巴斯德的一生进行过很多的研究，主要成果表现在微生物方面，其中研究最多的要数疫苗了。巴斯德疫苗解决了当时社会很多的问题，减轻了无数人痛苦，挽救了生命，引起医学实践的重大变革。早在巴斯德之前就有人提出病菌这一存在，但并未取得重大成果，巴斯德通过研究实验，证明了这一存在，让世人信服，这也为之后他研究疫苗做了铺垫，并在之后的研究中，提出杀死某些病菌和治疗相关疾病的方案。巴斯德疫苗有很多种，最先研究出来鸡霍乱病原菌和炭疽疫苗，降低了当时法国这方面的死亡率，之后又研究出狂犬病疫苗。说到狂犬病疫苗，这里不得不提到研究它的起因，狂犬病来源于病毒感染，可当时无人得知，巴斯德从前面的研究发现：经反复传代和干燥的物质可减少其毒性，注射入体内可获得一定的免疫力。当时就有一个被疯狗咬伤的男孩去请求巴斯德的帮助，巴斯德抱着一试的心态，最后利用新研究的成果救治了男孩，不过真正的狂犬病疫苗在1889年才问世，从那以后，再也不用担心人类这一大公敌造成的威胁了。
他为了研究疫苗，常常冒着被传染的危险采集标本，实验过程不管多么艰辛，不管失败多少次，他总是不得到想要的结果决不放弃。巴斯德疫苗解决的都是当时社会存在的，与人的生命息息相关的大问题，直至今日，疫苗仍然在用，巴斯德研究疫苗的思考方式更是被人称颂!
巴斯德的一生有很多的成就，他研究与微生物有关的一切事物，为人类生产生活做出巨大的贡献。在巴斯德生活的那个年代，环境卫生问题造成的生物污染，引起疾病或者死亡很常见，例如手术感染;还可能造成工业生产的巨大损失，例如生产葡萄酒和牛奶，微生物的污染导致酒变质、牛奶保质期缩短。当时法国的酿酒业就存在酒变酸这一问题，若得不到解决，工厂便会损失惨重，巴斯德受邀去研究解决的办法。在研究过程中，他发现了问题的根源在于酒中存在乳酸杆菌，只要杀灭了这种细菌，一切问题都解决了。最后他研究出一个合适的温度，既可以杀灭细菌，又不会使酒的质量受到影响。后来用同样的思路解决了牛奶变质的问题，人们将这种方法称之为“巴士消毒法”，也就是巴斯德消毒法。
在那之后，医生们受到启发，手术时严格消毒，避免了一些手术因细菌感染而造成的死亡。现如今，巴斯德消毒法仍广泛应用于许多方面，比如说食品生产，医疗卫生，实验室研究等等。当然了，现在用的方法可能随着科技的进步而有所改进，但整体仍在沿用巴士消毒法。巴斯德消毒法在当时的社会为人民谋了很大的福利，就连寿命也延长了，造福了世世代代的人。
从某种意义上说巴斯德是一位科学家，但是他却说自己不懂科学，还说自己相信神创论，当然，这与巴斯德信仰基督教有关。他相信神，不能说他迷信，也并不影响他的研究，反而这种信仰一直促使他不断进行探索。曾经有一段时期，有些派别的知识分子主张“自然生万物”，而巴斯德认为这是谬论，他勇敢地站起来反对，所以那时的他并不受许多科学家们的认可，还受到一定程度的排挤，但是他直到去世也仍然坚守自己的信仰。
巴斯德晚年的时候到母校演讲，他传给学生的观念依然与他的信仰有关，相信神的存在，神创造一切，巴斯德所理解的神和盲目的迷信是不一样的，在他的心里，神就像一种信念，一条绳索，只有顺着他走，才能看到结果。并且在他看来，他的所有成功都源于神，在神的指引下，他发现了自然界吸引他的地方，然后他开始研究，最后得知神创造自然的奥妙，并利用发现造福人类，他常提的观点就是：当自己对自然研究更深刻，就更接近神。
他说他找不到证据来证明神与科学有矛盾之处，说到这里，还有一则小故事：巴斯德在一次火车旅途中遇到一个年轻人，年轻人看到巴斯德手握念珠便开始跟他讲科学，劝他不要迷信，巴斯德耐心地听年轻人讲完，然后说出自己的想法，他还是坚持自己的观点，最后年轻人才知道，原来是巴斯德。由此可以看出巴斯德信仰始终不变，科学与神也不并冲突，只在于个人怎么理解。