(一)三座石牌坊之谜
北京昌平区的明十三陵和河北遵化市的清东陵，大红门外均设石牌坊一座，每座高12.5米，面阔31.85米，五门六柱十一楼，完全用巨大的石料采用木结构雕刻和构造方法而成。唯有清西陵，在大红门外建了三座形制一样的石牌坊，正面一座，左右两侧各有一座，而且还在大红门外设了两个石麒麟，因此十分宏伟壮观。并且乾隆朝绘制的雍正帝泰陵全图上则都有三座石牌坊等建筑了。为什么清西陵的石牌坊是三座?门外还有两个石麒麟呢?
目前主要有五种说法：
1.清西陵始建于雍正年代。雍正帝在当皇子时，曾长期居住在雍和宫。雍和宫南院伫立着三座高大牌楼、一座巨大影壁和一对石狮。喜欢独特创新的雍正帝认为自己能够当上皇帝，与自己居住宅院的风水有重要关系。于是将自己居住的阳间宅院的样式搬到了自己死后居住的阴宅，在清西陵大红门处修建了三座石构造牌楼门和两个石麒麟。
2.有人说，雍正帝营建自己的陵墓，蒙古王公为了表自己忠心，孝敬地捐献了营建三座牌楼门的费用，而三座石牌坊与大红门之间形成了一个形式上的封闭空间，但大红门建筑形式与石牌坊明显不同，为了区别主次，特意在大红门处安放了两个石麒麟以示区别。还有说安放石麒麟，是因为雍正帝当皇帝不是正大光明，为了防止恶鬼骚扰，特意设置了两个石麒麟，希望不仅能给自己带来祥和，还能帮助自己看守住阴宅大门。
3.还有人说，清西陵大红门建有三座石牌坊这是乾隆帝给建造的，既是出于乾隆帝的孝心，也是乾隆帝为了表明清西陵地位的重要性：清西陵风水范围虽然比东陵小，但其重要性也许更高。至于麒麟，则是表明这里是祥瑞之地。对这种说法，笔者质疑，三座石牌坊的规模不算小，而在乾隆元年，清西陵的石牌坊就已经存在。
4.镇压水怪。此地原为一个大水池，居住着已经修炼成正果的老乌龟，而当人们为了施工填埋大水坑的时候，为了镇住越来越多的水，当地州官把大印投入水里才镇压住，为了长治久安地镇压水怪，特意多修建了两座石牌坊。
5.还有一种说法是为了弥补风水上的不足。因为大红门外空间开阔，左右两侧是水流，大红门两侧九龙山和九凤山相隔紧密，如果只建一座石牌坊的话，大红门似乎显得比较单薄，无法聚集“天、地、人”三者旺气，而大红门内则因属规制，建筑物排列与之外相比较则拥挤，三气则又太浓，为了弥补这一缺陷，所以在两侧增设了两座石牌坊与大红门形成了一个独立的四合空间。在布局上则属于一个独立的大思维虚拟建筑物，属于古代风水理论中的借用手法。另外，值得注意的是清西陵三座石牌坊中的坊心是空白无任何花纹和雕饰，更无文字，不知为何?以上仅是笔者猜测，其实无论是出于风水景观的需要还是因为政治需要而存在，这都需要重要史料的发现。
(二)石像生之谜
七孔桥北面，有一组石像生，设有五对石雕像。其实在乾隆元年九月泰陵完工时，并没有建造石像生。其依据是乾隆元年(1736年)九月十六日，恒亲王弘晊及其他承修大臣给乾隆帝的一份奏折中没有提及石像生：
恭照泰陵地宫、宝城、方城、明楼、二柱门、陵寝门、隆恩殿、配殿隆恩门、朝房、神厨库、碑亭、龙凤门、望柱、大红门、石牌坊、桥座、泊岸、风水墙，臣等遵照规制，俱已敬谨修造完竣。再守护陵寝之贝勒、公、大臣、侍卫并官员、执事人等房屋以及礼、工二部衙署、八旗官弁营房一切工程亦俱各修造完工，事关大工告竣，臣等谨具题以闻。
