作为一个曾为法西斯头子希特勒立下过汗马功劳的间谍首脑，卡纳里斯在谍报工作中表现出来的卓越能力和非凡的天分，曾令盟军反间谍机构吃尽苦头。卡纳里斯因而被誉为纳粹的“谍报大王”，并备受希特勒的宠信。希特勒曾赋予他几乎无限的权力，但最终仍对其狠下杀手，对其“罪状”也从未公开，这就给世人留下了一个难解之谜。卡纳里斯的真实身份和真正死因究竟是什么?对这些问题，二战史学家们也众说纷纭，莫衷一是，以致法国著名史学家马塞尔·博多教授等人编写的权威著《第二次世界大战历史百科全书》对以上问题也只能作出如下叙述：“1938年卡纳里斯就对希特勒采取敌对态度，以后他在对第三帝国的敌人进行间谍活动的同时，广为保护反政府的阴谋分子。他参加反对希特勒的抵抗运动的原因很难猜测;他那复杂计谋中的种种矛盾使人难以看出他的心理活动。”历史学家对卡纳里斯真实身份和死因的推测主要有以下两种说法：
第一种说法认为，卡纳里斯实际上系英国间谍或称“双重间谍”。他的这个身份最终暴露后，才被勃然大怒的希特勒处决了。坚持这个说法的人并不少，如卡纳里斯的主要敌手、党卫军中央保安局局长恩斯特·卡尔登勃鲁纳战后在纽伦堡国际军事法庭上接受审讯时声称：“我断定，卡纳里斯是最大的叛国犯。”党卫军另一个头目斯科尔兹内也对审判官说：“卡纳里斯自始至终都在直接地故意地向英国出卖国家的军事机密。”纳粹战犯乔德尔则称卡纳里斯“为敌人服务多年了。”甚至英国著名谍报史专家理查德·迪肯也在其撰写的《无声的战争——西方海军谍报史》一书中认为：“一直到1939年，英国海军情报处和卡纳里斯都保持着联系，他们之间的联系主要是通过西班牙的渠道，最主要的联系人是百万富翁胡安·马奇。”卡纳里斯究竟是不是英国间谍?战时英国特工首脑、原英国情报局局长孟席斯将军断然否定了这个说法。他在1964年一个阴暗的冬日，对英国记者勒金顿谈到：“从人们对间谍这个词的理解来判断，卡纳里斯从来都不是一个英国间谍。我与他有接触这个事实容易导致曲解，但实际情况是，所有老练的情报机构都与他们的敌人保持接触。卡纳里斯从来没有把他的国家的秘密出卖给我，或出卖给英国方面的任何其他人，虽然他手下有人这么干。另一方面，他确曾帮过我的忙。举例子说吧，我想把我一个同事的妻子弄出沦陷的欧洲，我通过一些渠道让卡纳里斯了解这一点，不久，她就出来了。”既不否定卡纳里斯曾与英国情报部门有过接触，但又断然否定卡纳里斯是英国间谍，孟席斯将军的一番话，更使人如坠五里雾中，百思不得其解，这恐怕正是间谍首脑谈话的高妙之处。
第二种说法认为，卡纳里斯系以暗杀希特勒，推翻其统治并谋求与西方媾和为目的的密谋集团“黑色乐队”的重要成员。英国著名历史学家安东尼·布朗在《兵不厌诈》一书中甚至认为卡纳里斯是“黑色乐队”的真正建立者和灵魂人物。而纳粹战犯列希在纽伦堡国际军事法庭的被告席上也曾说，从1934年6月30日“长刀之夜”事件以后，卡纳里斯已醒悟到希特勒政权的罪恶，于是就策划“巧妙的阴谋，以影响其他军事组织、高级指挥部等，最后使它们相信，希特勒政权确实危险，必须把它除掉。从此，卡纳里斯的谍报局就成了武装部队(指德国国防军)内部一切反希特勒活动的中心。”
联系到1947年温斯顿·丘吉尔首相在英国国会对卡纳里斯等人的反希特勒活动的高度评价：“它属于全人类历史上已有的最崇高、最伟大的(抵抗运动)，”此说似乎也不无道理。但此说有一个最令人费解的问题，即1944年7月20日，施陶芬贝格上校等人领导的暗杀希特勒的未遂事件失败之后，在希特勒于狂怒之下掀起的血腥报复狂潮中，“黑色乐队”的成员几乎被一网打尽。短时间内，包括原陆军总参谋长路德维希·贝克大将在内的50多名参谋本部军官被行刑队枪决，另有数千人被绞死或枪决，其中包括密谋集团首领冯·维茨勒本陆军元帅，甚至在紧要关头反戈一击、迅速处决施陶芬贝格上校等人以灭口的弗雷德里希·弗洛姆大将也未能逃脱被送上绞刑架的下场，被怀疑参与了密谋集团阴谋的埃尔温·隆美尔陆军元帅也被希特勒迫令自尽。西线德军总司令、陆军元帅冯·克鲁格因其部下曾参与密谋集团的活动，被希特勒召回柏林，在途中因恐惧而自杀身亡。而卡纳里斯虽于1944年7月23日被捕，但却是在8个多月之后才遭处决的。若按常理推断，如果有充分证据证明卡纳里斯被牵涉进了密谋集团，与其他人一样，他很快就会被处决，绝不会拖这样久的时间。所以，另一位著名的英国历史学家特莱弗·罗珀在《希特勒的末日》一书中认为：“对于海军上将卡纳里斯是否参与密谋(杀掉希特勒)，还难下定论。”
当然，对这个问题还有其他观点，如曾任党卫军保安局第6处处长的瓦尔特·舒伦堡在战后撰写的回忆录中认为，卡纳里斯参与密谋集团串通证据确凿，如“1944年7月，在柏林郊外的一个地下室里，发现了两个公事箱，里面装着他有罪的文件。它们提供了他和他的同党罪行的最终证据。然而，在1944年，希姆莱仍然能够有力量保护卡纳里斯，使他不至于被处死刑，结果，他被送进了巴伐利亚弗洛森堡的一所集中营。”此外，舒伦堡还认为，德军最高统帅部参谋长凯特尔陆军元帅也参与了对卡纳里斯的保护，使他未被立即处决，而多活了8个多月。而希特勒对这一延误曾大发雷霆。
就这样，这位德国的优秀人物的世界同他一起消失了，剩下的都是一些不能讲话或不肯讲话的人、谣言、半真半假的事实和一些国家文件。由于大批原始档案的毁灭和当事人的死亡，传奇谍王卡纳里斯的真实身份和真实死因或许永远都是一个解不开的历史之谜了。