华佗的医术，历来就是脍炙人口，他在东汉时便已经可以施用打开腹腔的外科手术，然后再使用针线缝合，和现代医术如出一辙。书曰：
病若在肠中，便断肠湔洗，缝腹膏摩，四五日差，不痛，人亦不自寤，一月之间，即平复矣。又有人病腹中半切痛，十馀日中，鬓眉堕落。佗曰：“是脾半腐，可刳腹养治也。”使饮药令卧，破腹就视，脾果半腐坏。以刀断之，刮去恶肉，以膏敷疮，饮之以药，百日平复。
在一千八百年前就可以进行脾脏摘除手术，足可见其医术之高明。
而他所发明的“麻沸散”，也是目前知道的世界上最早的纯中药手术麻醉剂，功效神奇，《三国志·方技传》：
若病结积在内，针药所不能及，当须刳割者，便饮其麻沸散，须臾便如醉死无所知，因破取。
可以使受术者在手术过程中竟如醉死，一无所知。
在罗贯中的《三国演义》中，有一段华佗为关羽刮骨疗毒的描写，说的是关羽在襄阳之战时为魏军毒箭所中，华佗为关羽剖臂刮骨，去除骨上剧毒，而关羽神色不变，尚在与人下棋。这一段写关羽之神勇，也同时描写了神医华佗的医技高明。
只是这一段其实是罗老先生杜撰的。关羽刮骨疗毒倒是真有其事，《三国志·蜀书·关羽传》有载：
羽尝为流矢所中，贯其左臂，后创虽愈，每至阴雨，骨常疼痛，医曰：“矢镞有毒，毒入于骨，当破臂作创，刮骨去毒，然后此患乃除耳。”羽便伸臂令医劈之。时羽适请诸将饮食相对，臂血流离，盈於盘器，而羽割炙引酒，言笑自若。
这里的说法是关羽一边在宴会上喝酒一边让医生为他疗毒，这件事如果按史实推断的话，当在襄阳之战以前发生，而不是如《三国演义》里说的那样是在襄阳之战时的事。其次，那位医生也不是华佗，而是关羽军中的军医。
在《三国演义》里，罗贯中为了突出曹操多疑的性格，将这件为关羽疗毒的功劳平白给了华佗，然后在后来华佗为曹操治头痛病的时候，提出要为曹操做开颅手术，曹操因此疑心大起，又联系起华佗为关羽疗毒之事，便怀疑他要谋害自己，遂将其下狱治死。
说老实话，以华佗的医技来治关羽的这个伤，应该可以说是杀鸡用牛刀，绝无问题。这里要说的是华佗的死因，绝非是像罗贯中在《三国演义》里说的那样，是要为曹操做开颅手术而为曹操怀疑要谋害自己，终于不幸殒身的。
历史上华佗死的原因在于他想做官从政。华佗原本出身士人，上面已经说了，他“游学徐土，兼通数经”，而后以医术精湛而名闻天下。但是，在汉代，套用句老话，还是“万般皆下品，唯有读书高”的。医生，在史书上归入《方技传》，绝无可能单列一传，从这个上面也可窥知一二。
华佗对自己的医生身份，一直是耿耿于怀深以为耻的。史曰其“然本作士人，以医见业，意常自悔”，所以，华佗时刻在寻找走上仕途的机会，遗憾的是，所有人都把他看做是一个好医生，而没有人把他看成是一个可以从政的士人。这个本来也无可厚非，如果让一个好医生舍弃了医生身份而去从政，实在有点可惜。而作为华佗，自己的理想是走上仕途，这个想法本也没有错，如果他以自己的才学走仕途，未必不是一件好事。
可惜的是，华佗在试图走上仕途的过程中非但犯了一个大错，而且还暴露了他道德上的缺陷，并为此付出了生命的代价。
当时的魏王曹操患有头痛病，后来尤甚。华佗医术高明，曹操遂“使佗专视”，华佗成为曹操的“御医”。华佗看了曹操的病情后，说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”意思是这个病一时难以治好，需要假以时日方可。在为曹操治疗的过程中，华佗便开始故意拖延进程，并又借口“当得家书，方欲暂还耳。乃归家”，而到家以后，又假辞以妻子生病，数次逾期不归。究其本意，乃是意图要挟曹操，谋取官职。
曹操屡次手书招呼，又敕令郡县发遣，而“(华)佗恃能厌食事，犹不上道”。曹操遂“大怒，使人往检”，但是他还是小心地先求证了一下，没有就此给华佗定罪：“若妻信病，赐小豆四十斛，宽假限日;若其虚诈，便收送之。”于是华佗谎言被揭穿，下狱。
在华佗下狱后，曹操手下的头号谋臣荀彧为华佗求情，说：“佗术实工，人命所县，宜含宥之。”而曹操不从，并说：“不忧，天下当无此鼠辈耶?”到了这个时候，曹操对华佗的鄙薄之意已然溢于言表。
作为一个医生，把为病人治病当作一个走上仕途的手段而故意拖延并以此为要挟，华佗此举实在是有损医德，是可称为无良医生，曹操对他看不起，当是在情理之中。
所以在华佗死后，曹操头风病虽然还是时时发作，但亦终不悔，并道：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不杀此子，亦终当不为我断此根原耳。”此话一针见血，道出了华佗的心思和华佗被杀的原因。可叹华佗一代神医，医术固然一流，只是却欲与一代雄杰的曹操玩弄权术，未免过于小瞧了曹操。
曹操唯一一次后悔杀华佗，是在他的爱子仓舒病重的时候，曾说“吾悔杀华佗，令此儿强死也”，对此子的爱惜之心可见一斑，难怪后来曹丕说如果仓舒在，他这个太子能不能当得上恐怕就很成问题了。
由此可见，华佗虽然医术绝顶神通，只是为人实在不怎么样，竟然企图用病人的病来要挟，以此实现自己走上仕途的愿望。只可惜最后机关算尽，反误了卿卿性命，非但身死，还连带着“麻沸散”和他精湛的外科手术就此失传。要是这些都流传了下来，那中华医学或许还可以因此而填补一下外科手术上的缺憾，而现在却只余下他创造的健身法“五禽戏”，着实令人扼腕叹息。