雍正十三年(1735年)九月二十一日，一个叫玛起元的御史给乾隆帝的一份奏折，更证实了泰陵未建石像生：
伏思大行皇帝(指雍正帝)所以不用石像生者，必以景陵未经设立，不忍增加，此诚我大行皇帝仁孝之至意也。但石像生虽非风水所关，实系典制所载，万年缔造，有此更可以永肃观瞻。且景陵旁附孝陵，同一大红门，并未分两处围墙，是以圣祖仁皇帝不肯设立石像生者，亦出于孝思之深心。后世子孙欲竭追慕之诚，凡于典礼所载无不曲尽，方觉毫无遗憾。今奴才愚见，请于景陵前应照典制敬为添设。而现今万年吉地(泰陵)亦另为敬谨建立，以备从前所未备，如此始于典制无缺。
玛起元的意思是说，雍正帝的泰陵不建石像生，是因为康熙帝的景陵没有石像生。建石像生是属于古代规制，必不可少，康熙帝的景陵不建石像生，因为离孝陵很近，可以不建，但为了典制，两个陵都应该补建石像生。
乾隆帝也不知道泰陵为什么不建石像生，一打听，原来的风水官员回答说泰陵所处位置风水不适合建石像生：
泰陵甬道系随山川之形势盘旋修理，如设立石像生，不能依其丈尺，整齐安供，而甬路旋转之处，必有向背参差之所，则于风水地形不宜安设。是泰陵之未议设石像生者，实由风水攸关，非典礼所未备。
这才真正揭开了泰陵不建石像生的原因，既不是雍正帝所说的“需用石工浩繁，颇劳人力”，也不是拍马屁御史玛起元所说的仿照康熙景陵而不建。泰陵石像生补建时间，应该在乾隆十三年左右。
(三)泰陵大碑楼天花板之谜
泰陵大碑楼正式名称叫圣德神功碑亭。清代陵寝的大碑楼、神道碑亭、大殿、明楼的顶棚都是木制的格井天花。由天花支条和天花板构成，上面披麻挂灰，彩画。天花板为正方形木板，上面的彩画图案大多数为莲花水草。令人不解的是，泰陵大碑楼的每块天花板在圆形内的水草部位都有一个直径约十几厘米的圆孔。每块天花板上的圆孔都在同一部位，大小也一致，总体看上去，成排成行，非常有规律，这种现象只有泰陵大碑楼有，孝陵、景陵、裕陵、昌陵的大碑楼都没有这样现象。看其情形，绝不是为了通风而特意留下的，到底是怎么回事，目前还不得而知。
(四)地宫之谜
泰陵是属于清朝前期的陵寝，而地宫则属于整座陵寝中最核心、最神秘的地方，对于陵寝研究来说，地宫研究则属于重中之重，因泰陵地宫没有开启，因此，泰陵地宫存在着很多神秘色彩。
泰陵之前的皇帝陵地宫还没有打开的实例，而且关于泰陵地宫的档案资料少，而距泰陵建造时间最接近的则是乾隆帝的裕陵，按照清陵大多数是按照旧制来营建的制度推理，雍正帝的泰陵有可能也是九券四门。据清宫档案记载，泰陵地宫地面共用二尺金砖473块。但是否也像乾隆陵那样，在地宫中布满佛文雕像，现在不得而知，因为雍正帝当时只是进入过景陵地宫，并且很可能是遵循景陵的典制而建造的，而景陵地宫规制究竟如何，现在也不得而知。
(五)藏宝之谜
