关于徐福东渡的原因，历来说法不一，概括学者们的观点主要有如下几种：
一、求长生不老仙药说
这是最为传统的观点，《史记》等相关史籍在提到徐福时，都明确记载了其入海的目的就是奉秦始皇之命寻找长生不老药。在秦代及以前的战国时代，方士是很流行的，他们这些人通晓天文地理、舟师航海之术，还热衷于求取长生不老之方。在齐地和燕地，这样的方士很多。战国齐威王、齐宣王、燕昭王时，便有大批齐、燕方士入海求蓬莱仙药。和徐福同时代的方士像卢生、韩终、侯生等，他们不仅通晓方术，而且熟知天文地理、医术、农业及航海等知识。徐福作为方士中最著名的一个，为秦始皇入海求药就是其东渡的目的。这在琅琊台徐福上书时就明确了的。
二、避秦始皇追责说
这也是较为普遍的一个观点，《汉书》及《后汉书》中都采此说。《汉书·郊祀志下》说：“徐福、韩终之属多赍童男女入海，求神采药，因逃不还，天下怨恨。”《后汉书·东夷传》说：“又有夷洲及澶洲，传言秦始皇遣方士徐福将童男女数千人入海，求蓬莱神仙不得，徐福畏诛不敢还，遂止此洲”。因徐福求仙药不得，怕无法向秦始皇交待，为避免杀身之祸，遂东渡不归。历代为史书作注的史学家也都采用此说，这种观点甚至传到了日本和朝鲜。如日本新宫市徐福墓碑文也写道：“盖徐生之避秦……”
三、海外探索说
执这种观点的学者认为，以千古一帝秦始皇的雄才大略，断不会轻信长生仙药之说，他派徐福出海，应有海外探索之意。始皇统一天下以后，志在探索海外。在十二年的时间内，他不畏长途跋涉，四次至东方沿海巡视，北至碣石，南至会稽，三次到琅琊、之罘、黄腄。第一次于始皇二十八年(公元前219年)，登泰山封禅以后，沿渤海到了黄腄、之罘、成山，在山东半岛转了一圈，南下到了琅琊。他在此住了三个月，派徐福入海采药。他在琅琊刻石中说：“普天之下，抟心揖志。器械一量，同书文字。日月所照，舟舆所载。皆终其命，莫不得意。”又说：“西涉流沙，南尽北户。东有东海，北过大夏，人迹所至，无不臣者。”[1]秦始皇所向往的是：凡是日月所照的地方。都是他的疆土；凡是人的足迹所到达的，都是他的臣民。他这样多次到沿海一带巡视，说明他对东方大海的极大关心。有的学者说：“始皇东巡的根本目的在于实现东至扶木（扶木即扶桑）的理想，而徐福探海东渡正是实现始皇理想宏愿的具体行动。”因此，徐福集团大规模、有组织的东渡，实际是在执行秦始皇海外探索的计划。而战国时代邹衍的大九州学说则是引导其积极探索海外的指导思想。
四、海外移民说
持这种观点的学者们认为，秦始皇统一全国后，为了加强中央集权制、巩固其统治地位，不顾长期战乱和百姓的死活，建立了一支规模庞大的军事力量，连年对外用兵，南征百越，北击匈奴，致使国力亏空，百姓生活苦不堪言。不仅如此，他还不顾实际情况，征调全国人力，修筑长城、阿房宫、骊山墓等大型工程，导致广大人民怨声载道。面对秦皇的暴政，徐福决定利用为秦始皇入海求仙的名义，借助中央集权的力量，去海外寻找一个理想的世外桃源。于是，他便精心筹划、周密制定了一个大规模移民海外的计划，并根据实际情况逐步实施。二十世纪八十年代以后持此观点的学者日益增多。
五、海外通商说
著名历史学家翦伯赞在考察徐福东渡的目的时，在他的《秦汉史》中写道：“徐巿（即徐福）等之入海寻求三神山，正是当时滨海一带的商人，企图打通与日本诸岛之商业的通路。”
六、抗秦暴政说
持这种观点的学者的理由与持海外移民说的学者们的理由基本一致，他们认为秦始皇的暴政必然会引起人们的反抗。居住在沿海一带的方士们，利用熟知大海的优势来逃避秦朝的专制苛政。徐福便是出于这样一个目的，“利用始皇帝企图长生的愚蠢，暗暗地，有步骤的施展自己的计谋。他要的大船、捕鱼鱼具、连弩等武器设备，都为过洋出海所必需”。
七、为齐复仇说
朝鲜时代儒学者金就文的《徐巿论》提出徐福东渡是为齐国复仇的观点。当代日本学者奥野利雄先生也赞同此说。他认为徐福东渡是为了报亡国之仇、消灭族之恨而策划的一次叛离秦始皇恶政统治的行动。为实现目标，徐福用他的三寸不烂之舌说服秦始皇一再拨发经费、赏赐宝物、申请船只、组织人员、集结各种有用人士、准备粮食种子，为逃离后的安居乐业做好一切准备。再者，徐福所带之人也多为原齐国人，他们对秦始皇的统治极为不满，因此最终叛逃海外。
笔者认为，徐福东渡的目的是随着秦始皇的心境和身体状态而变化的，在琅琊台，秦始皇意气风发，以求长生不老药之名求探索海外世界之实。再见徐福，秦始皇不惜以皇帝之尊，亲自下海射鲛鱼，为徐福东渡开路，则是身体出现了状况，需要吃长生不老药。