巴达克山汗索勒坦沙在阿尔浑楚岭战斗中擒大、小和卓。至此，大、小和卓动乱被平息。从而结束了天山南北地区的分裂局面。
六月，兆惠和富德各率兵1.5万分别攻喀什噶尔和叶尔羌。清军两路会师在叶尔羌城东黑水河畔击败叛军，乘胜分军，攻取喀什噶尔和叶尔羌。大小和卓见大势已去，大掠城中财物后率部弃城南逃，越葱岭西遁，逃往帕米尔。清军追至伊西洱库尔淖尔，将叛军围在山岭上，一面施放火器，一面大呼招降。叛军“降者蔽山而下，声如奔雷，小和卓木手刃之不能止也”(魏源《圣武记·乾隆勘定回疆记》)。清军获叛军降卒1.2万余。
1759年夏天，大小和卓带着妻孥旧仆三四百人逃奔巴达克山(今阿富汗东部)。清军派人与巴达克当地部族交涉，八月，大、小和卓被巴达克山部首领素勒坦沙执杀，把尸首送交清朝。(《圣武记·乾隆勘定回疆记》)
乾隆二十五年(1760年)正月末，浩罕、巴达克山、博洛尔使臣至京。正月二十七日(1760年2月27日)，乾隆皇帝升御座于午门，行受俘礼，额尔登额等官兵将霍集占首级进献阙下。二月二十七日(西历4月12日)，兆惠、富德、明瑞、巴禄等将士抵京。乾隆皇帝驻跸良乡县(县治在今北京市房山区良乡镇)黄新庄，郊劳西征诸将士，筑坛告天，并设宴款待将军大臣与回部王公、伯克。三月三日(西历4月18日)，乾隆皇帝在丰泽园(今中南海内)宴请兆惠、富德、明瑞、巴禄与回部王公伯克、文武大臣，赏赐出征将士帑银、缎匹。