沈兼士为周作人向首都高等法院出具证明，表明周作人在伪政府任职期内，曾有维护文教、消极抵抗之实绩；周作人系从事新文化运动有功之人，其参加伪组织并非出于真实心愿，13位著名大学教授、文坛名宿签名呈请从宽。
1946年11月16日晨，一辆警车在南京大街上呼啸而过，戛然停在南京朝天宫国民党政府设立的首都高等法院前。几名法警从车内押出一位身着西装、神色憔悴的囚犯走向法庭。他就是名作家周作人。
文人巨子鼎力相救
1945年9月2日，日本在“密苏里”号军舰签署投降书。在全国人民的压力下，国民党当局从9月份开始“肃奸”，军统头子戴笠担任抓捕巨奸任务，亲赴华北。周作人自然被列入大汉奸名单内，与其他汉奸一样，惶惶不可终日。同年10月6日，周作人接到一张由华北政务委员会长王荫泰署名的请柬，上面写着“敬备菲酌，恭请光临”几个大字。下午5时，周作人如约而至时，其他汉奸也已陆续到达，晚8时宴会正式开始。正当大家频频举杯时，早已埋伏好的戴笠手下的军统局特务突然出现，将赴宴者全部逮捕，押送到北京炮局监狱；半年后这些人又被押往南京，关在南京老虎桥监狱。
关押期间，辅仁大学文学院院长沈兼士到看守所看望周作人，说他已联系了教育学院院长张怀、教授董洗凡、北大校长胡适、教授俞平伯等14位人士，准备集体呈词，要求法院轻判。周作人为有老朋友的如此关心感动得热泪盈眶，抽泣着说：“诸君为拯救周作人，恩德如山啊！”
1946年6月18日，沈兼士为周作人向首都高等法院出具证明，表明周作人在伪政府任职期内，曾有维护文教、消极抵抗之实绩；周作人系从事新文化运动有功之人，其参加伪组织并非出于真实心愿，13位著名大学教授、文坛名宿签名呈请从宽。
三堂会审错综复杂
1946年7月19日，首都高等法院第一次公开开庭，由法院指定辩护人员万生律师为周作人辩护。庭审中，周作人对所任伪职供认不讳。当法官问及为何要参加伪组织，周作人说并非自己恋慕做官，而是苦心维持教育，抵抗奴化。
他在答辩中极力辩驳诉讼中指控其“遵照侵略计划，实施奴化教育”与事实不符。抗战胜利前，国民党政府的教育部部长朱家骅视察北平时，在中山公园对全体教职员工的训话明认华北教育未曾奴化。周作人提供了1945年11月17日《华北日报》刊载朱家骅声明华北教育未奴化的报道和同年6月3日《大众报》刊载的蒋委员长在北平发表的讲话，谓“学生不伪，尤足证明”的证据材料。周作人认为其在维护华北教育上无有负国家之处，亦幸可表白于天下。他还认为其在校期间掩护过教育方面地下工作人员，如女子师范大学教授刘书琴、北大教授杨永芳，援助辅仁大学文学院长沈兼士、营救辅大秘书长、院长英千里、董洗凡、张怀等，救助燕京大学院长、教授陆志伟、洪业等，并提供了相应的证人，请求法院调查。后来周作人又补充答辩，认为1943年3月辞去过教育总署伪职，1943年日本召开大东亚文学者大会，该会会员片冈铁兵提出议案，以“扫荡反动的中国作家”为题，对其严厉攻击，确认其为大东亚建设思想之敌人。请求法院对其宣告无罪。
开庭时，由私立辅仁大学国文系教授顾随，国立西北大学教授杨永芳，前燕京大学国文系教授、三江大学国文系教授郭绍虞出庭作证，证明周作人曾营救、掩护地下工作人员和文化人士。周作人还提出北平沦陷北大迁入内地时，由北大校长蒋梦麟指定其留下，并有电报一封(已遗失)为证。时任行政院秘书长的蒋梦麟致函法院，证明其曾派已故的孟森、冯祖荀、马裕藻及周作人保管北大校产。1946年8月19日，国立西北大学教授蔡英藩、张佩瑚向法院反映杨永芳系周作人女婿，其证明有疑。
