武则天进宫被封为才人之后并不是那么一帆风顺的，也没有象母亲杨牡丹希望的那样发展。当时与袁天纲齐名的另一星相家、当朝天文宫太史令李淳风观天象时，发现太白星连日出现在白天，于是，便占卜一卦，这一卦非常奇怪，李淳风不敢怠慢，奏太宗皇上说：“女主当昌。”与此同时，长安民间亦流传出一种手抄本《秘记》，上写：“唐朝三代之后，女主武王当有天下。”
太宗闻言大惊，决定将涉及《秘记》内容有重大嫌疑的人全部杀掉。在滥杀了许多无辜之后，屠刀悄无声息地举向了武则天。武则天应对自如，死里逃生。但猜疑心极强的太宗皇帝再也不相信也不宠幸武则天了。
武则天不但失宠，而且还被降为侍女。她举步维艰，整日如履薄冰。于是，她重新调整心态。侍女每日要侍立皇上的身边，每当武则天抬头，就会看到太宗皇上审视逼人的目光，她几乎崩溃了，她要生存下去必须调整心态，由心悸到坦然相对，经历了炙烤般的磨炼。作才人侍候皇上时身心娱悦，作侍女跟随左右，维护皇上尊严没有半点漏洞。太宗几起杀机，又几弃杀心，就这样武则天活了下来。
这时候的唐太宗已经步入人生的晚年，这一天唐太宗病了。太宗便让太子李治常来伺候自己，也方便给他传授治国之道。伺候在太宗身边的还有武则天，李治和武则天的故事也就是因为共同伺候太宗而正式拉开帷幕。
李治喜欢武则天是两情相悦的结果，在作侍女的几年中，武则天也没想到自己能被皇子李治看中，后来他们倾心相恋了。
武则天是个有心计的女人，她庆幸自己的转机来了，她努力迎合着李治频频送来的秋波。
宫廷中争权夺位的斗争从不停止。一会儿有人光彩四溢，飞黄腾达，一会儿有人悲怆落难，一蹶不兴。李治在宫廷斗争中被推上皇太子的宝座，武媚娘也跟着有了一线的希望。然而，这一线希望随着太宗皇上的驾崩而破灭了。
太宗皇上在死之前曾逼问武则天：“朕死后，汝有何打算?”他仍想着《秘记》中的谶语，惟恐武则天留在宫中将来夺他李氏的大唐江山。这一问，看似平常，实则藏匿着隐隐的杀机。这一问，若稍作迟疑或者回答不得当，便逃不脱杀身之祸、灭顶之灾。
武则天慌忙双膝跪地：“臣妾蒙圣上隆恩，本该一死相报，但是圣上病体一定会痊愈的，妾还要忠心侍君。若圣上怜爱，臣妾愿削发为尼，吃斋念佛，为圣上祈祷拜祝长生，以报恩宠。”
这是武则天急中生智自保的想法，也是与佛结缘的率真举措，也是她巧妙逃避太宗追杀的正确抉择。应该说，母亲对她的影响还是极为深刻的。
太宗觉得，只要武则天遁入空门，远离皇宫就去掉了缠绕自己的一块心病，便可万事大吉。所以他亲眼看着武则天收拾好东西，被发往感业寺削发为尼。
风凄雨悲，寒热无着。去感业寺的路上，武则天六神无主，伤痛的心中一片空白，真不知此去前途如何。
这一年，武则天25岁。
然而，新做皇帝的高宗李治，这位父皇在位时就与武则天偷渡情波的风流天子，他对武则天的绝代佳貌极为倾心，他是不会忍心让武则天去感业寺孤守青灯，永绝尘缘的。不过，更大的可能，李治对武则天，决不简单的相貌欣赏。陪伴了12年李世民，年龄到了25岁，也不会美丽到哪里。也可能是有多次对宫廷、甚至朝政的交谈，武则天超绝的见识，打动了李治，他才会下那么大的决心，将一个父亲的才人、长着自己一辈的女人再一次弄回宫里。
而当时的皇宫中，王皇后与萧淑妃的争宠之战正愈演愈烈。
不会生育的王皇后，为了彻底击败正被高宗宠幸的萧淑妃，几乎挖空了心思，到了机关算尽的地步。她打听到高宗与武则天近期频频偷情的事，高兴不已，私下派人命武则天蓄发，她一面向高宗进言，劝高宗将武则天也纳入后宫，由此而达到她离间皇上与萧淑妃的目的。
