崇祯二年六月，袁崇焕借阅兵为名，渡海来到皮岛，毛文龙前往迎接。毛文龙见了袁崇焕，语多傲慢。袁崇焕便以邀毛文龙观看将士骑马射箭为名，将其擒获，数他十二大罪，取出尚方宝剑，将其斩首。袁崇焕为何要杀毛文龙？
毛文龙，生于1576年，钱塘人。年轻时善于骑射、晓畅兵法。后来他的舅舅沈光祚担任兵部主事，推荐他到辽东总兵李成梁的麾下。当年9月又参加武举考试，名列第六名，此后先后担任安山百户、沈阳千总、守备、游击等职。
1621年5月辽东巡抚王化贞派遣毛文龙前往辽东沿海一带“招致遗民，恢复疆土”。毛文龙仅率领200人，乘坐4艘海船，携带500石米出发。毛文龙一路上招集难民、安抚百姓，先后收复了鹿岛、长山岛、色利岛等十多个岛屿。在朝鲜登陆后，又一举攻破了镇江城。
消息传来，明朝廷大喜，立即任命毛文龙为广宁都司、副总兵;而后金方面努尔哈赤派遣皇太极率军前往镇江弹压。势单力孤的毛文龙败逃至朝鲜，此后驻扎在皮岛。并以此为中心，招纳辽东难民，作为根据地，此后皮岛被升格为东江镇，毛文龙本人被任命为总兵官。
毛文龙为增强在辽东沿海的牵制力，向朝廷上书要求拨发饷银30万两、兵3万。而兵部认为：“文龙灭奴则不足，牵制则有余”，只是象征性的拨发饷银5万两、兵3千。朝廷依然将防御的重点放在山海关-宁远一线，重山海，轻沿海。
开镇东江后，毛文龙频繁派兵袭扰后金沿海地区，取得了几次每次多则两三百人，少则几十人。客观而言虽然每次战果不大，但却有效的牵制后金的注意力，开辟了对后金作战的第二战场，颇有古代游击战的风格。毛文龙本人也先后被封为左都督，挂将军印，赐尚方剑。
毛文龙率军孤悬海外，难免日渐骄纵，肆意妄为，手下几乎全是他的义子、义孙，结成党羽，横行无忌，连朝鲜对他们都非常不满，说毛文龙“时称海外天子，部下诸凶，肆害尤甚”。而且毛所上奏的事情往往存在“水分”，而且索饷过多，一年竟达120万两。
此外毛文龙违背禁令，“广招商贾，贩易禁物”，“鬻参贩布为业”。也许招商贸易有筹措军饷的目的，但这是公然违反大明法律的行为，因此遭到朝臣们的猛烈的抨击。而袁崇焕担任辽东巡抚时，曾上书请求核查毛文龙的军饷问题，毛文龙抗疏辩驳，自此两人交恶。
1629年5月底袁崇焕以犒军为名前往皮岛。6月5日袁崇焕宣布毛文龙的十二条大罪，用尚方宝剑将其诛杀。毛文龙僻据海外，犯有过失，这是事实。但袁崇焕的“十二条罪状”，并非件件属实。冒领军饷、杀降请功、军纪败坏这种行为当时普遍存在，只处罚毛文龙一人似乎太过牵强。十二罪状这里不一一列举了。
十二大罪状只是杀死毛文龙的一个借口，其实隐藏在这背后的是朝廷里不同政治利益集团的斗争-党争。天启、崇祯年间，朝廷内部东林党与阉党进行着你死我活的政治斗争。也许是出于自保的目的，天启年间毛文龙“与魏忠贤相结”，与阉党成员相勾结，从此无形中卷入了这场政治斗争。
崇祯即位后，东林党主政，阉党遭到打击，但与阉党人物崔呈秀有关系的温体仁成为崇祯皇帝的宠臣。温体仁则先通过打击东林党骨干钱谦益，成为内阁大学士;又排挤东林党重要人物文震孟等人，彻底与东林党交恶。而毛文龙与主导朝政的温体仁关系莫逆，曾多次向温进献财物，自然而然毛文龙也成了东林党的眼中钉。
