土司制度是在唐宋时期羁縻州县制的基础上发展而成的，其实质是“以土官治土民”，承认各少数民族的世袭首领地位，给予其官职头衔，以进行间接统治，朝廷中央的敕诏实际上并没有能够得到真正的贯彻。有些士官以世袭故，恣肆虐杀百姓，为患边境“汉民被其摧残，夷人受其荼毒。”甚至土司家族内部械斗或是战争，康熙三十八年(1699年)，东川彝族禄氏家族因争夺土府继承权，互相残杀。
为了解决日久相沿的土司割据的积弊，明清两朝的君主，已经开始酝酿解决这个问题。改土归流一般采取两种办法：“一是从上而下，先改土府，后改土州。二是抓住一切有利时机进行，如有的土官绝嗣，后继无人，或宗族争袭，就派流官接任;土官之间互相仇杀，被平定后，即派流官接任;有的土官犯罪，或反王朝被镇压后，以罪革职，改由流官充任”黄现璠著《壮族通史》
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清朝雍正年间在西南一些少数民族地区废除土司制度，实行流官制的政治改革。元朝开始实行的土司制度弊病很多，土司对内残暴统治属民，对中央叛服不常，骚扰与之接壤的汉民，土司之间也不断发生战争。为了解决日久相沿的土司割据的积弊，明清两朝的统治者大多主张实行改土归流政策。即在条件成熟的地方取消土司世袭制度，设立府﹑厅﹑州﹑县，派遣有一定任期的流官进行管理。康雍乾时期清朝国力强盛，雍正帝又是锐意进取的君主，因此大规模推行改土归流的条件已趋成熟。