中华民族是最能为死者操劳的民族。生者为了表达对死者无限的哀思，则通过对死者的厚葬的方式把死者生前享用的各种物品都统统陪葬在地下，甚至包括奴仆，以慰亡灵，供他们在阴间享用。封建帝王更是如此。因此死者在地下如何生活或者说存在的方式，是人们议论和研究最多的问题。虽然雍正朝实行了有效的档案管理，在雍正朝开始，相关的清代档案明显多了起来，但是关于雍正帝陵寝和雍正帝身后的档案却很少，只是知道雍正帝在安排自己身后的事情时，特意将当年孝庄太皇太后赐给他的数珠一盘、其皇父赐给他的数珠一盘、怡亲王允祥留给他的玻璃鼻烟壶一件及一部《日课经忏》安放在他的梓宫内，其他的则不知道。按照雍正帝的这一思路来思考，他一定会留有喜爱的物品放进地宫里陪伴自己的，而且他的儿子乾隆帝也一定会额外地陪葬很多珍贵物品给雍正帝的。但这一切都只是猜测，相关的档案一直没有发现。
内行看门道，外行看热闹。这句话一点都不假，大多数人关心的只是地宫藏宝，而真正值得历史学家所关注的则是里面所葬主人的秘密。
(六)金头之谜
在泰陵地宫里面，其实最能引起人们关注的还是雍正帝遗体是否有头，是真头还是金头。据野史记载，雍正帝是武林高手，在一次祭祀活动中，曾亲手杀死了偷袭自己的刺客，并指令手下捕杀了对自己有威胁的一个大和尚，但和尚临死前留下遗言“我虽死，但雍正也难免一死”。雍正帝虽然加强了防范，但最终还是被侠女吕四娘深夜所杀死，因此埋葬在地宫里面的雍正帝，是否有头，这是关系到雍正帝是否正常死亡的最有力证据，也是验证民间传说正确与否的最好实物，是解决历史之谜的最有效途径。现在所有的一切，在没有打开地宫之前都是猜测，都是一种推理而已。
(七)尸身安放之谜
据说，清朝帝后陵地宫中的帝后是按易学的方位安排葬入尸身朝向的。
皇家所依据的葬法是易学文化方位。易学文化方位包括河图方位和洛书方位，洛书方位又称九宫方位。“太乙取其数以行九宫，四正四维皆合于十五”。洛书之数组成一个完整的人体。按洛书的说法，数字与人体间的关系是：戴九履一，左三右七，二四为肩，六八为足，五居中央。横竖斜皆合于十五。从方位上看三为东方，九居南方，七居西方，一居北方，五居中央;二、四、六、八分别居于西南，东南，西北，东北四处。由于易学文化方位以“东方为左，西方为右，南方为前，北方为后”。从而帝后在入葬方位上既是躺下为头北脚南，坐起是面南背北，处于君临天下的态势。
帝后陵的整体建筑方位与地宫方位均相同。
雍正帝的泰陵是没有被盗过的清代帝陵，并且还是清初期丧葬文化向中原汉文化过渡的重要时期，雍正帝尸身的具体摆放位置是什么样，有待进一步考证。
(八)建筑方向之谜
据考证，泰陵的前后建筑不在同一条轴线上。从泰陵石牌坊以南的五孔桥到石像生北是一条轴线，龙凤门到泰陵宝顶则是另一条轴线，两轴线交汇点大约在泰陵的案山蜘蛛山处，两轴线夹角为15°-17°。中国古代陵寝建筑的显着特点是无论此建筑物数量多少，主要建筑排列均要在同一条轴线上，以求对称美。而泰陵明显违背这一建筑理论，很可能是出于风水的考虑，因为清东陵的孝陵宝顶与陵寝中轴线也不在一条同轴线上。实际情况如何，还有待进一步考证。
清代皇陵既是古文化宝库，也是历史迷宫。它的下面在埋葬着无数的精神和物质财富的同时，也深深地埋藏着墓主人生前的传奇和死后的神秘，至今仍是迷雾重重。