慈禧太后能够掌握清廷最高权力数十年之久，首先是基于清帝皇统继承乏人的皇位危机这一客观原因。
清王朝自天命汗努尔哈赤至宣统帝溥仪，共计12帝。这12位皇帝子女的多寡，与大清王朝的兴衰有着密切的关联。道光及其之前的七位皇帝，子嗣最少的是雍正和嘉庆帝，也有14个子女，被称之为“多子翁”的康熙帝甚至有55个子女。而到了咸丰帝，一生仅有2子1女;同治、光绪和宣统帝，竟然一生子女皆无。这就使道光以前各帝在皇位继承人问题上，选择余地较大;而自咸丰开始的三位皇帝，少子或无子，几乎丧失了选择余地或可能，出现了皇位继承乏人的危机。
清朝最后几位皇帝寿命之短促，则进一步加深了这一危机。道光以前各帝，除顺治帝情况较为特殊，只活了24岁外，其他均活至五、六十岁，甚至八、九十岁。而同治帝只活了19岁，咸丰帝、光绪帝虽寿命较长，但也不过才三十几岁。
如果清帝寿命较长，其子继承皇位时一般皆已长大成人。如雍正帝继位时已是44岁;道光帝继位时是38岁;咸丰帝继位时也已19岁。这就至少可以在年龄方面保障新君继位后马上即可独自处理政务，保证皇位与皇权的平稳顺利过渡。但如果皇帝的寿命过于短促，其继承人的年龄就必然偏小。皇位继承人年龄较小，学业未成，不但没有任何基本知识的储备积累和政治经验，甚至不具备基本的思维和是非判断能力。在这种情况下，新继位的小皇帝，或借重于朝廷重臣，或依赖于亲近太监，或直接依靠自己的母后，出现一段时间皇位与皇权的分离错位，这就有可能导致权臣专擅、太监弄权或母后外戚专政之类太阿倒持的朝局。无论出现哪一种情况，都将或多或少地引起朝局与政局的多变与混乱，导致皇权的旁落。
道光以后各帝寿命之短促，子嗣之不旺，预示着大清皇统的危机。晚清御史胡思敬在谈到光绪帝死后无嗣继位时说：“国统再绝，而家无令子，识者早知其必有乱矣”，讲的正是这个意思。慈禧太后之所以能数十年干政，三次垂帘，与清末三位皇帝、特别是其子同治帝继位时年龄太小，不无直接关系。
慈禧太后之所以能掌握清廷最高权力数十年之久，并非仅仅因其具有多么高深莫测的政治本领或手段，而是依靠其特殊的政治身份与地位。
曾国藩的幕僚赵烈文曾评价说：两宫太后“才地平常”，并没有迥异于常人的政治见解或才能手段。咸丰帝死后，清廷内部实行的虽是“(太后)垂帘(八大臣)辅政，盖兼有之”的权力机制，表面看慈禧太后与肃顺等赞襄政务八大臣的权力是旗鼓相当、难分上下的，但实际上慈禧太后占据新君生母这一更有利的地位，更便于“挟天子以令诸侯”，使其在与八大臣的政治斗争中立于不败之地。而朝中部分大臣也都坚持“自古天无二日，民无二主”的政治理念，大都认为只有两宫太后才是皇权的真正代表，只有两宫太后权理朝政，才能够防范臣下专擅朝政。
在以后对奕訢的多次贬抑打击中，慈禧太后同样很好地利用了这种正统皇权代表者的政治优势。辛酉政变以后，奕訢自恃有功，有时在用人行政方面，并“不商之于太后……皆由己意……独断而行”。慈禧太后曾愤愤地对他说：“汝事事与我为难，我革你职。”但奕訢并未完全把慈禧太后放在眼中，倔强而满不在乎地顶撞说：“臣是先皇第六子，你能革我职，不能革皇子。”
但是，1865年(同治四年)3月底，慈禧依仗皇太后的特殊地位、君臣上下尊卑的政治伦理，突然以“妄自尊大，诸多狂傲，倚仗爵高权重，目无君上，视朕冲龄，诸多挟制”等欺君藐上的罪名，将奕訢罢革。后她又以皇太后的特殊政治身份赏还恭亲王的爵职。这终于使奕訢不得不放下皇子亲王的架子，甘拜下风，彻底臣服。
经过历朝历代长达二千余年的因革损易，“君为臣纲”等忠君思想已根深蒂固，君臣关系进而成为一种绝对的服从依附关系。董仲舒曾说，“屈民而伸君……春秋之大义也”，后来则更发展为“君要臣死，臣不敢不死”的愚忠观念。环视当时的大清帝国，皇帝幼弱，亲贵如恭亲王奕訢、醇亲王奕譞者，尚不能与慈禧太后争锋，尚有何人能够与皇太后争高下、论尊卑呢?
