明朝的政治制度使得明朝精英阶层空前膨胀和精英阶层确立了独立性，无论是经济上的独立性还是思想上的独立性都在不断加强，单个精英或精英团体与君主或皇帝的利益，与帝国的利益越来越难协调一致;而君主的权威随着时间的推移也在逐渐下降。因此，出现了明朝皇帝越来越难以控制文官集团，越来越难以随心所欲。维护君主，打击精英，反历史潮流而动，严重破坏生产力，破坏经济和社会的健康稳定成为历史必然。
明朝政治黑暗根本原因是封建社会的森严的等级制度造成的，是封建社会本身无法摆脱的痼疾，一层一层的等级，也就意味着一层一层的剥削与镇压。
重要原因是皇帝的昏庸，明朝历史上出了很多为的昏君，有嘉靖，十几年没有上朝.再次，明朝的宦官专权与朋党之争也是明朝政治黑暗的一个原因。
明朝是中国历史上一个饱受抨击和嘲笑的朝代，几乎一切腐败的因素都在明朝集中显现出来。
目光短浅的小农治国思想，正是这种政治退步的根源。从朱元璋立国后诛杀大批功臣，到崇祯年间袁崇焕的千古奇冤，
大明王朝的忠臣良将多不得善终。人才的奴化，直接导致了人才的凋敝，以至于“朝庙无一可倚之臣，天下无复办事之官”。
这个千疮百孔的王朝至死都没有看清，因为它有“只看重眼前利益”的习惯，它在紧紧抓住眼前的时候，却早已失去了整个世界。
朱元璋用小农思想来治理一个偌大的国家，这从建国一开始就给这个王朝埋下了隐患!
明朝朋党之争在整个明朝占主要内容，皇帝有意让十八省内部形成各党，利用各党内斗，造成民不聊生的局面。