洪、冯二人被围花洲山人村，陈殿元以大兵驻扎思旺，地方团练云集花洲，形势危急。杨秀清手下细作将情报报到金田拜上帝教总部，杨秀清决议发兵迎主。此时金田也正受清军周凤歧部威胁，杨秀清机动兵力不多，决定派蒙得恩只以少数精兵发动突袭。平南县拜上帝教首领蒙得恩才智均难服众，但对花洲地形相当熟悉，为人也颇机灵，指挥小规模偷袭的迎主之战，得心应手。蒙得恩按杨秀清的授意，先率小分队从山道摸入花洲，查清清军兵力部署，并将各处关卡哨口位置绘制成图，杨秀清知悉情报后，挑选三千忠勇教徒连夜奔袭花洲。蒙得恩和其手下精干教众潜入清军营地，将各处“守卡及探信兵壮杀散”，三千主力分为两队，一队夺命狂奔，闪击李殿元大营，一队作为预备队，配置二线战场，占据有利地形。因哨兵尽被擒杀，李殿元全不知杨秀清所派大队人马已进入其腹地，蒙得恩偷袭得手。 拜上帝教徒攻至李殿元帐前，吼声震天，清军惊慌失措，以枪炮胡乱还击，拜上帝教徒被清军火炮打死数十人，但实力未受损伤。蒙得恩按杨秀清计，消耗清军火药后，率队诈败。李殿元果率队来追，遭到拜上帝教布置在二线的生力军迎头痛击，溃不成军。蒙得恩乘胜追击，冲入清军大营，杀清将张镛，并分兵清扫战区内溃逃的团练。蒙得恩在思旺痛击李殿元，杨秀清则派出偏师分袭鹏化、罗掩，顺利接出洪秀全、冯云山。清军此时方知在山人村藏有拜上帝教巨头，知府陈瑞兰火速带大队来援。杨秀清令部队佯攻县城，与蒙得恩纠缠的清军纷纷回援，蒙得恩迅速率人马撤回金田，陈瑞兰扑了个空。在各路清军晕头转向之机，胡以晃迅速出动，扫荡清军在思旺势力，全面控制该地区，将财物归缴圣库充公，群众尽收入队伍。周凤歧大军逼近金田总部，胡以晃弃守思旺，回金田助守。 迎主之战，杨秀清第一次展现其卓绝的军事才华。杨秀清先派教徒拔掉清军哨卡，然后抄山道偷袭清军主力，部署得大胆而精细，极其类似现代的特种战争。在与清军主力遭遇后，又合理地使用预备队，逐次投入生力军，最大限度地发挥了部队的战斗力。在正面迎击清军同时，杨秀清派遣偏师扫荡清军势力薄弱的地带，接出洪秀全，在清军增援大至时，以偏师对清军实施战术欺骗，大部队则干净果断地撤退，不与清军精锐硬撼。整个战术环节周密而果断，尤其派遣才智均劣但熟悉地形的蒙得恩指挥特种作战，更显其知人善任之明。 李殿元丧师，思旺失守，周凤歧被迫集中全部实力进攻金田，在蔡村江与杨秀清、韦昌辉遭遇。拜上帝教沿蔡村江两岸，修筑工事，层层防御，清军一时难以突破防线。先前派往广西镇压拜上帝教及天地会叛乱的钦差大臣林则徐及时地病故于路，捍卫了民族英雄的称号，把“汉奸刽子手”的头衔留给了曾国藩。在继任钦差李星沅的布置下，清军以周凤歧正规军两千人居中路，刘继祖等团练为两翼，在牛田会齐，然后三路进剿。因与土著械斗失败的客家武装数千来投拜上帝教，为韦昌辉尽收。韦昌辉择其精锐，冒充团练，欺诈刘继祖，清军不曾防备，韦昌辉大军突起，将清军两翼斩杀一光，然后直取中路周凤歧。中路军黔勇二千是绿营精锐，视拜上帝教为癣疥小寇，十分轻敌，清将伊克坦布在战前就准备二百担绳索，已经预备献俘了。不料韦昌辉军大至，戎阵齐整，清军惊恐万分。萧朝贵也率兵合击，在望鳌岭将二千黔勇围困，七营黔勇不战而乱，四下逃窜，伊克坦布等清将多人被杀，“伊克坦布策马回走，坠于马下，贼取其首而去。千总田继寿、把总潘继邦、杨万福、刘洪海、保定清、何其壮、外委彭昌镛并亡于阵”（《浔州府志》）。 蔡村江大战，清军锐气大挫，转入防御，“相与谋坚壁之守，不敢易言死地矣”（《粤氛纪事》）。拜上帝教连创清军，显示出比三合会更强的组织力和战斗力，一时间，三合会起义部队纷纷投奔拜上帝教，罗大纲，邱二娘，苏十九，张钊等都加入拜上帝教。洪秀全的方针则是，所有加入的三合会部队，都必须接受拜上帝教的信仰，接受教规的约束。因此除了罗大纲留下来并成为骨干外，其余三合会部队逐渐散去，张钊甚至成为拜上帝教的敌人。其实，三合会部队极其庞大，也很有战斗经验，他们缺乏的只是一个有效的组织形式和斗争纲领。三合会虽然没有冯云山、杨秀清等统率大才，冲锋陷阵的猛将巧将，为数却也颇不少。如果洪秀全能够在教义方面适当做一点让步，将会在初期十倍提升拜上帝教的战斗力。
