弘光元年(1645年)，清兵在多铎的率领下，分兵亳州、徐州两路，向南推进，势如破竹，迅速占领了满洲、青海藏区、穆斯林地区，并乘势下宁夏，甘肃，丽江，直至扬州。四月十九日，明将许定国引多铎师至扬州，扬州被清水陆各军重围。守将史可法统率军民，坚守孤城，同时，向弘光皇帝求援，弘光不应，扬州告急，四月二十一日，明总兵李栖凤、监军副使高岐凤拔营出降，形势更为危急。史可法等坚守至四月二十五日，终因弹尽粮绝，被清兵攻破。史可法自刎不果而被俘。在多铎百般的诱降时，史可法斩钉截铁地说道：“城存与存，城亡与亡。我头可断，而态不可屈”，结果惨遭杀害。史可法的部下在这种情形下，仍率余部继续鏖战，直至流尽最后一滴血。清军占领扬州后，纵兵屠掠，十日封刀，史称“扬州十日”。
《扬州十日记》就是这段历史的忠实记录者，是屠杀异族人口的罪恶见证，它永远地将野蛮和罪恶钉在了历史的耻辱柱上。且看经过屠杀的这片土地上的血淋淋的场景：“……行过一沟一池，堆尸贮积，手足相枕，血入水碧赭，化为五色，塘为之平。至一宅，乃廷尉永言姚公居也，从其后门直入，屋宇深邃，处处皆有积尸……”整个文本采取杂记形式，笔者自身亦被记录于笔端，和历史事件整个地融为一体，在文体上有些近似于笔记小说。在当时看来，则有似是“新闻”。所有这些，似乎与严肃的史学着述不太相同，很难列入史地奇书之中。事实上，这种形式的灵活性并没有影响到所记事实的客观性，相反，这样惨无人道的杀戮，由于是笔者的亲闻目睹，更增加了它的真实性、可靠性，亦即历史性。全文就像是一部目击记。正因为此，《扬州十日记》才成为史地着述中的一“奇”。
史可法的“深更泪”并没有能保住扬州。满人对于以后发生的事情的记载显然是很坦率的：
十八日(1645年5月13日)，大军薄扬州城下。招喻其守扬阁部史可法、翰林学士卫允文及四总兵官、二道员等，不从。二十五日(1645年5月20日)令拜尹图、图赖、阿山等攻克扬州城。
就时间而言，从5月13日开始的、到5月20日以攻破扬州城而告终的这场攻城战，无疑是短暂的。一般说来，在战斗中大炮是非常重要的，尽管并不绝对具有决定性。这种武器和中原地区的炮手们曾使清军初期战斗取得很大成功，因此清军就了解了这种葡萄牙重炮的重要性。的确，当多铎的先头部队驻扎在扬州北的斑竹园时，实际上是在等待后面的炮队。
史可法本人也非常知道这种现代化大炮的重要性。正是他在1643年建议，南京军械库的陈旧、笨拙的“神器”应该换成更为轻便的“三眼枪”(即三筒枪)。因而，在南京政权建立的头几个月里，史可法尽了极大的努力改装他的炮队。徐光启的学生陈于阶替他制造这种新的葡萄牙重炮。陈曾经在一个改变了他宗教信仰的天主教堂的铸坊学过这种技术。这样，在1645年5月20日开始的攻城战斗中，史可法由于沿石墙架在木制平台上的外国重炮而掌握了最初的主动权。
一旦多铎的士兵进入这些重炮的射程之内，那么就有成百上千的人被杀死杀伤。但是多铎不慌不忙地指挥自己的炮队向城墙西北角射击，随后清步兵一涌而上，通过大炮的火力网，一直冲到城墙根底下。在那里，史可法又掌握了瞬间的主动，因为他的弓箭手们直射城下的那些进攻者。很明显，此时多铎已经命令他的士兵不惜代价夺取西北角了。每当一名清兵倒在箭下，另一个便补了上来。很快，尸体越堆越高，一些清兵甚至不需要梯子就能爬上城墙。随着清兵越上越多，守城者便开始恐慌起来。城墙防御工事沿线的守兵们争着跳上木制炮台，以爬上最近的房顶，然后逃跑。在很多地方，过重的炮台坍陷了，那些守城士兵如果没有被压死，也在随后的肉搏战中被杀死了。
