夫九州之人，言语不同，生民已来，固常然矣。自《春秋》标齐言之传，《离骚》目楚词之经，此盖其较明之初也。后有扬雄著《方言》，其言大备。然皆考名物之同畀，不显声读之是非也。逮郑玄注《六经》，高诱解《吕览》、《淮南》，许慎造《说文》，刘熹制《释名》，始有譬况假借以证音字耳。而古语与今殊别，其间轻重清浊，犹未可晓；加以内言外言、急言徐言、读若之类，益使人疑。孙叔言创《尔雅音义》，是汉末人独知反语。至于魏世，此事大行。高贵乡公不解反语，以为怪异。自兹厥后，音韵锋出，各有土风，递相非笑，指马之谕，未知孰是。共以帝王都邑，参校方俗，考核古今，为之折衷。榷而量之，独金陵与洛下耳。南方水土和柔，其音清举而切诣，失在浮浅，其辞多鄙俗。北方山川深厚，其音沉浊而鈋钝，得其质直，其辞多古语。然冠冕君子，南方为优；闾里小人，北方为愈。易服而与之谈，南方士庶，数言可辩；隔垣而听其语，北方朝野，终日难分。而南染吴、越，北杂夷虏，皆有深弊，不可具论。其谬失轻微者，则南人以钱为涎，以石为射，以贱为羡，以是为舐；北人以庶为戍，以如为儒，以紫为姊，以洽为狎。如此之例，两失甚多。至邺已来，唯见崔子约、崔瞻叔侄，李祖仁、李蔚兄弟，颇事言词，少为切正。李季节著《音韵决疑》，时有错失；阳休之造《切韵》，殊为疏野。吾家儿女，虽在孩稚，便渐督正之；一言讹替，以为己罪矣。云为品物，未考书记者，不敢辄名，汝曹所知也。——北齐颜之推《颜氏家训·音辞》
颜之推文化素养在当时是很有分量的，还在南北朝多个国家做过官，对于语音是很有发言权的。他这段文字指出了方言差异是很古就存在的，《春秋》《离骚》等东周经典里就有体现各国方言的问题。他也指出，在他的时代方言也是很多的，会导致一些混乱。即便是学者在编辑有关读音的书籍时，也会多少渗透入自己的方言。颜之推认为当时比较具有社会优势的就是洛阳与南京音。需要指出的是，这个南京音是永嘉北方士人南渡带去的旧洛阳音，不是吴地的本地音。他还认为当时北方普通人的口音比南方普通人的标准，南方士族的口音比北方士族的标准，而北方阶层语言分化不大，南方士庶语言差距明显。在后来的文字里，颜之推还举了很多例子，批评他所认为的不正确发音，同时宣扬自己认定的正确发音。可见，虽然有千差万别的方言，读书人的心目中还是有一个较优较正确的”标准语“存在的。
事实上标准语的历史非常久远，孔子讲学就用所谓的“雅言”。当然了，语言是发展的，古代的“普通话”不等于今日的普通话，历朝历代的标准语相互之间也是有所不同的。
楼主问皇帝怎么跟下面人交流。跟皇帝讲话，当然也要极力学好皇帝所待见的标准音。这不光是为了交流方便，也是要符合双方的社会地位与文化修养，总不能在商讨国事时说街头巷尾的土话吧。即便是清朝北京土生土长的大臣也肯定不会用胡同语言跟皇帝说：“皇上您甭赏他了，您瞅他那大老爷们那怂样，他丫把不住边儿，除了吹牛逼还会做啥？”，肯定得讲文化人的语言才得体：“臣以为……”。事实上，在皇上面前说不好标准语是要遭笑话的，详见下文的例子。
需要指出一点：即便是同一方言内部，也会因说话人的文化水平、社会地位及语言心理而又有区分，西安交大中文系的教授所说的西安话和西安市郊区某镇某村的菜市场的农民所说的西安话肯定有区别，前者会更“官腔”更“文雅”一点，也离标准语更近。很多南方方言自古就有读书音和白话音之分，前者是官话渗透的结果，更接近官话，文化人普遍较好掌握文读，学习官话就更容易些。
能做到大臣的，大多经济条件、文化水平、个人智商都是较高的，所以基本不用担心他们不会说标准语。
可是，古代的社会交通通信不如今日发达，我们有理由认为，方言区士人们尽管能讲标准语，但是大多讲得多少带有口音，但总之基本不至于影响交流。但是个别臣子们，或是久居远州而方音过重，或是出身下僚而习于俚俗，说不好当时的“普通话”，于是给历代史书笔记留下了不少有趣的记录：
“谐之，豫章南昌人也……，上方欲奖以贵族盛姻，以谐之家人语傒音不正，乃遣宫内四五人往家教子女语。二年后帝问曰：卿家人语音正未?谐之答曰：宫人少，臣家人多，非唯不能得正音，遂使宫人顿成傒语。帝大笑。”——《南史·胡谐之传》
就是说南朝齐武帝想纠正某个江西大臣的口音，就派宫中人去他家做语言家教，结果过了一阵子，发现不但大臣家人没学会正音，反倒把派去的宫人带出了口音。
