有明一代，张居正是最杰出的改革家。他“勇于任事，以天下为己任”。从1573年出任内阁首辅开始，便掀起了一场以整顿吏治、推行一条鞭法、巩固边防等为主要内容的改革浪潮，从而使本已衰颓的明王朝统治一度出现了中兴的景象。1582年，张居正病逝。万历皇帝下诏罢朝数日，赐谥文忠公，荫一子为尚宝司丞。并派锦衣卫护送灵柩至故乡江陵，可谓备极哀荣!
然而令人不解的是，就在张居正死后不过两年，局势却发生了急剧逆转。还是这个万历皇帝，竟指斥张居正：“罔上负恩，谋国不忠。”下旨追夺官秩，查抄家产，甚至要“斫棺戮尸”。而政治上的倒行逆施则更为严重。凡是张居正生前所举荐重用的人，统统被罢斥削籍;凡是以前被罢斥的官员，又大都起用复官。张居正十年呕心沥血推行的改革，至此基本上被一笔勾销。
为什么会出现这样的悲剧呢?
这是由多方面造成的，先说内因：
首先，从大的方面讲，作为皇帝，当然要独断专权，但自万历登基，他的头上便有三座大山压着：首辅张居正，掌印太监冯保，生母李太后。注意，这三个人是个三脚架，相互支撑。明朝后期的皇帝多在内廷，所以太监冯保(万历称其为“大伴”)和神宗处的时间较长，也经常在神宗面前替张居正说好话，而神宗要做错什么事，冯保就会到李太后那儿去告状。而李太后对神宗管教极严，而且据说在神宗大婚前，李太后是和神宗住在一起的。而外廷则由张居正支撑。由于内廷和外廷都被这个“三脚架”控制，所以万历自然感到压力很大。即使他年纪尚小的时候还可以忍受，但随着年龄的增长，身为一国之君的万历却受着三个人的压制，自然不免对这三个人怀恨在心。所以，张居正一死，冯保接着倒台，而没有内相和外相的支持，李太后此时也拿神宗没办法了，所以万历便翻了身。(还有一说，是张居正死前得的重病，起因是火气太旺，而神宗为了让张居正早死，便赐给增加火气的药物。从这一方面讲，可以说神宗是先除掉张居正，接着除掉冯保，太后那座大山自然也就坍塌了。)
另一方面，张居正是万历的帝师，一方面出于对“学生”的负责，另一方面要在其他大臣面前立威，张居正会苛责万历，有时甚至是“怒吼”。这样一来，一种叛逆的心情便滋生了，而且愈演愈烈，最终变为抱负。再一个方面，虽不十分可靠，但也未必不可信，就是万历的生母李太后和张居正很“暧昧”，只是由于彼此的身份才没有结合。这个可以通过一个例子来说明。神宗十八岁时，曾经醉酒调戏宫女。冯保向太后告状，太后愤怒之余，差点废掉神宗帝位。此时众人皆苦苦哀求，李太后不许。只有张居正一求情才生效。在一个，李太后在神宗面前总说凡事要听先生的，而且对张居正颇为关心。若此种说法成立，那神宗自然是杀张居正方能后快。
下面再说一下外因：
首先，张居正的身份不正。按照实际身份，张居正是大学士，而大学士在明朝自始至终是五品官。而且大学士一开始只是皇帝的顾问，没有预闻政事的权利，只是后来皇帝渐渐慵懒而且不能处事，所以大学士权利才重起来。这是一点。另一点，内阁的阁臣一般是某部尚书兼大学士，这样才能称其为宰臣，上朝出班是在其他尚书的前面。(明朝的政治制度，部(六部)院(都察院)长官是最高行政官员。而如果仅仅是大学士的话，他必须走在其他尚书后面。而张居正以大学士之身号令朝廷，其他人自然不满。所以当时人多说：你只是皇帝的顾问，并非朝廷的行政长官，我们凭什么听你的。
同时，张居正为了巩固自己的权利地位，必须任用服从自己的人。这也必定引起士大夫的不满。多以张居正一死，弹劾他的奏章满天飞。
其次，历史上著名的改革必然触动统治阶级权贵们的利益，张居正的改革也不例外。这也为他死后遭到的清算埋下了伏笔。
再次，可以说张居正十年的改革，是和冯保的支持分不开的。但和太监合作，终为当时的清流所不耻。有这么多的理由，万历自然要收拾张居正。