道光三十年十月初十，洪秀全三十八岁生日，拜上帝教举行恭贺洪秀全万寿的大典。洪秀全万寿，愁苦万状的阎罗妖道光皇帝却在内忧外辱中下了地府。拜上帝教宣称，洪秀全是太阳，普照万方，杨秀清是圣神风，萧朝贵是雨师，冯云山是云师，韦昌辉是雷师，石达开是电师，世界就是由这个神天家庭所庇护的，所以“凡属万国人民，均宜赞颂，以报天恩”。杨秀清下诏：“缘蒙天父、天兄大开天恩，特差真主降凡救世，诛灭妖魔，普天大下，凡属臣民俱宜感激涕零，以仰副天父、天兄差我主降凡之意。兹于十月初九（十），恭逢万寿之期，尔等为官为民，俱要多多采办宝物，先期十日斋（赍）献天朝，并具本章，以邀天贶。并于万寿前三日，一心斋戒，虔敬天父，报答天恩。”（大意是蒙上帝、耶稣开恩，派洪秀全下凡救世，大家都要在他的生日采办礼物恭候）。经过教徒献纳，杨秀清、冯云山等人给洪秀全生日准备了一场宏大喜庆的万寿庆典。 万寿庆典上，洪秀全正式宣布，拜上帝教起兵反清，洪秀全自称太平真主，教徒组成的部队称太平军。洪秀全既已称王，那就不再是流窜的“教匪”，而是真正要夺取国家政权的“窃号之贼”（曾国藩语）了，清廷不得不调集精兵强将围困金田。清廷派遣《清史稿》所称“旧将中最负时望”的头号悍将向荣出任广西提督，与能吏周天爵等人联合指挥对太平军的剿杀。咸丰元年正月十八日，两军在大湟江口、牛排岭大战，太平军于竹林设伏，大败向荣楚军，但此后几次出击均皆失利，向荣因此得赐号“霍钦巴图鲁”。太平军被困乏粮，火药耗尽，于是乘虚突围，至武宣、象州一带与其他教众会师。二月二十一日，洪秀全抵达武宣东乡，改称天王，正号太平天国，以本年为太平天国辛开元年，蓄发易服，号令四方。 洪秀全立发妻赖氏子洪天贵为王储，称幼天王。洪秀全觉得洪天贵这名字比较平庸，不能体现天家威仪，更不能显示洪家受天父眷顾，“仙福永享，寿与天齐”的显赫，于是洪秀全妙笔生花，点石成金，加一“福”字于其后，改为洪天贵福。某作家曾说过，在越少的字里越能体现一个人的文字品位。洪秀全这一“福”字，向世人昭示了他与众不同的高雅格调。据研究太平天国的史学泰斗罗尔纲先生说，洪天贵福是个很聪明的儿童，连精通中西文化博学多能的干王洪仁■，读书的本事也只有他三分之一。（《太平天国史》卷四十二：洪天贵福是个很聪明的儿童，精通中西文化博学多能的干王洪仁■说他自己看一行书，洪天贵福已经看三行了。）依笔者见，聪明不聪明不太好评价，洪天贵福的诗文倒是大有其父之风： 如今我不做长毛，一心一意辅清朝。清朝皇帝万万岁，乱臣贼子总难逃。 哥别妹，妹别哥，别上天，无别魔。瞒天混杂是妖魔，妹大五岁手别摸，妹大九岁远别清。男行女行不同坐，妹长成时不相见，遵条分别福江河。（《太平天国史料汇编》卷一） 册立洪天贵福之外，洪秀全设立百官：分封五军主将，以杨秀清为中军主将，萧朝贵为前军主将，冯云山为后军主将，韦昌辉为右军主将，石达开为左军主将；洪秀全又拜军师，拜杨秀清为左辅正军师，萧朝贵为右弼又正军师，冯云山为前导副军师，韦昌辉为后护又副军师。按冯云山制定的军师负责制，由正军师杨秀清主持一切大小军政事务，军师下属吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书，每部十二员，共七十二员，主分掌国务；承宣二十四员，主发号施令。全国国务，各方向正军师禀奏，由正军师杨秀清发出诰谕指挥。在冯云山的设计中，国家元首是“主”，行政长官却是“军师”，为“朝纲之首领”，负责办事，“主”洪秀全则无事一身轻，独自偷欢。 中国在朱元璋废宰相前，多数时期在行政上实行君相分权，严格区分皇室和政府，皇帝是国家元首，宰相则是政府的行政长官。皇帝任免宰相，但具体的行政事务如国策方针、官员升迁、钱粮差役、水利农桑，都由宰相实际负责，皇帝不得与闻。（唐朝中宗皇帝越过宰相，私授官职于亲信，发到地方的诏书不好意思使用朱笔封“敕”，改用墨笔，诏书的封条也只能斜贴着从宫廷的侧门发出，意思是让下面的官员马虎承认算了，被封的官员人称“斜封官”，极遭士林鄙视。）此项制度的立意，在于皇帝世袭，难免出现不肖无能之辈，如勉强使其执政，不免祸害国家，而宰相由全国英才挑选，不称职还可罢免，政务交由宰相，在一定程度上抵消君权世袭的危害。