外戚专权与保持皇权独立是一对势如水火的矛盾。慈禧太后则妥善地处理了那拉氏家族与爱新觉罗氏家族的政治关系，这也是她掌握清朝最高权力数十年最为根本的原因。如果将慈禧太后与唐代的武则天做一个比较，就会对此有一个极为清楚的认识。
武则天先是“垂帘于御座后，政事大小，皆预闻之”，后来又正式登基称帝。不但立武氏七庙，追尊自己上五代祖皆为皇帝，大力提拨重用武氏兄弟子侄掌握朝廷内外的军政大权，而且残杀唐皇李氏的皇子皇孙。这不但引起李氏家族的全力反抗，也引起众多唐朝重臣和旧臣的强烈不满与反对。最后，终因宰相张柬之和大将军李多祚发动兵变，迫使武则天退位，归政于李氏家族。
反观慈禧太后掌握清廷最高权力的数十年间，她对爱新觉罗氏家族与那拉氏家族关系的处理远比武则天稳妥得多。慈禧太后垂帘听政，并非一帆风顺，其间多有异议，光绪帝亲政后，也有一些亲帝官员对慈禧太后继续干政颇为不满。但朝野上下却没有人指责慈禧太后对爱新觉罗氏家族不忠，其根本原因是她在两个问题上处理把握得较为得当。
第一，未予那拉氏族人以显爵重任。辛酉政变后，慈禧太后的大弟照祥被封为三等承恩公，其父惠征、祖父景瑞、曾祖父吉郎阿则被追封为三等承恩公。以上封爵，皆为清廷对于皇后或皇太后家族的恩封惯例，而非“违制”的特例。其二弟桂祥，之所以在1888年(光绪十四年)被封为三等承恩公，是因其女被选为光绪帝的皇后，仍是循外戚封爵之惯例，与慈禧太后的个人意旨，并无直接关系。
照祥官至护军统领，桂祥历任乌里雅苏台参赞大臣、库伦办事大臣、工部右侍郎、山海关副都统等。他们所任官职，虽为清廷的较高要缺，但并非实权重权。慈禧太后之所以未对胞弟委以控制清廷实权的重任，除了其弟缺乏才干有关之外，与慈禧太后特别关注爱新觉罗氏家族与那拉氏家族关系、不给其他人以攻诘口实的意识自觉或心理警觉不无关系。
慈禧太后掌握清廷最高权力数十年，没有给人留有外戚干政揽权的感觉与口实，更无事实把柄。即使是其“政敌”、一度对慈禧太后恨之入骨的康有为、梁启超等人亦如是，未见其指责慈禧太后对爱新觉罗皇统的不忠。
慈禧太后临死前，遗命以醇亲王载沣之子溥仪继承皇位，以载沣为摄政王监国;同时又谕命，“嗣后军国政事，均由摄政王裁定。遇有重大事件，必须请皇太后(即其侄女隆裕太后)懿旨者，由摄政王随时面请施行”。她没有安排隆裕太后直接出面垂帘听政，而是让她退居于幕后。慈禧太后的上述安排，既是出于个人的得失私见，同时又是归还清廷最高权力于爱新觉罗氏的综合考虑。
第二，慈禧太后所选立的两任小皇帝──光绪帝载湉和宣统帝溥仪，都是爱新觉罗氏家族血统最近的近支亲王后代。她的独断专行，虽会引起皇室亲王和其他朝臣的不满，但却没有人怀疑慈禧太后对爱新觉罗氏家族不忠或有所威胁。至于慈禧太后多次选立小皇帝，以及其与恭亲王奕訢、醇亲王奕譞、惇亲王奕誴等人的矛盾与斗争，皆被人理解为是清朝内部的权力之争，甚至不过是爱新觉罗氏家族内部的叔嫂“家务”之争而已。
综上所述，无论慈禧太后的主观意图如何，在客观上，她的确成功地使人们普遍认同其对爱新觉罗皇室是忠诚的，这应是她较为顺利地掌控清王朝最高权力长达近半个世纪的重要原因之一。