接着，这种恐慌在城里也蔓延开来。不管是因为叛徒的鼓动还是因为一些谣言(有人说，守军以为满军是黄得功将军派来的一些增援部队)，主要城门很快被城内的人们丢弃不管了。随着清军的涌入，南明的士兵丢弃了他们的头盔和长矛，狼狈不堪地逃向南门，企图从那个方向逃走。另外一些人，知道这座城市已经被全部包围了，干脆就不抱有任何希望。曾经以日记记载了随后发生的灾难的王秀楚还记得：“突有一骑由北而南，撤缰缓步，仰面哀号，马前二卒依依辔首不舍，至今犹然在目，恨未传其姓字也。”
就在守城的士兵丢盔卸甲，急忙在城中民房里寻找藏身之地时，史可法离开他在城北门的炮台，骑马穿过内城，直奔南门，他希望从那儿出去，然后从侧翼进攻满人。但为时太晚了，清军已经到达了城南门。史可法这时认识到，他已经失去了扬州，抵抗可能已是毫无意义的了。
一两天前，史可法曾面问庄子固，如果扬州城陷落，他是不是准备为主尽忠。庄子固不假思索地回答说，他会的。此刻，史可法真的请求庄把他自己杀死，但是庄子固不忍这样做。于是史可法猛然拔出自己的佩剑自刎。但是，他没有受到致命伤，只是倒在庄子固的怀里血流不止。史可法大声呼叫其养子助他速死，但是史得(德)威犹豫再三未能下手。结果从城北门逃来的败兵把他们席卷而去，后面有满人紧追不舍。混战之中，庄子固被杀死了，史可法被一个认出了他的清军将领捉住。史可法请求把他带到他们的指挥官那里去。
史可法很快就被带到豫王多铎那里。日记作者王秀楚几天以后这样描写豫王说：“忽见一人红衣佩剑，满帽皂靴，年不及三十，姿容俊美”。身穿精美之锁甲护胸，坐骑华饰，多人随从，虽为满人，其体貌甚伟俊，下巴突出，前额宽大，其随员中有多名扬州人。是为满人总督和皇帝之叔父豫王。
这份材料没有告诉我们，多铎在20日审问史可法时什么打扮，但是有一点是容易想象的，即在身材魁梧、衣着华丽的满族王侯和粗壮、面色阴晦、仍然穿着带有血迹衣服的中原将军之间，实在有天壤之别。据温睿临关于他们见面的记载，豫王很友好地召见了史可法，说：
“前以书谒请，而先生不从。今忠义既成，当畀重任，为我收拾江南。”
史可法回答道：“我此来只求一死耳。”
多铎问道：“君不见洪承畴乎?降则富贵。”
史可法答道：“彼受先帝厚恩而不死，其不忠于尔国明矣。我岂肯效其所为?”
于是多铎命令宜尔顿将军“劝说”史可法屈服，但是三天过去了，史可法仍然拒绝投降，于是下令杀害他。在《实录》的简短记载中，说道：“获其阁部史可法，斩于军前。其据城逆命者，并诛之。”
《实录》给人一种有计划地处死这批人的印象，实际上是骗人的。大部分史可法的部属，如总兵刘肇基、骁将马应魁、幕僚何刚、天主教徒、炮队专家陈于阶，或是死于街上的战斗或是自杀。史可法的全部19名私人幕僚都遇难了。但是由于随后日子里发生的暴行(那是在中国历史上最为臭名昭着的大屠杀之一)，他们的死难没有引起人们足够的注意。