1946年9月19日，法院第二次开庭审理，选任辩护人王龙律师出庭辩护。王龙为民国大律师，当得知同学周作人被捕后，执意要义务出庭。一审过后，首都高等法院作了证据上的调查，首先确认沈兼士给法院复函：其在北平做地下工作及其家属被敌军所捕，周作人是否曾向日本人为之求情，不得而知；另认定杨永芳系周作人女婿，其证词不能采用。教育部长朱家骅复函作证，其在北平对文化界人士训话系对忠贞分子而言，并未对汉奸而言。但北平图书馆函称，该馆图书在北平沦陷，周作人任职期间未受损失；国立北京大学校长亦出庭作证，认为周作人“保管图书很为周到，未受损失，并且有增无减”。庭审结束后，审判长谕知：“函上海高等法院及教育部调查董洗凡、英千里证言后，再行定期审理。”二庭就此结束，法庭无法定夺。
1946年9月20日，一北京市民致函首都高等法院，并随快航挂号邮来奴化华北少年铁证《青姑娘的梦》童话书一本，证明周作人不仅奴化现代民众，更奴化童稚少年。但周作人反驳《青姑娘的梦》是作者梅娘写的，其只是为书写了序。
1946年11月9日，首都高等法院第三次开庭。审判长宣读教育部复函，英千里(教育部社会教育司长)证词“二次被捕是否为周作人所保释并无所闻”。法院又取得新证据，周作人在日华协会上发表谈话，表示对日本人亲热。并有军统局剪报证明。另据军统局调查，周作人对老母不孝。周作人则辩称其是因生活所迫才没有离开北平，参加伪组织任华北教育总署督办及伪北大文学院院长虽然做了很多事，但意在不使青年为伪。庭审结束时，检察官王文俊宣称周作人参加伪职属实，被告犯罪行为不大，保护图书颇多，可供量刑参考。
1946年11月16日，首都高等法院特种刑事判决以共同通谋敌国、图谋反抗本国罪，从轻判处周作人有期徒刑14年，剥夺公权10年，全部财产除酌留家庭必须生活费外没收。
含冤叫屈手下留情
法院宣判后，周作人目瞪口呆，半天说不出一句话，无论审判长和记者如何发问，周作人皆闭口不答。回到看守所，相继有名人雅士来探望，其中有前辅仁大学文学院院长沈兼士、著名律师王龙。不久监狱里来了一位素昧平生的探望者，称受一位牺牲的朋友之托，给周作人一封信。周打开一看，是一位叫谭天词的学生用鲜血写的。信中写道：“周作人老师，你是我最爱戴的一位作家，我现在已从军抗日了，尽管我的军旅生涯很短，但我已经同日军作战多次。不幸的是在南京之战中，我们27军全军覆没，军部及下属将士6000余人被日军俘虏。我目睹了战友一身伤痕，在寒风中以蓑草裹身，最后被日军集体枪杀，我们军部诸位无不潸然泪下，发誓决不投降。也许我明天就要离开人间，我写了这次大屠杀的日记，托陈君交给您密藏研究。”周作人看完感动不已，他决定请最高法院复判，争取减刑，以不负学生谭天词的重托。
1946年11月28日，他具状申请，称其以63岁之风烛残年之身，虽被减处徒刑14年，仍似与无期徒刑无异，量刑未免过量。画饼岂能充饥？王龙也向最高院申请，要求对周作人宣告无罪。最高法院于1947年12月19日下达终审判决，认为申请人员确因意志薄弱、变节附逆，但其所担任之伪职偏重于文化方面，实无重点罪行，并有曾经协助抗战及其他有利于人民之行为，故依法减轻，改判有期徒刑10年。周作人依然对判决不服，但也无济于事，被押往老虎桥监狱服刑。
1949年初，南京国民政府仓皇南迁时，迫于国共两党和谈压力的代总统李宗仁下令释放政治犯以及无期徒刑以下的刑事犯，周作人于是重新获得自由。