朱元璋为了一劳永逸地解决皇权与相权的矛盾。废除了沿袭近两千年的宰相制度。使得皇帝的权力空前的强化，但是也导致了皇帝工作负担急剧增加。朱元璋是个勤政皇帝，还能忍受，后面的接班者可没有这么勤政，这就势必需要一个机构来承担起丞相这个职位责任来，内阁制度就是在这种背景下诞生了。
明初沿元制，中央设中书省，置左右丞相﹝正一品﹞及其系列属官，总理吏户礼兵刑工六部事务。但由于丞相之上无皇太子领衔的中书令，下又无参议的文臣，故相权比元时更为膨大，对此朱元璋深表疑忌。为确保皇权，明太祖乃在洪武十三年以胡惟庸谋反为借口，罢中书省，废丞相及其系列属官，将中书省的政务分别归入六部，六部尚书直接对皇帝负责。又严令嗣君不得再设丞相，“臣下有奏请设立者，论以极刑”，以达君主高度集权之目的。
可是，国事纷繁，皇帝一人，势必无法处理，必须有人协助，故太祖于同年九月置四辅官（春官、夏官、秋官、冬官），地位在尚书之上。四辅官多以宿儒充任，其职掌在与君主讲论治道，衡鑑人才，封驳刑法，地位虽高（正三品），但不直接处理重大政务。四辅官虽只设置年余，却为明初中央政治制度新转变之征兆，反映君主独裁亦需人“协赞政事”不可。
据《明太祖洪武实录》，在洪武十四年十月，翰林院官已论决刑事，平驳诸司奏章。其后参预机密之大学士，多出身翰林院，奠定内阁制度之根基，可见明代内阁是由翰林官发展而来。又据《续文献通考》：「洪武十五年十一月，倣宋制」置殿阁大学士，秩五品，位在尚书、侍郎之下，其工作不过「侍左右，备顾问，不得平章军国事」，可见太祖仍不是以大学士掌国政。洪武朝殿阁大学士之设置，可视为明代内阁制度之创设期。
至成祖即位，《明会要》称：「明成祖即位，特简解缙、黄淮等入直文渊，..........谓之内阁，内阁之名由此始。」《明史》又称，以其「授餐大内，常侍天子殿阁之下，避宰之名，又名内阁」。内阁乃正式确立，大学士的权位亦渐高。
成祖时，内阁之称谓、体制、职责各方面，基本上形成，但地位仍只五品，既无独立之办公室，六部的奏章，亦不先往内阁，故权力仍不大。到后来，杨士奇、杨荣、胡广等先后入阁，实权与地位皆有所提升。终明之世，内阁制度的演变，可分三个阶段：
第一阶段是仁、宣时期内阁权势显着提升。仁宗即位，阁臣由五品提升为三品，大学士杨士奇等与吏部尚书蹇义同有密封奏事权。而杨士奇等为三孤﹝从一品﹞升尚书，形成「虽居内阁，官以尚书为尊」。此时期内阁制度的另一演变，乃「条旨制度」之出现。条旨又称「票拟」，即阁臣草拟对各种奏疏之处理意见，用小条贴于奏章上，供皇帝参考采用。由是阁臣取得处理国家大事之实权，利用详审奏章加以票拟之机会压制六部，票拟往往成为敕谕发至全国执行，阁权日重。
土木之变后，景帝即位，内阁制亦起变化。从不置官属变为下辖诰敕房、制敕房，两房均设中书舍人任书办。英宗复闢后，内阁制得进一步发展，乃」首辅制度」之出现。内阁大学士多至六、七人，少则三、四人，多以入阁先后、资历及君主之意愿，选定一人为首辅﹝首揆﹞，即内阁首领，一切大事及票拟，均由首辅主决，＜廿二史札记‧明内阁首辅之权最重条＞谓﹕「大事皆首辅主持，次揆以下，不敢与较。」至此，内阁制度逐渐完备，首辅成实际上之宰相。
第二阶段是世宗嘉靖至神宗万历年间，乃内阁制之全盛时期。
英宗时又发展出影响内阁权力之「司礼监」。时内阁所拟之批答需交宫中司礼太监」批红」，即由司礼监之秉笔太监」遵照阁中票来字样，用朱笔楷书批之」。由于正统以后，君主宠信宦官，以致「内阁之票拟不得不决于内监之批红」，阁臣不得不仰俯宦官鼻息，内阁权力一度衰落。
内阁制之演变由宪、孝以至世、穆，力权日见提升。阁臣每以宰辅自居，世宗嘉靖初年，杨延和以迎立有功，又得君主重用，使阁权渐重。其后，夏言、严嵩、相继为首辅，俨如宰相。至穆宗徐阶、高拱主持内阁，「独断专行」，形成世宗、穆宗间阁权的高峰期。神宗年幼即位，张居正出任首辅十六年，推行一系列的改革，国家大事皆由其主理，内阁制至此已发展至巅峰。
