在养心殿乾隆帝办的另一件大案是王亶望贪污案。
王亶望，山西临汾人，江苏巡抚王师之子。亶望考取举人后，没有参加会试和殿试，虽没取得进士功名，但花钱买了个知县。先后任甘肃山丹、皋兰等县知县，后升为云南省武定府知府。乾隆帝引见后，命他仍然去甘肃，等待分配，后任宁夏府知府。再升任浙江布政使，就是副省级，并暂署巡抚，就是代省长。王亶望虽然学历不高，又不是正途，但会做官，官运亨通。王亶望喜欢拍马屁，却拍到马蹄子上。乾隆三十八年(1773年)，乾隆帝到天津巡视，王亶望借机向乾隆帝献上金如意，金如意上嵌饰珠宝，非常贵重，但遭拒绝。一年后，王亶望由浙江布政使兼代理巡抚，调任甘肃布政使，这显然是明调暗降。
王亶望到甘肃就职后，做了一件事，令乾隆帝发怒。原来规定：允民用豆和麦，可捐纳国子监的生员，可以应试入官，这叫作“监粮”，乾隆帝曾下令废除。不久，乾隆帝又允肃州和安西，可以如旧例捐纳。王亶望到甘肃任，向陕甘总督勒尔谨申请，以内地仓储未实为由，代为上疏申请甘肃省诸州县都可以收捐;随之，又请于勒尔谨，令民众改为输纳白银。王亶望又虚报旱灾，谎称以粟治赈，就是直接或变相贪污赈灾粮银，以饱私囊。他们做得很巧妙，自总督以下官员都有份，王亶望获取更多。议行半年多，王亶望疏报共收捐(卖名额或卖文凭)19017名，获得豆麦827500余石。(《清高宗实录》卷九百七十一)
事发，乾隆帝说：“甘肃民贫地瘠，安得有二万人捐监?又安得有如许余粮?今半年已得八十二万，年复一年，经久陈红(陈粮)，又将安用?即云每岁借给民间，何如留于闾阎，听其自为流转?”(《清史稿·王亶望传》卷三百三十九)因发“四不可解”(《清高宗实录》卷九百七十一)诘问勒尔谨。勒尔谨巧辞回复。乾隆帝没有深究，只是告诫说：“尔等既身任其事，勉力妥为之可也。”而后，王亶望升任浙江巡抚。
猴改不了爬树，狗改不了吃屎。王亶望任浙江巡抚后，迎驾乾隆帝南巡。王亶望在杭州迎驾，建造屋宇，点缀灯彩，华缛繁费，极为奢侈。乾隆帝既喜欢豪华铺张，又不愿显得奢华，告诫下不为例。王亶望母亲死，请治丧百日后，留海塘工程效力，获准。但浙江巡抚李质颖入觐养心殿，顺便奏告王亶望不派妻孥等回乡治丧。乾隆帝借茬将王亶望免职，仍留海塘工程效力。
案子由突发事件引起。乾隆四十六年(1781年)，甘肃循化(今属青海)撒拉族苏四十三率众起事。陕甘总督勒尔谨督师兵败，被逮捕下狱。大学士阿桂、尚书和珅先后出师甘肃，因雨延期入境。乾隆帝因疑甘肃连年报告大旱不实，令调查具实奏闻。阿桂等上奏王亶望等卖官、虚报旱灾等罪。乾隆帝大怒，命逮捕陕甘总督勒尔谨、原巡抚王亶望、甘肃布政使王廷赞、兰州知府蒋全迪等下狱。
此案受牵连的勒尔谨，满洲镶白旗人，乾隆初以翻译进士授刑部主事，迁员外郎。后升任陕甘总督。下刑部论斩，命改斩监候，死于狱中。此案也受牵连的陈辉祖，为两广总督陈大受之子，时任闽浙总督兼浙江巡抚，以查抄王亶望家时匿藏金玉器，后赐自裁，其子戍伊犁。(《清史稿·陈辉祖传》卷三百三十九)此案还牵连已故乾隆三年(1738年)状元、军机大臣、文华殿大学士兼户部尚书、四库全书馆正总裁、上书房总师傅兼翰林院掌院学士于敏中，时敏中已死，并入祀贤良祠。乾隆帝命“于敏中着撤出贤良祠”，(《清史稿·于敏中传》卷三百十九)遭身后之辱。
经审：诸州县贿赂数以千万计;抄王亶望家得金银100余万两。审结：总督勒尔谨自裁(死于狱中)，巡抚王亶望论斩，布政使王廷赞论绞，兰州知府蒋全迪斩首，州县官贪污赈济银二万两以上者22人俱斩首。还有，王亶望之子王裘发伊犁，幼子下狱到年满12岁时逐个流放。而后，又发现并诛杀闵鹓元等11人，获罪董熙等6人。
王亶望之案，总督勒尔谨、巡抚王亶望等贪污腐败，激发了甘肃苏四十三民变。此案杀总督勒尔谨和陈辉祖二人，巡抚王亶望一人，布政使王廷赞一人，知府和知县等33人，其他受处分官员多人。
此案，乾隆帝早有耳闻，派军机大臣、刑部尚书袁守侗，觉罗、刑部左侍郎阿扬阿前往，盘查甘肃监粮。不料，这位大司寇上奏称“仓粮系属实贮”。乾隆帝信以为真，不再追查。这次案发之后，乾隆帝在承德避暑山庄，问讯阿扬阿当年前往甘肃盘查粮仓之事，阿扬阿奏称：“在甘省盘查时，逐一签量，按州核对，俱系实贮在仓，并无短缺。”
乾隆帝对此毫不相信，他认为：此必当地官员一闻查仓之信，挪东掩西，为一时弥缝之计，其签量人役，均系地方官所管，易于通同弊混，而袁守侗、阿扬阿等受其欺蔽，率称并无亏短。为此，下谕：此等签量人役，即系地方官所管之人，阿扬阿当时“虽逐仓查验，亦止能签量廒口数尺之地，至里面进深处所，下面铺板，或掺和糠土，上面铺盖谷石，此等弊窦，阿扬阿能一一察出不受其蒙蔽乎?”
乾隆帝此谕问得很好，把袁守侗、阿扬阿的受骗失职，实际情况，揭示清楚。在短时间内，他们开销监粮600余万石，又销去旧存常平仓130余万石，合计730余万石，为何并未察及——是官官相护，或是知情不举，或是敷衍塞责，或是确受蒙蔽?乾隆帝说：袁守侗、阿扬阿查办此案，均难辞咎，着交部严加议处。部议袁守侗夺官，命留任治河，两年后病死，阿扬阿革职。