就在明朝复兴形势一片大好之际，南明朝廷的内讧又开始了。郑彩想架空朱以海，进而取得实际大权。顺治五年(1648年)，郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，义兴侯郑遵谦十分不满，郑彩又命人逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，指责郑彩说：“杀忠臣以断股肱，我活着还有什么用?”说罢就要跳河，左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人了事。
接着，不甘心成为傀儡的朱以海任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。清朝派精锐满洲军南下福建，配合浙闽总督陈锦辖下的汉军反攻。此时，郑彩的排斥异己使鲁监国军队战斗力大减，在泉州和漳州一带活动的郑成功也以尊奉死去的朱聿键为名，拒绝接受朱以海号令。这种情况下，先前攻取的福建建宁、福安、罗源、宁德、政安和浙江景宁、庆元、云和、松阳等州县又被清军夺去。
顺治六年(1649年)正月，朱以海只好移驻福建和浙江两省交界的沙埕，几个月后，张名振攻取健跳所，将朱以海迎到健跳所居住。这段时间，权臣郑彩同郑成功发生火并，被郑成功击败，不得已上表求救，朱以海对他断送大明中兴的大好机会极为痛恨，乘机收编郑彩余部。
立足舟山“隆中对”中的第一步收复福建未能成功，张名振修改了计划，他建议朱以海收取被黄斌卿割据的舟山群岛，再连结日本、朝鲜等国，渐图恢复。此刻，朱以海驻跸于健跳所，健跳所只是浙江临海县一个濒海的小地方，难以立足，朱以海和他的大臣们实际上经常住在船上，以防清军来袭。顺治六年(1649年)九月，张名振派兵袭杀黄斌卿，管了黄斌卿军。朱以海到达舟山后，下令礼葬黄斌卿，恩养他的家属，对黄斌卿旧部加以安抚，并且给予赏赐。舟山群岛局势得到稳定，朱以海奋战数年，终于有了一个复兴基地。
在舟山站稳脚跟后，朱以海重新整顿朝纲，他派遣使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂出山担任大学士，又对各级官员进行了合理调配朱以海在战略上转变为经略浙江，同宁波府四明山寨的王翊、王江、冯京第等义师遥相呼应，预想清军一旦势弱，就反攻大陆。此外，他还一度遣使前往日本寻求援助。
寓居金门顺治八年(1651年)八月，清朝总督陈锦等率兵攻舟山。九月初二城陷，朱以海又在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功。郑成功原为隆武政权的坚决支持者，不满朱以海大敌当前还与隆武帝自相残杀，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，还是以礼相待，安排他居住于金门。顺治九年(1652年)，由于郑成功与朱以海之间有所冲突，朱以海便自去监国称号，由旧臣王忠孝、沈佺期等人照顾;之间朱以海一度移居南澳，不久又回金门。顺治十八年(1661年)，朱由榔在云南遇害后，张煌言一度上书朱以海，要求朱以海“争取闽海勋镇，速正大号，以求正统”，但是由于郑成功与郑经的不支持而未成。郑成功死后，朱以海一度无人供奉。康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金门被活活饿死，结束了他坎坷的一生。康熙六十年(1721年)，台湾人朱一贵托称为朱以海裔孙，起兵反清，建元永和，追封鲁王谥号侍天制道恭和襄定献文敬武明德肃仁成皇帝，庙号义宗。