曾国藩创建湘军以来，此后的十余年间内，湘军一直是对抗太平军的主力。1864年，经过反复厮杀，长达14年的太平天国之乱终于被曾国藩的湘军平定了，不过此时北方的捻军却仍然令清廷坐立不宁。捻军是一个活跃在长江以北皖、苏、鲁、豫四省部分地区的反清农民武装势力，与太平天国同时期。曾国藩被朝廷封为为钦差大臣，统率湘军、淮军及其他部队镇压捻军，可惜一年多下来，战果有限，己方却数次大败。曾国藩为什么剿灭不了捻军呢？
首先，是捻军英勇善战，首领赖文光是个经验丰富、文武兼备的将领，经他改编后的捻军在很多方面超过太平军；而另一领导人任化邦最称骁勇善战，曾国藩称他在捻军中的地位和作用于太平天国后期的陈玉成相仿。在他们的领导下，捻军行动迅速，使曾国藩屡遭挫败，在很长时期内找不到有效的战守之策。
其次，由于湘军纪律松弛，日趋腐败；淮军又不甚听从指挥；再加上湘、淮军不和等因素，这就大大降低了部队的战斗力。据说，剿捻期间，曾国藩颇悔不该过快裁撤湘军，说：“撤湘军一事，合九州铁不能铸错”。
再次，是战略上的失策，曾国藩的查圩战略没有得到当地团练的配合。曾国藩出发之前曾问赵烈文，北上剿捻应用何策。赵烈文对他说：“北方团练遍地皆是，抚之则为吾用，疑贰则为吾仇”，要他联络各地团练，实行坚壁清野之法。但从后来的情况看，北方团练明显不买曾国藩的账，并成为曾国藩在政治上和军事上极为不利的因素之一。
然而，上面所说的这些都不是主要的，曾国藩剿捻失败的主要原因还是来自清政府方面。
在剿捻战争中，曾国藩面对的捻军和太平军虽有相同之处，但在组织、装备、作战方法扥方面又有不少新的特点。其实，曾国藩在镇压太平军时，也是一边打仗一边摸索经验，前后花了十余年的时间才总结出一套对付太平军的办法，而这套办法对捻军则完全不适用。
实际上，曾国藩在剿捻战争中也确实在不断摸索经验，寻求成功之路。但是清政府却不给他总结经验的时间，在曾国藩初次受挫时即下严旨斥责，怂恿御史上奏弹劾，逼他下台，并迅速以李鸿章取而代之，使他不得不中途退出战场，形成半途而废的局面。
清政府所以对曾国藩采取这种态度也是有多种原因的。
首先，清政府高层无人了解捻军的真实情况，认为镇压捻军是轻而易举的事，因而从一开始就急于求成，责效过切，对僧格林沁即是如此。僧格林沁败死清政府仍不接受教训，对曾国藩依然如此，一有挫败，就严词责备，连章弹劾，随之撤去钦差大臣，由李鸿章取代。
其次，同围攻天京相比，形势也发生了变化。当时，清廷只能依赖湘军，而湘军又非曾国藩不能指挥调动，所以曾国藩虽然一再要求另派钦差大臣，甚至为争取江西厘金而撂挑子，清政府也只好对他让步，满足他的要求，依靠他最后把太平天国运动镇压下去。而此时的湘军大部裁撤，主要用淮军剿捻，当然可以用李鸿章代替曾国藩，于是清政府对他也就没有那么大的耐心了。
最后，由于在镇压太平天国运动中，曾国藩和他的湘军集团已经立下再造之功，在朝野内外的名声已经太盛，如果再将剿捻的大功全部归于曾国藩，这显然也是清政府不愿看到的。
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