郑成功收复台湾后，以台湾作为东都，将荷兰殖民者修筑的赤嵌楼改名为承天府，改热兰遮城堡为安平镇，北部设天兴县，南部设万年县，并在澎湖岛设安抚司，戍以重兵，完成一府二县一安抚司的行政规划。很快，郑成功在整个台湾建立了同祖国大陆一样的郡县制度，建立了行政机构。郑成功以台湾为明王朝的复兴基地，并未僭越称帝，仅停留于“藩主”的地位。荷兰统治即将结束时，台湾的人口包括土著居民与移民共约10万有余，其中移民据推测有2万余人。郑成功的大军及其家属约3万，可以说是内地向台湾的最集中的一次集体移民。
郑成功没有闲情欣赏“乔木倚山望流泉”，相反由于人口激增，军队面临缺粮无米下锅的窘境，为此，一向治军严厉的郑成功处死玩忽职守的管粮官员，以维持军心。另一方面设法在本岛解决缺粮的燃眉之急。郑成功将荷兰东印度公司所有的“王田”没收，移作新政权所有的“官田”。此外，对承天府与安平镇以及天兴县与万年县的文武官员，除了配给建官舍及兵舍所需之用地外，并按家属的多寡准许其取得必要的土地，称为“私田”或“文武官田”。至于驻在各地的部队，在不侵犯少数民族与移民所有土地的条件下，准予开垦土地，称之为“营盘田”(屯田)。因而以南部为中心的农地开垦迅速扩大起来，粮食生产也因此而激增。这些农地开发与土地制度，因开启台湾的土地私有制度而引人注目。土地的私有制在当时的中国代表着先进的生产关系。
当时，台湾的少数民族在荷兰殖民者奴役下，生活十分贫困，生产极端落后。郑成功在那里推广了大陆先进的农业生产技术，从此，少数民族也同大陆汉民一样，使用牛耕和铁犁种田。1662年6月，郑成功病中第二次派人去金、厦，命令当地将官杀死郑经等家人，众将为难，最终再次抗命。此前世子郑经无行，种下乱伦的淫果。据清人《闽海纪要》记载：他又外感风寒，病势日重，但他仍强振余威，登上将台，手持望远镜，远望澎湖，是否有船只到来。文武百官入谒时，他依旧端坐床上，谈论国事。因此，许多官员不知其病。及至他病危时，都督洪秉诚调药送至床前，他将药投地，叹曰：自国家飘零以来，枕戈泣血，十有七年，进退无据，罪案日增，今又屏迹遐荒，遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目，天乎天乎!何使孤臣至于此极也!吾有何面目见先帝于地下。复顿足捶胸，双手抓面，大呼而逝。
就这样，郑成功反清复明的壮志未酬，结束了充满波折的生涯，享年38岁。他的死因有多种说法，最可信也是最笼统的说法是：郑成功在短短的3个月之内经历了许多让其气塞胸膛、怒不可遏的大事：供奉的旗号和精神支柱——南明永历帝在云南被吴三桂杀害;降清的父亲、叔叔及几位弟弟等族人被清廷斩杀，祖坟被掘;郑经无行，众将抗命……这些负面因素引爆他易怒的个性，加重了他因水土不服所致的病情，最终急怒攻心，含恨而逝。需要特别指出的一个细节，郑成功收复台湾后，曾派人出使吕宋(今马尼拉)，致函西班牙总督，要求其承认大肆屠杀华人的过错，并要求对方纳贡、通行贸易。信函中的言词很强硬，理解成战争檄文也不为过。
此前西班牙总督恐惧当地华侨与郑成功里应外合，开始故伎重演，对华侨进行大规模杀戮。从逃回来的华侨处得知此事之后，郑成功大怒，决定出兵马尼拉，替华侨清算这数十年来西班牙欠下的三笔血债，但还没出兵，便闻知儿子郑经的糗事，他自己也未料到，盛怒和疟疾的夹击，会让他一病而殁，壮志难酬。郑成功的不幸去世，使台湾失去了最具威慑力的庇护和最稳定的人心基础，也使在吕宋翘首以待的华侨悲痛万分：倘若国姓爷再活上20年，不，哪怕15年，反清复明的事业一定会出现新的格局呀!再不济，也能剑指吕宋，救华侨于西班牙统治的水火之中。
郑成功少年得志又国恨家仇聚一身，难免治军严苛、刚愎果敢。一方面成就了他这一民族大英难，但负面的离心力又让他含怒早逝，遗憾地放下他远远未竟的政治抱负，套用那句古诗：出师半捷身先死，更使英雄泪沾衫。英雄已逝，英名长留。因赞许郑成功赶走荷兰人及开拓台湾的功绩，移民崇奉他为“开山王”。