神宗以后内阁权力日渐衰退。张居正死后两年，即「祸发身后」﹔盖神宗亲政不免追修受制的前怨，而张居正一手提升之阁权，亦因而大变。神宗亲政后对张居正的报复，令继位之阁臣懔于专制君权的神圣不可侵犯，加上各部大臣与言官俱求摆脱内阁制缚，致后来之阁臣不敢揽权自恣，只能外采舆论，内迎君主旨意，内阁权力难复旧观。此外，万历中叶，神宗荒废政事，长居深宫，不与阁臣接触。其时内阁或比附结党，或受制阉宦，或沦为宦官鹰犬。熹宗天启年间，魏忠贤专政，内阁作用更荡然无存。思宗刚愎自用，国家又内外交困，内阁己不能发挥作用。
虽然明代内阁自始至终只是皇帝的私臣，只是政务的补助机关，一切公文都以皇帝名义发布，但内阁制度在明代仍有一定程度的作用。太祖废相后，君主成为实际的行政首长，一切大政均须亲力亲为。据《春明梦余录》载，自洪武十七年九月十四至廿一日的八日中，内外奏札就有1160件，共3291宗，事务如此繁重，君主实难应付，内阁制度正有补救的作用，究之，约有下列各项：
在太祖、成祖、仁宗时期，内阁发挥了「谘议大政」的作用。洪武十五年，太祖设殿阁大学士，即备顾问；成祖开内阁于文渊阁，命翰林院儒臣解缙等人入阁「参预机务」；仁宗时，每遇机务，须计议者，必亲御翰墨，书大学士杨荣等姓名，由荣等规划，都是明显的例证。
自宣宗创「条旨」制度后，内阁即发挥「参断机务」的作用。《续通志》称宣宗宣德三年，「凡中外章奏，阁臣俱用小票墨书，贴各疏面以进，谓之条旨」。条旨制度做成君主不必与阁臣面议，英宗即位，中外奏章皆委内阁签办，辅政作用更见明显。
自英宗以后，首辅制度渐次形成，内阁遂发挥类似汉唐「宰相辅政」的作用。英宗天顺中，李贤以吏部侍郎领兵部尚书，地位较其他阁臣为尊，成为「首辅」专权之始。其后「大事皆首辅主持，次揆以下，不敢与较」。（赵翼：＜廿二史札记＞）夏言为首辅，严嵩不敢与分席。至此，一切政务取决于「首辅」一人，虽无宰相之名，却有宰相之实。张居正在内阁任职十六年，群臣俯首听命，充分发挥宰辅作用，亦足以使中央之权力组织，获得一定的安定局面。
神宗以后，君主荒怠政事，深居内宫，不亲政务，「批红」实权虽然落入宦官手中，造成专擅，但内阁仍掌票拟，足以维系明室政府的运作，使明政权得以不坠。至崇祯年间，不再着重首辅地位，因而国政日坏，终导致明亡。
内阁制度，虽然在辅政方面，确能发挥积极的作用，但明代内阁大学士地位不足当宰相之任，且其本职亦只是侍从备顾问。后来内阁获取票拟之权，亦只是在幕后协助皇帝处理国政，属皇帝祕书而不是名正言顺的宰相，由是而滋生流弊。
首先，内阁制度欠缺制度性，产生组织、权责经常变动的流弊。就权责而言，内阁始终不是法定的最高行政机构，首辅亦非法定的最高行政首长，六部也不是它的法定直接下属，而由君主独掌命令大权。内阁所持有的权力，出自皇帝授予。因此，内阁有否作为，全视皇帝的作风而定，故历朝内阁的权力都有所不同。如神宗信任张居正，其职权几乎等于昔日的宰相。但如果皇帝不信用内阁，如崇祯喜亲力亲为，整个内阁即失去作用，明亡与此不无关系，可见其流弊之深。
其次，首辅有相权而名不正的流弊。内阁仅属祕书机关，无宰相之名，亦无宰相之位，更无宰相之责，但皇帝信任时，又确有宰相之权力。明代内阁成立之后，事实的演变，产生首辅，权力堪比中国古代宰相。但此不过内阁中相沿的惯例，并非律定，故不为外廷所承认。《明史纪事本末》谓﹕「严嵩无丞相之名，而有丞相之权；有丞相之权，而无丞相之责。」正道出内阁制度的流弊。内阁有宰相之权而无宰相之责，出错时便诿过他人；无宰相之名位而有宰相之权，则朝臣不能信服。张居正任首辅，仍须与中官冯保结合才能执掌大政，方能施展抱负，便是明显的例子。明代宦官之祸严重，内阁制度之名不正有着极密切的关系。
内阁制度的发展始终都处于畸型状态，对明代政治产生极不良之影响：
