淞沪会战末期，日军从杭州湾登陆，对上海进行翼侧包围。中国第三战区为避免上海作战部队两面受敌和为巩固首都，下令该地中国军队向南京外围既设阵地转移。日军于1937年11月12日占领上海，即乘胜西进，企图一举攻占南京，以迫使中国政府屈服。日军攻占上海后，由于第10军并未遭到中国军队的坚强抗击，部队伤亡甚少，于是乘胜西进，不愿遵守参谋本部所规定的作战地域限制线，于11月15日夜决定“以军主力独立果断地向南京追击”。当参谋本部致电令其停止前进时，“华中方面军”向大本营提出意见，强烈要求“攻占南京”。日军在杭州湾登陆后，统帅部感到事态严重，开始重视南京的防守问题。11月中旬，蒋介石在南京连续召开了三次高级幕僚会议。次日晚的第三次会议上蒋介石明确表示同意唐生智的建议，决定“短期固守”，预期守1至2个月。固守南京的方针确定之后，统帅部采取了一系列的战略、战役措施。11月20日，唐生智发布戒严令，南京地区进入战时状态。
1937年12月1日，日本大本营下达了《大陆命令第八号》“命令：中支那方面军司令官须与海军协同，攻克敌国首都南京”。详细部署则命令按“参谋总长指示”办。进攻南京的日军部队在淞沪会战中遭到不同程度的损伤，在会战后大 部回国休整，只有三个师团争先恐后地杀向南京。若按这一标准推算，从正面进攻南京的日军约有5万人，从南京外围迁回的约有两万多人，共约七万多人。
参加南京保卫战的中国部队为第七十二军之八十八师、第七十八军之三十六师、教导部队、宪兵部队，另外，自淞沪担任掩护撤退的第七十四军、第六十六军、第八十三军也先后奉令退回南京参加战斗。这三军都是残缺部队，老兵很少，新兵大都尚未受过训练。5日拂晓，第六十六军派在句容占领前沿阵地的两个团与日军接触，苦战后方始突围，损失很大。6日，日军约一联队向湖熟镇前沿阵地猛攻，第五十一师守军抵抗后，始将湖熟镇放弃。同时，由土桥镇攻击索墅镇之日军，复向淳化镇阵地施行威力搜索，大批日机整日在淳化镇阵地轮番轰炸，守军冒死抗战。 7日，淳化镇与东昌街间的汤水镇前第一线阵地，为日军骑兵突入，守军被迫于入暮后撤退至第二线，固守汤山及汤水镇。侵入淳化镇之日军以步、炮、飞机协同向守军阵地猛攻，机枪掩体都被击毁，守军伤亡很多。至8日，日军进攻淳化镇愈烈，并分向东樵村西庄附近包围，企图截断守军归路，第五十一师奋勇抵抗，死亡累累，其中五营官兵全部壮烈牺牲。由于后援未及时赶上，淳化镇于下午4时失守。同日，日军以主力及炮兵、机械化部队进攻汤山守军第二道防线，与守军混战至8时许。
到12月8日为止，日军已进到南京近郊，东北面到达栖霞山，东面到达大胡山，南面到达汤水镇、淳化镇，西南面到达袜陵关和江宁镇。此时南京守军是自上海的受挫之师，新败之余坐守孤城，而敌军士气正旺，夺城在望。
12月14日，日军山田支队占领了南京最后一个支撑点——幕府山；天谷支队占领了扬州，切断了大运河；第6师团一部进至下关；国崎支队占领了浦口，切断了南京守军的一切退路。麇集于燕子矶、下关沿江一带及八卦洲、江心洲中未撤至江北的大量中国官兵都成为日军的俘虏。日“上海派遣军”司令官朝香宫鸠彦曾签署了一道嘱“阅后销毁”的机密命令，要所属部队“杀掉全部俘虏”。在占领南京城的前6个星期内，日军野蛮地屠杀了放下武器的俘虏数万人、平民20余万人，总数达30万人以上。
在侵华日军南京大屠杀中，数十万军民被日军屠杀，其中中国军人大概在7-9万人。而如此大规模的军队被俘虏、被屠杀，与南京保卫战的战略决策和指挥失误密切相关。一方面，国民政府集合重兵固守南京的决策失误是造成大批中国军人滞留南京的根本原因。南京居长江之南，日军对南京取分兵合围之势，国民政府在没有足够力量保证南京守军可以安全有序撤离的情况下，集合十余万的军队固守南京，这显然是军事策略上的重大失误。蒋介石明知南京不可守，却高调表态要死守南京，实际上是对参战部队做“遗弃性处置”。另一方面，作为南京卫戍司令的唐生智，对万一城陷之后如何有序地组织撤退等善后事宜，也考虑不周。他为了迎合蒋介石而提出了“誓与城市共存亡”的口号，在挹江门阻止军队退往长江边，并收缴渡江船只。按照唐生智的说法，此为：置之死地而后生。其结果：“死地”形成了，而“后生”则为泡影。加上军事决策与指挥体制的缺陷，于是导致了南京沦陷后，中国守军不能形成有效抵抗和有序撤退，直接造成了滞留城内的官兵陷入组织崩溃的境地，被俘官兵数以万计，并成为日军残忍屠杀的对象。
基于中国军人在南京大屠杀期间的表现，我们一方面应充分肯定在当时严酷的环境之下部分中国军人所作的抗争，这种坚韧是中华民族赖以生存繁荣的根本所在。另一方面，我们也不能苛求当时残酷战争条件下大部分中国军人放下武器的选择，但是，侵华日军却对放下武器的中国军人和毫无敌意的中国平民进行残忍屠杀。这就更加凸显出日军的残暴和野蛮，从而也更加凸显了中国军民反抗日本侵略的正义立场。请大家铭记历史，勿忘国耻！