就在曹操在铜雀台大宴群臣的时候，曹操还做出了一个决定，这个决定让曹操一下子名声臭了起来，后来经过三国演义的渲染，成了曹操一生最严重的污点，和曹操杀吕伯奢、屠徐州、杀娘娘一样，被千人唾、万人骂。
这件事是什么，那就是曹操杀死了神医华佗。
本来这件事可以避免，毕竟曹操和华佗是老乡，都是沛国谯郡（今安徽亳州）人，至今家乡还把两个人的塑像立在最显眼的市中心，一个是医国良相，一个是盖世神医，就连乡民也不知道曹操为什么要杀死神医，在老百姓的意识里，你杀死给我们辛辛苦苦的还病的医生，你就是坏人，因此长期以来，曹操在老家名声也不太好。
那么曹操为什么要杀死华佗呢，其实有多方面的原因。
先介绍一下华佗，华佗这个人是个医生，世人都知道他擅长针灸，又发明了“麻沸散”，世人也知道，他是健康养生的创始人之一，他设计的“五禽戏”，早已家喻户晓，但世人不知，其实华佗并不喜欢当医生，早年还有鲲鹏之志，华佗曾以医生为耻，他想做一方官吏，因此曾经归隐，那时沛相陈珪（陈登的父亲）曾推究他为孝廉，太尉黄琬也曾让他做幕僚，可是华佗皆不就，不是他不想去，而是官职太低，华佗想着做更大的。毕竟华佗也是才富五车，读书万卷。因此待价而沽，希望能有人赏识他。不过偏偏命运对他不曾眷顾，华佗因为医术比较好，别人只是把他当成个医生，甚至他的老乡曹操也是如此，当年曹操做大司空的时候，和华佗关系不错，曾经多次请华陀来治偏头疼，但是曹操以为华佗有神仙之表，况且当时华佗的年龄也太大了，眉毛胡子全白了，好多士兵都叫他老神仙，也不会在意官职的大小，就没给他提在朝廷上做官，甚至没让他做太医。华佗一直耿耿于怀，因此就曾忤逆过曹操。于是双方发生了几件事，让曹操有了杀华佗的心思：
其一，曹操的小儿子曹冲，是曹操最喜爱的，当得病的时候，华佗不在身边，正在青州徐州一带给老百姓看病，曹冲害病，曹操好多人给华佗送去鸡毛信，但华佗置若罔闻，还有人说华佗不来，是因为华佗眷恋着自己的小老婆，当时华佗的年龄那么大，这让曹操非常恼火，认为华佗太不识抬举。
其二，曹操在赤壁遭到大败，很大程度上是因为士兵发生瘟疫，曹操曾多次派人去请华佗，可是华佗始终没到，偶尔来过一次，但是药方没带来，华佗向曹操请假回家去拿，但一去杳无音信，有人说老夫少妻郎情蜜意，卿卿我我，曹操因此很恼火。
其三，曹操再一次犯头疼病，华佗就让他用冷水洗头，并且头疼病最严重的时候，华佗对曹操说，可以劈开头颅，认真检查，这样可以除根，曹操认为华佗是想要他的命，因此渐渐对华佗动了杀机。
于是把华佗押进了监狱，当然罪名是贻误军机，按律当斩。曹操首席谋士荀彧大声为华佗申辩，说曹丞相要杀死华佗，必然在历史上留下坏名声，曹操鄙夷的看了看荀彧，此时对荀彧也充满了厌倦，说道：法律对事不对人，绝不能因人而异，谁犯了国法，都应该严惩。于是坚决地下令，把华佗给杀了，有人说华佗死在了监狱。
不管怎么样，曹操杀死了华佗，这让后人无法原谅，尤其是在曹操的老家，去华祖庵的人总比去曹操纪念馆的人多。