首先，助长了明室的君主专制。内阁制度随君权的高度强化而建立，权力的来源，由君主所授予，对君权根本就无节制的作用，事无大小，内阁都要秉承皇帝的旨意行事，遂成为皇帝加强专制独裁的工具，遂使明代的君主专制比历代为甚，助长了君主专制。
其次，形成了明代宦官的专权。明代内阁因为欠缺法定的地位和权力，只是政务的补助机关，透过票拟、条旨来辅政，但大学士的票拟最后决定于皇帝的朱批，而明制以司礼监秉笔太监掌章奏文书，宣宗时，大臣章奏除由皇帝亲批数本外，皆由秉笔太监照内阁大学士之票拟批红。宣宗以后，人主怠荒，深居内宫，朱批便由秉笔太监处理，从此宦官透过司礼监的职务得以正式与外廷往来，宰辅之权便为内臣所侵夺，司礼监有「太上内阁」之称，造成了明代宦官的专横。
再则演成朋党的倾轧。内阁行使相权实在名不正言不顺，容易造成内阁与外廷官僚的磨擦。明之内阁，上受君主的箝制, 内受宦官的操纵，阁臣想握权，一方面须交结内监，另方面则又要倾轧同列的大学士，遂演成朋党之祸。如严嵩任首辅，威权极崇，但却为阁僚徐阶所倾倒；张居正任首辅，也因内结司礼监冯保方能遂意，结成朋党，方可行使权力，但在革弊振衰时，仍不免受言官攻击，被指责为揽权专断的权臣，甚至「祸发身后」，被夺爵抄家。
明代朋党倾轧激烈，实与内阁制度名实不符的矛盾有密切关系。继则导致政风因循。明代阁臣绝大多数由进士而入翰林，再而入内阁，多缺乏实际的政治经验，一旦入阁，多保守因循。而且，内阁的权力，由皇帝授予，宦官又居中窃柄，阁臣为保官秩，于是只能对君主唯唯诺诺，对宦官俯首听命而不敢有违，遂使政风因循腐化。如张居正之循名责实，积极有为，仍非议四起，故后人多不敢有为，多随俗因循，政治更不堪闻问，对明室政治有极坏之影响。
总之，内阁制乃明祖废相后衍生的辅政机关，但名实不符，乃演生许多弊端。黄宗羲《明夷待访录》指出：「有明之无善治，自高皇帝罢相始也。」指出了废相后的内阁无从发挥宰相之权责，致使政治败坏，可见其影响之深。
明朝内阁制度与之前丞相制度有何区别？
第一，地位不同。
汉唐宋的宰相机构如丞相府、中书省等等，都是国家法定机构，位列部院之上，宰相也都官居极品；明朝内阁却没有法定地位，内阁大臣正式官衔是大学士，属于翰林院的官职，只有五品，只是通过给阁臣冠以师保荣衔（如太师、太傅、太保），或照例加某部尚书、侍郎（这个职衔是虚的，用于照这个职衔领取工资），才提高了品级，位极人臣。
第二，与部院的关系不同。
以往的宰相，是领导部院的，部院属于宰相的下属机构。内阁却不能领导部院寺监。比如六部就直属皇帝领导。内阁不能以自己的名义发文，无权指挥朝廷的各部院寺监和地方政府。但是，因为内阁代皇帝对各省、各部院寺监的公文拟批示意见，内阁在当时就被称为“政府”，实际上阁臣的权力并不比过去的宰相小，甚至更大了。只是运转方式、行使权力的名义不同。
内阁行使权力，相对来说具有被动性，行政效率也比过去要低。比如，地方政府有所请示，先要送大内，大内再送内阁，内阁拟批示，再送大内，大内再分送部院拿处理意见（当时称题覆），部院题覆以后再送内阁，内阁认为不妥的还要打回去，内阁满意了，再拟批示意见，送大内批红。内阁是无权就某事该如何处理直接指挥省级政府的，非要经过部院和大内的程序不可。
第三，产生渠道不同。
中国有句古话，叫宰相起自州县。这是强调宰相要有地方工作经验。可是，明朝的内阁大臣却与之相反。因为内阁大臣开始只是皇帝的秘书、顾问，所以从研究机构——翰林院中选任，渐渐形成了一个惯例：“非进士不入翰林，非翰林不入内阁。”内阁大臣只能出自翰林官，而翰林官是以诗文甄拔出来的；甄拔出来进了翰林院所学的还是诗文。
因为选拔制度的原因，总体上说，明朝阁臣的行政能力远不如以前的宰相，像高拱、张居正这样的能臣，实在是凤毛麟角。明朝以祖制治国，非常保守。前期的内阁与后期的内阁不可同日而语了，却还要保持以前的祖制，不敢改变。