吾见王侯外戚，语多不正，亦由内染贱保傅，外无良师友故耳。梁世有一侯，尝对元帝饮谑，自陈“痴钝”，乃成“飔段”，元帝答之云：“飔异凉风，段非干木。”谓“郢州”为“永州”，元帝启报简文，简文云：“庚辰吴入，遂成司隶。”如此之类，举口皆然。元帝手教诸子侍读，以此为诫。——颜之推《颜氏家训·音辞》
这里说的是相当多的王侯外戚由于不重视认真学习，语音不是很好，遭到了梁元帝的嘲讽。梁元帝很重视发音的标准，所以亲自教孩子读音。
“侯思止出自皂隶，言音不正，以告变授御史。时属断屠，思止谓同列曰：“今断屠，宰（鸡云）圭、（猪云）诛、（鱼云）虞、（驴云乎）缕、（俱云）居不得（吃云）诘，空（吃）结（米云）弭（面）泥去，（如云）儒何得不饥？”侍御崔献可笑之。思止以闻，则天怒，谓献可曰：“我知思止不识字，我已用之，卿何笑也！”献可具以鸡猪之事对，则天亦大笑，释献可。”——《大唐新语·谐谑》：
武后时期有个大臣侯思止出身低微，语言很乡土，遭到崔献可的嘲笑。武后很生崔的气，觉得他不搞好团结。崔便模仿了侯的语音给武后听，武后听后也大笑。这段话说明唐朝时北方某些受教育程度低的人已经完全混淆了如/儒、猪/诛、米/弭等字（可对比文首颜之推文中的“以如为儒”），而文化人语言更古雅，仍能区分这些字。也说明在上层人士之间，语音不准是要遭笑话的。
刘昌言，泉州人。先仕陈洪进为幕客，归朝，愿补校官。举进士，三上始中第，后判审官院，未百日，为枢密副使。时有言其太骤者，太宗不听。言者不已，乃谓：“昌言，闽人，语颇獠，恐奏对间陛下难会。”太宗怒曰：‘我自会得’。——《青箱杂记》
有人劝宋太宗不要任用一个泉州人，太宗不听，于是那人最后说：“这泉州人说话口音太重我们听不懂。”太宗怒说：“我偏就听得懂。”可是后来：
“昌言奏对皆操南言，朕理会一字不得。”
可是闽南话它确实难懂啊……皇帝也没办法。
“宋《礼部韵略》起于闽人试“天道如张弓”题赋。时闽人赋云：“天道如何，仰之弥高”。闽人“何”读如“豪”，主试亦闽人，剧叹赏之。同事者以失韵为言，互争。上闻，以无官韵故也。”——《榆巢杂识》
宋代某闽人按照自己的方言，用“何”与“高”押韵，遭到批评。但是皇帝表示了宽容，毕竟当时缺乏“官韵”作为标准。古时闽音“歌/戈韵”（包括哥个多婆罗摩拖戈过等字）与“豪韵”不分（包括豪刀陶老猱骚熬等字），这两类音混淆全国古今都是很少见的，所以成了福建方音的一大特色，至今福建很多方言还有这种现象。下一篇也是类似的情况。
“绍兴间，有题《洞仙歌》于垂虹者，不系其姓名，龙蛇飞动，真若不烟火食者。时皆喧传，以为洞宾所为书。浸达于高宗，天颜冁然而笑曰:“是福州秀才云尔。”左右请圣谕所以然，上曰:“以其用韵，盖闽音云。”其词曰:“飞梁压水，虹影澄清晓。橘里渔村半烟草。今来古往，物是人非，天地里，惟有江山不老。雨巾风帽，四海谁知我?一剑横空几番过。按玉龙、嘶未断，月冷波寒，归去也、林屋洞天无锁。认云屏烟障是吾庐，任满地苍苔，年年不扫。”久而知为闽士林外所为。圣见异矣!盖林以巨舟仰而书于桥梁，水天渺然，旁无来迹，故世人益神之。”——《四朝闻见录》宋·叶绍翁著
宋代时在某景区出现了一篇匿名奇文，大家都猜测作者是仙人，而皇帝听说后，凭押韵（晓/草/老/我/过/锁/扫押韵，详见上段的注解）就判断出作者是同时代的闽人。闽方言在宋朝经常被黑（也热衷于自黑），类似的例子还有一些，不晓得现在网上某些人怎么有脸吹闽南话是唐宋正音的。
“高祖虽累叶江南，楚音未变”——《宋书》
也存在皇帝语音不正的例子。这是南朝的宋，刘裕本是徐州人，不讲高端的洛阳话也不讲高端的金陵话，是江北语音。
“刘真长始见王丞相，时盛暑之月，丞相以腹熨弹棋局，曰：‘何乃渹?’(注：吴人以冷为渹。《御览》卷二一引此条注“音楚敬反”)刘既出，人间见王公云何，刘曰：末见他异，唯闻作吴语耳。”——南朝宋刘义庆《世说新语》
王导不是皇帝，但是当时的王家事实上是撑起了东晋的半边天仅次于皇帝。王导作为北方人，为了团结江南士族，学起了吴语，在当时被看做奇事。
总结：
1、古代有明显的方言差别
2、体面人尽量说“普通话”，当然，今日的”普通话“离当时的已经偏离了很远
3、皇帝也拿某些人的口音没办法