永徽四年(653)春，29岁的武则天奉诏，带着她与李治的私生子，告别生活了四年之久的尼姑生活，离开了感业寺，二次入宫，被高宗册封为昭仪，位列正二品之首，比首次入宫时的才人升了三级，成为妃嫔中身份地位较高的等级，仅次于贵、淑、德、贤四妃。这件事一下子轰动了朝野内外。
其实，武则天并不满足于当昭仪，她的目标是争夺皇后的位子。在李勣、许敬宗、李义府、崔义玄、王德俭、袁公瑜等庶族官僚的支持下，高宗开始谋划皇后废立之事。以国舅长孙无忌为首的褚遂良、于志宁、韩瑗、柳爽等极力反对。袁公瑜知道此事非同小可，立马将此事告诉武则天的母亲杨牡丹。杨牡丹立即将此事告诉许敬宗。许敬宗又转告武则天和高宗，在武则天的暗示和授意下，杨牡丹和许敬宗亲自找长孙无忌说情送金银珠宝，可是都遭到了拒绝。
就在这时，在朝廷内外又有传闻说“龙舟感孕”的故事，这个故事讲的是武则天出生的始末。
武德九年七月，李世民受禅即帝位，改元贞观，尊高祖为太上皇，立长孙氏为皇后。
武士彟被免去工部尚书头衔，赐赏黄金二百斤，改任豫州都督兼管豫、息、舒、道四州诸军事。一年后任利州都督兼隆、始、静、西、龙等六州诸军事，增邑五百户，并赐珍物服玩。
当时他51岁，杨牡丹带着儿女离开长安，随丈夫移居利州，即今四川省广元市。
武士彟任利州都督有五六年之久，杨牡丹和女儿一直随他住在都督府。
广元市地处四川省北部边沿，嘉陵江上游，与陕西、甘肃接壤，是一座享有“川北锁钥”、“蜀门重镇”的历史古城。北连秦岭，南屏剑门;城东凤凰山岿然屹立，城西乌龙山凌空虎踞，群山环列，气挟风雷。又是剑门蜀道(古栈道)、嘉陵航道以及当代川陕公路、宝成铁路的必经之地。
武士彟莅任利州后，勤政爱民，像在扬州一样，没有多久，便把利州治理得人心安定，百业兴盛。
利州同仙掌有些相似之处，有山有水。可是嘉陵江比起渭河来，山光水色更迷人，杨牡丹作为都督夫人当然要参加这个重大的庆典。利州的商人和百姓特意为武都督准备好一只装饰非常漂亮的龙舟。武士彟和杨夫人登上了龙舟，观看竞赛。
时刻已到，指挥者一声令下，鞭炮齐响，锣鼓喧天，呼声雷动，龙舟顺着江面，争先驶向江心，显示出一片繁华盛况。利州山城的百姓都很高兴，锣鼓声、欢笑声、呼喊声，江岸边又传来男男女女的歌唱声。正在大家兴高采烈时，在都督府龙舟的上方出现了一片乌云，罩住了都督府的龙舟，周围突然一片漆黑，一条黑龙挟风带电，从乌奴山腾空而下，围绕官船盘旋一周，进入船篷后消失了。黑云很快升空向北方飘去，渐渐隐没。都督府龙舟上的人个个吓得出了一身冷汗，都说这是从未见到过的怪现象。武都督也惊诧不已，明明正午天空太阳红彤彤的，怎么会有风云出现呢?只有都督夫人半躺半卧在船篷里，看到那股狰狞的黑气是一条龙，钻进了自己的肚子里，她虽然吓了一跳，却没有什么不舒服。
过了一段时间，杨牡丹又怀孕了，武都督喜不自胜。
次年正月二十三日，杨牡丹临产，只是这次不像以前那样顺利。刹那间，厅堂上空彩云缭绕，金光闪烁，厅堂内香气氤氲;接着从东山上飞来一只五彩凤凰，绕都督府转了一圈，呜叫一声，随即展翅向长安方向飞去。如此怪异的现象，武都督有些惊魂不定，不知是吉是凶。正琢磨着，只听见堂屋内几声婴儿啼哭，杨牡丹生下了武则天。
当然，这只是人们的传说，这个神话传说应该是杨牡丹为武则天夺取皇后之位编造出来的，说武则天出生前是“黑龙感孕”，“凤凰来祥”，当然有利于她和王皇后的争权。武则天掌权后把利州西山改名为乌龙山，把江潭叫黑龙潭，改东山为凤凰山。又把杨牡丹当年在利州进行佛事活动的西山寺改名为皇泽寺，并进行修缮和扩建。
龙舟感孕的传说，为的就是废立之事的明争暗斗而出笼的。六年(655)十月十三日，高宗下诏：王皇后、萧淑妃谋行鸩毒，废为庶人，母及兄弟，一并除名，流岭南。