1916年6月袁世凯死后，黎元洪任总统，段祺瑞以国务总理兼陆军总长掌握北京政府大权。他们在日美为控制中国展开争夺的情况下，矛盾日益激化。段祺瑞依靠曹汝霖等亲日派官僚，急欲取得日本帝国主义的援助，积极主张对德、奥宣战。但是参战问题遭到黎元洪和多数国会议员的反对。
1917年5月黎元洪免去段祺瑞国务总理职。皖系便煽动十余省区的军阀通电“独立”，发兵进逼北京。7月，张勋乘机拥清废帝溥仪复辟(见张勋复辟)。段祺瑞率兵讨伐，在全国人民声援下，迅速打败张勋，重新控制政权。直系首领冯国璋虽接任北京政府总统﹐但无实权。
北京政府宣布：民国法统中断，再造共和，决定另组国会、重议宪法。皖系不惜出卖国家利权，向日本大借外债，其中仅西原龟三经办的八笔借款就达一亿四千五百万日元。他们乘机编练“参战军”，扩充皖系实力，鼓吹以武力统一全国。1917年秋发动内战，妄图消灭以孙中山为首的南方护法势力。与军事进攻的同时，他们搜罗政客，组织安福俱乐部，指使地方军阀操纵选举，改选议员，孤立、排挤资产阶级温和派。1918年秋，组成以安福系议员占绝对多数的新国会，史称安福国会。皖系军阀又利用安福国会选举徐世昌取代冯国璋任总统，压制直系，以便实行一系专制。
皖系军阀武力统一政策激起全国人民的公愤，也为直系将领所反对。直皖军阀的权力争夺日益加剧。1920年7月，直皖战争爆发，皖系被直、奉军击败。段祺瑞下野、皖系重要头目被通缉，安福国会解散，北京政府由直系控制。皖系军阀逐步被消灭。1924年11月，段祺瑞受国民军、奉系、直系余部推举，任“临时执政”，但他已不是作为皖系首领执政，而只是各派军阀争夺权力的缓冲人物。