”，担心这些人聚群闹事。但皇太极既没有将这些人编入汉军，也没有将他们分隶满洲旗下，而是仍令孔、耿、尚二人自领其旧部，“号令、鼓吹、仪从，俱仍其旧。”天聪八年三月，皇太极谕孔、耿二人曰：“旗纛乃二军眼目，不可不加分别，若用他色，恐与八旗旧纛相同，尔等之纛当以白镶皂，尔等所属营兵之纛亦以白镶皂。如此，则采章有别，不致与八旗相淆。至于饰画之处，任从尔便。”谕尚可喜曰：“将军纛色，当于皂旗中用白圆心为饰，以为识别。”这里明确说三人之兵不与八旗兵相混。且当时汉军一旗，纛色为“纯皂”（黑），也与其完全不同。不久，又命孔、耿之兵为“天ｙòｕ＠兵”；尚可喜兵为“天助兵”，使其于八旗与汉军之外自成两军。皇太极这种另立两军的用意首先就是为稳定这些降将降兵的军心，既可以使其避免分隶旗下而激化民族矛盾，又可使其感到有信任，受重用，收自将亲领，感恩戴德，效力疆场的实效；其次，当时皇太极正想集权，新附之人不分隶旗下而直接听命皇太极的指挥，正可收到扩大巩固汗权之效，同时多几股新势力也可分八旗旗主之权；第三，时皇太极急欲缓和辽东地区满、汉民族矛盾，并逐步开始对明政府控制区的军队、汉人展开攻心之策，于是，崇德元年，晋封孔、耿、尚三人为“三顺王”。一“顺”字既可窥见皇太极树“招徕”榜样之用心，又可见使其“效忠皇帝”之意。当时，只有各旗旗主可称和硕贝勒（亲王），早降的佟养性等汉军统帅亦未得享如此殊荣。此三人差不多可以相当于一旗之主的地位。因此，从天聪五年汉军一旗成立至崇德二年七月汉军分置两旗，其间１１年，虽然有孔、耿、尚等降军归附，汉军仅以满洲家下汉人十丁抽一扩编一次，与三王等均无任何关系。说汉军始创与三王来归有十分密切的关系是毫无道理的，更何况三王来归晚于汉军始创。如果说由于“三王”等投降后金，受到不同寻常的礼遇优容，对瓦解明朝军心，对后来将明军降兵降将扩大编入汉军有相当大的影响，倒是事实。