申屠刚，字巨卿，两汉之际扶风茂陵人。申屠刚的七世祖是汉文帝的丞相申屠嘉，申屠嘉这人就刚正不阿，到了申屠刚这一辈这个特点就更突出了。申屠嘉自幼喜欢读书，“质性方直”，非常仰慕史猷和汲黯的为人，这二位都是方正之士。郡守听说申屠刚的为人后，任命他为郡中的功曹，参与郡中的政务。
汉平帝死后，皇太后王政君掌握了政权，大司马王莽辅政。王莽为了长期掌权，不肯册立年长的皇帝，他立了只有九岁众山小王刘衎为帝，这就是汉平帝，同时不准汉平帝的母族卫氏外戚和祖母冯氏外戚来长安。
那年申屠刚被推举为贤良方正，他对王莽的作法很有意见，他认为母亲和幼子是天地自然的亲情，任何力量不能阻挡，应该立即把卫氏外戚和冯氏外戚请进长安，负责皇宫的禁卫，养育年幼的皇帝。看到申屠刚的奏折，王莽非常生气，在王莽心里根本没有什么亲情，有的只是权力，但对申屠刚的策论也难以反驳，就以皇太后王政君的名义下诏：“刚听言僻经妄说，违背大义。其罢归田里。”
申屠刚为自己的实话实说付出了沉重的代价。后来王莽利用“狗血门事件”进行大清洗，杀掉了卫氏外戚，王公贵族死难者二三百人。申屠刚深知自己就在黑名单上，他抛家舍业，来到河西，还不踏实，又转入巴蜀，奔波劳碌二十多年，直到王莽败亡，申屠刚才在陇右安定下来。
此时割据陇右的是隈嚣，他既无力直取天下，又不愿向刘秀俯首称臣，长期处于一种首鼠两端的状态中。申屠刚建议隈嚣归顺刘秀，认为这是天命所归，“非人力也。”隈嚣其实知道这一点，但他还知道光武帝刘秀这人刻板严格，而隈嚣自己是非常和蔼可亲礼贤下士的，所以他认为自己难以和刘秀相处，没有接受申屠刚的意见。
申屠刚去了蜀中，投奔了割据蜀中的公孙述。建武七年，刘秀征召申屠刚，申屠刚再次给隈嚣去信，他认为刘秀的统治已经稳定，“政教日睦，百姓平安”，而陇右地区“人人忧忧，骚动惶惧”，人们的心思已经发生了变化，根本不是刘秀的对手。“夫离道德，逆人情，而能有国有家者，古今未有也。”他建议隈嚣赶紧做决定。
申屠刚的定位很明确，那就是当个忠义之臣，但隈嚣的定位很矛盾，他为人臣，有点不认，作皇帝，又力所不及，高不成低不就，他深知自己在刘秀麾下一定会失去自由，那样隈嚣就不是隈嚣了，但想抵抗刘秀又不可能。隈嚣最终没有采纳申屠刚的建议，他犹豫彷徨了十多年，战败后抑郁而死，他的儿子归顺了刘秀。
申屠刚来到洛阳后，被刘秀任命为侍御史，后来升任尚书令。当时光武帝想出游，申屠刚认为陇右、蜀中尚未归附，不应该游山玩水。实际上刘秀对隈嚣和公孙述早已是成竹在胸，知道他们挺不不了多长时间，完全可以“置之度外”，没有听从申屠刚的建议。但申屠刚这人非常固执，他从蜀中、陇右一路走来，深知公孙述和隈嚣的厉害，他用头顶住刘秀座驾的车轮，刘秀只好放弃出游。
刘秀这人对自己严格，对别人也严格，不管是地方官还是中央官员，基本上都是由刘秀亲自选派，然后按照条条框框严加考察，工作相当辛苦。朝中官员，尤其是负责日常事务的尚书近臣，更是起早贪黑，提心吊胆，即使如此还经常遭受惩罚。刘秀不大给人留面子，动不动就把大臣按倒在地。
还就申屠刚胆大，他上书刘秀要求体谅大臣们的辛苦，同时要求让太子进驻东宫，派老师辅佐，实际上是让太子参与一部分政务。刘秀这人非常勤政，甚至可以说对处理政务有瘾，事必躬亲，对谁都不放心，根本不会让太子代替他打理政务。对于申屠刚，在刘秀看来他是一再包容了，仍然不断上谏，都是些愚昧的东西，他把申屠刚贬为平阴县令。
后来刘秀又后悔了，毕竟申屠刚代表了一种正义倾向，他又把申屠刚提拔为太中大夫。但申屠刚已经看明白了，刘秀是好人，但人无完人金无足赤，自己也是一样，都应该宽容别人，耐心等待别人的提高和长进。申屠刚称病辞职，后来在家中去世。