万历二十年(1592)，日本关白丰臣秀吉派兵入侵朝鲜，后者向中国明朝求援。
清的前身——正处于崛起中的建州女真首领努尔哈赤获知此消息后，主动向明朝提出渡口“征杀倭奴”。明朝将此议移咨朝鲜后遭拒，遂作罢。
战争期间，有相当数量的日军将卒投降朝、明联军，史料中称之为“降倭”。战后，朝鲜迅速将其安置于中朝边境地区，以防卫不断来自女真各部的袭扰，且多有成效，以至一时间竟有“破虏，非降倭不可”之说。
同时，明朝亦将部分“降倭”编入辽东守军，目的同样是为防范日益增强的来自女真的威胁。清通过与降倭的接触，至少对日本武士的勇悍及其兵器的威力留下了深刻印象。
崇德二年（1637）起，清多次要求朝鲜“导其(日本)使者赴朝”，这一条款其最初可能同时隐含着清将日本纳为朝贡国和同其建立以互通货物为目的的平等往来，这样两种内涵截然不同的意图。但通过朝鲜文献中的相关记载来分析，清在入关前实际推行的是第二种意图。
另一方面，由于朝鲜坚持采取不合作策略，而清对此亦从未强令朝鲜执行，该条款最终未能实现。
1638年以后朝鲜不定期向清提交“倭情咨文”，试图借虚构日本威胁来缓和清对自身的束缚。但这客观上成为当时处于相对闭塞状态下的清了解日本的重要渠道之一。
顺治二年（1645)十一月，入关未久的清廷为委托朝鲜向日本送还十余名漂流民一事，在致国王李惊的诏书中显露出希望日本主动前来朝贡之意。可是，日本德川幕府在随后致朝鲜的答谢书中，却毫不客气地称清为“鞑靼”。
清由朝鲜获悉此事后，并未重演蒙元诏谕不成断行武力征伐之故事，而是采取了不了了之的态度。此后直至同治十年(1871)，清、日两国首次缔约，清只同日本保持在长崎一地的民间贸易关系，日本则始终游离于清朝建立的宗藩体系之外。
入关之前的清仅为中国东北地区一个经济相对落后的地方性政权，它在对周边国家(朝鲜)和地区(内蒙古各邦)进行军事征服后所建立的藩属关系，尽管有不少效仿明朝的成分，但不应忽视其早期特有的实用主义因素，如对日本的威胁性保持警惕的同时，又希望同对方建立贸易往来以获取所需物资等。
清在入关之后，在重新构筑东亚宗藩体制的过程中，它不仅未曾强令日本前来朝贡，更于彻底解决台湾郑氏问题后立即遣船前往日本贸易。清一代中日两国间的铜贸易对中国经济的影响不可谓不深远。