明、清两代，政治腐败黑暗，正因朝中无宰相的缘故，黄宗羲曾说，“有明之无善治，自高皇帝罢丞相始也”，冯云山饱读诗书，对黄宗羲总结这一历史教训自然印象深刻，所以他创制太平天国，一意要恢复汉唐相制。但引经据典，太平天国高层的大老粗领袖多不明白，于是只得援引《三国演义》，刘玄德事事听从军师诸葛孔明的例子，将宰相名目，勉强改称军师。冯云山劳苦功高，又极富才干，在起义前也俨然拜上帝教唯一军师，孰料半路杀出杨秀清和萧朝贵，冯云山竟只混了个副军师，受杨秀清节制，真是倒霉到家了。所幸冯云山不好与人争胜，是天生的第二把手性格，坦然接受了杨秀清的领导地位，冯云山的胸怀，颇有古人之风。 万寿庆典，形势大好，洪秀全心情愉快，纳了二十一个新妃，合其先在大湟江娶的十四个小妾及原配赖氏，共设三十六宫，“母仪天下”。杨、冯、萧、韦、石诸人也纷纷与上百名女教徒喜结良缘。据被清廷俘虏的拜上帝教细作李进富供称，洪秀全、杨秀清、冯云山等六个王“每人妻妾三十六口”。 太平天国高层在宣布建号的同时，也在进一步整顿军队，为即将到来的惨烈战作斗准备。大概在东乡广纳妃妾，太平天国众军师也感到自己精力衰竭，无心打仗。聪慧过人且勇于反省的军师们，立刻意识到性生活会使士兵意志消磨，丧失战斗力，于是以洪秀全为首高瞻远瞩地下达男女分营的命令，使士兵禁欲。洪秀全颁布军纪“别男行别女行”，禁止夫妻房事，夫妇要分营别居，男女私下约会一经发现即处以斩首极刑，虽夫妇也不得免。这项制度执行得十分严格，冬官右正丞相陈宗扬因与妻子同居，夫妻均被斩首。杨秀清的座宾卢贤拔，人称卢先生，因巡营时发现自己妻子，带入自己官邸相会二日而被判极刑，经杨秀清竭力开脱勉强脱难，杨秀清为保卢贤拔不得不假借天父下凡以枉法为由下令杖责自己六十下（老杨还真讲义气）。三军将士激烈反对男女分营，后来连洪秀全最宠信的重臣，每年生日给洪秀全保六次大媒的皇媒蒙得恩也在担任女馆头目时监守自盗，这项制度不得不在推行二年后废除。 男女别行的伟大制度，一直遭到晚清和民国时期的反动历史学家诋毁，直到文化大革命时期，我国学者方才拨乱反正，为洪秀全的此项政策翻案，至今我国史学界对男女分营的政策评价依然很高。笔者并不十分了解男女分营的伟大意义，查阅诸多雄辩的当代论文后方才恍然大悟，现摘抄一段雄文于其下，与读者共同学习，共同进步： “一般认为，太平军举家投军，如果按照家庭为单位生活、行动，势必不能适应艰苦战争环境，尤其在行军、打仗时困难重重，导致耽误战局。严分男行女行，把整个队伍纳入战斗化的军事编制，按性别、年龄、专长分工，可以调集一切力量为战争服务，使不利因素转化为积极因素。因此，在敌我斗争的激烈阶段，大敌当前，为了战胜凶恶的敌人，争取未来更加美满、更加幸福的团聚，他们是可以暂时服从革命所提出的要求，并愿意为将来的家室重聚，骨肉团圆进行坚决的斗争的……能够得到革命群众的拥护……是关系到农民军队能否保护人民，从而取得人民拥护的重大问题。洪秀全等严肃坚决，态度明朗，以天条、军纪约束将士，以三令五申地检查落实，十分必要和正确。这对太平军本身的纯洁，以及这支新兴农民军队在人民支持下生存发展，具有极为重大的意义（《太平天国战争全史》）。” 可惜的是，洪秀全早生百年，没能读到这段字字珠玑的文章，以至于动摇了革命信念，过早地废除了男女分营的伟大制度，让后来人扼腕而叹。