那么袁崇焕跟东林党什么关系呢?严格意义来讲，他可能不算东林党核心成员。但他和东林党渊源颇深，袁崇焕本人是当时的内阁大学士、东林党骨干韩爌的门生;当年极力推荐他的侯恂、孙承宗等人也与阉党势不两立的人物;而崇祯初年，在朝中极力支持的他、与他一起谋划杀死毛文龙的正是东林党党魁、内阁大学士钱龙锡。1628年7月在袁崇焕入京，第二次督师辽东前，钱龙锡曾特意到袁的寓所与他商议如何处置毛文龙问题，此后诛杀毛文龙也被列入提到了袁崇焕的辽东恢复计划之中。最终毛文龙难逃一死。
在毛文龙在被杀5个月后，皇太极引兵直抵北京城下。在温体仁以及王永光等阉党成员的大肆攻击下，“专戮大帅”成为一项重要罪名，袁崇焕被捕下狱，次年8月被凌迟处死。9月内阁大学士钱龙锡被捕下狱，第二年被判处流放。而在袁崇焕死之前，韩爌也因遭到弹劾，致仕还乡。
温体仁借助毛文龙之死与袁崇焕的关系，成功的打击了东林党的势力。而毛文龙与袁崇焕成了政治斗争中的牺牲品。如果非要评价谁是谁非的话，毛文龙驻兵皮岛，确实对后金起到了很大的牵制作用，但如果仅凭毛来收复辽东也是不现实的。
作为一介武夫，毛文龙不该卷入复杂的政治斗争中。前车之鉴，抗倭名将戚继光曾与张居正关系莫逆，张居正死后，戚继光遭到打击，最终在凄凉中死去。后来的事例就更多了，例如二战名将朱可夫、隆美尔等等。古往今来，军人卷入政治往往不会有好结果。
当然袁崇焕对于毛文龙的处置，显然有失偏颇，一方面或许也和他本人的性格有关，在那个重文轻武的时代袁崇焕不善于同武将搞好个人关系，如与满桂等人。另一方面，在袁崇焕的计划中，恢复辽东还是以山海关-宁远一线为主战场，辽东沿海地区显然不在他的战略规划中，所以为防止日渐形成尾大不掉之势，必须果断解决毛文龙。
袁崇焕为何一定要斩杀毛文龙？
袁崇焕之所以要杀毛文龙，主要是因为后者严重阻碍了自己的辽东施政方针。无论是对内或是对外，袁崇焕都和当时的后金一样讨厌毛文龙这股势力。所以就抓住机会，趁其没有防备的时候突然施行就地正法。
要理解毛文龙被袁崇焕如此厌恶的原因，就要分析这两个人在当时所处的不同局面。如果不是袁崇焕自己在京师打出的嘴炮，这两人原本是可以在辽东地区展开广泛的合作。纵使存在相互嫉妒和互相不服的因素，也并不妨碍彼此针对后金势力进行分头行动。但因为袁崇焕在上任之前，就已经被“五年平辽”的口号所束缚。此后的一切形式原则，都必须尽可能的向这个虚无缥缈的理想靠拢。
对当时的袁崇焕来说，究竟如何平定满清本身已经不再构成一个问题。因为只用短短五年时间，根本不可能消灭已经成长起来的八旗势力。最好的结局就是依靠各种局部胜利，形成对明朝这边最有力的态势，再将后金强行拉到谈判桌上。如此这般，才能给崇祯皇帝一个不是面子的结果。否则，无论自己取得多少次类似宁远大捷的防御性胜利，都会在五年任期后被自动归为“无能”与“欺君之罪”。
为此，袁崇焕还必须在辽东的明朝控制区内做到“唯吾独尊”。即将全部的资源和兵马都握在手里，并按照自己的意志进行统一部署行动。不仅做到资源配置上的完全掌控，也要在具体战术取舍方面做到完全统一。很明显，毛文龙的存在就让他感觉浑身不舒服。
毛文龙的主要控制区都远离袁崇焕所处的辽西主基地，等于是一个独立于辽东军政指挥系统的地方势力。后者只用在名义上“服从”袁崇焕，而在具体操作中进行自给自足的势力扩张。在袁崇焕需要后者完全服从自己的战略小心思时，就会感到任何命令都不起作用。毛文龙的地盘看似渺小，攻击的辐射范围却比大部分明朝驻军要大。他们劫掠清军后方的行动，也比正规大战更对敌人有威慑力。
为了与后金势力进行顺利谈判，袁崇焕就必须叫停毛文龙在辽东半岛与朝鲜之间的袭扰战活动。但毛文龙孤悬于明朝主要控制区外，有很多物资依靠劫掠后金控制区获得。其麾下的很多人也基于战利品而追随毛文龙作战。所以，毛文龙不可能放弃自己的立足根基。因为一旦旧的模式中止，那么他的部下就可能弃之而去。甚至在内部发动小规模的兵变，扶持一个愿意继续带头游击的军官上位。这也是毛文龙与袁崇焕无法共存的根本性原因。
反过来看，后金势力的长期存在，对于毛文龙和其部下来说恰恰是好事。因为如果后金被明朝迅速消灭，那么他们在沿海岛屿上的草头王时光就将不复存在。甚至是只要双方握手言和，毛文龙也会失去继续合法打劫的正当性。到时候明朝宣布自我胜利，袁督师也会功成名就的去其他地方任职。留下失去主要经济来源的毛文龙，不知如何安抚自己的属下。
但对时间宝贵的袁崇焕来说，同后金的继续对抗就是自己的灭顶之灾。在交通和通讯技术不发达的古代，谈判双方确定对方的诚意和具体条件，就可能花去几个月至半年时间。这意味着袁督师必须在更短时间内，先建立起对满清整体性优势。然后在双方的正式和谈开始前，与对手敲定可以被皇帝接受的大致条件。一旦中间环节出现拖延或失败，那么五年平辽的嘴炮将把自己直接打死。
最后，毛文龙利用与后金的战争，继续扩大自己的影响力，也不符合明朝时已根深蒂固的郡县统治模式。士大夫出生的袁崇焕，一直为朝廷服务，本能的视毛文龙这类人为更大威胁。在当时的正统官宦或文人看来，毛文龙的集团也有成为独立军阀的可能。如果再改换阵营亲近满清，那么名义上更高一级的袁崇焕自己也有推脱不掉的罪责。
因此，袁崇焕为了自己的口号、理想和战略，极其短视的斩杀了毛文龙。但他搞定满清的任务却依旧没有任何起色。一直给他带来极大心理压力的崇祯皇帝，最后也为其送上了凌迟大礼。他的继任者们，也不再能获得满清侧后友军的鼎力协助，在战略上显得更为被动。毛文龙或许有些死不足惜，但害死他的前因后果却无不体现了王朝后期的末世景象。权力场中的所有人都在相互牵制、环环相扣，最终也限制了自身发挥纸面上的任何优势。
事实证明，处决毛文龙是袁崇焕人生的一大败笔，此后不仅袁本人因此在党争中惨死，辽东沿海的毛文龙旧部也陷入混乱，纷纷降清。毛文龙之死产生了一连串的连锁反应，归根结底都是党争惹的祸。反观崇祯皇帝虽有有心整顿国家，但积重难返，加之性格多疑猜忌、刚愎自用，最终适得其反，无力回天。外有后金骑兵不断袭扰，内有烽烟遍地农民起义，而大明王朝还在不断的党争中消耗着那最后一点有生力量，最终不可避免的走向了覆亡。