乾隆时期经济问题没有根本性的改变，因此民间的疾苦仍然很多，民变动乱时有发生，老百姓活不下去，自然就要反抗，要抗争。这中间既有小规模的抗税抗粮的事件，也有大规模的宗教种族反抗。他们一反抗，税收不上，粮征不来，边疆地区和少数民族要闹独立，乾隆无法接受，所以乾隆采取强有力的镇压手段。乾隆时期的乾隆发动了十次较大军事行动，乾隆引以为傲。称其为“十全武功”，按照乾隆自己说的是：“十功者，平准噶尔二，定回部一，打金川为二，靖台湾为一，降缅甸、安南各一，即今之受廓尔喀降，合为十。”
两平准部为“十全武功”之首：
17世纪出，瓦刺人向西退出蒙古高原，并分裂为4部：准噶尔部，和碩特部，土尔扈特部，杜尔伯特部。即后来被大清称为“漠西蒙古”。
其中和碩特部顾实汗在1634年受4世班禅和5世达赖的邀请入藏，并趁机占领全藏，并在1642年立“和碩特汗国”。其版图包括整个青藏高原，而顾实汗则受到大清顺治帝的策封。
漠西蒙古中最强大的是准噶尔汗国。第1个被击败的是土尔扈特部，土尔扈特部被逼西移。到了1705年，土尔扈特人已移到俄罗斯的顿河与乌拉尔之间的广大地区。1634年，巴特尔即位为准噶尔汗。他击败哈萨克人。1676年，巴特尔的第4子噶尔丹即位。此人是漠西蒙古的英雄，在位其间，准噶尔帝国达到极盛。他首先统一了漠西蒙古4汗国，随后，他南下征服了回部察合台汗国，建立了可与大清抗衡的，方圆500万公里的大帝国。
噶尔丹决心取代大清。他在1688年进攻外蒙古，土谢图汗等被击败，逃入内蒙古。噶尔丹追进内蒙，剑指北京。康熙帝亲征，率清军与噶尔丹在北京以北内蒙古的乌兰布通决战。在清军的大炮前，凶猛无敌的准噶尔骑兵血肉横飞，这是噶尔丹出道以来第1次惨败。
1695年，噶尔丹与漠北远征的清军再战于昭莫多，并再败于清军炮火之下。噶尔丹和妻子双双被击毙。外蒙古从此并入大清。1687年巴特尔之孙(噶尔丹之侄)策妄即位。这又是一位英雄。征服了因噶尔丹只死又反叛准噶尔的哈萨克人。1720年，策妄的儿子噶尔丹策零(不是噶尔丹)领20万大军击退俄军，迫使俄国与准噶尔划界而治，不敢再越雷池一步。
1705年，策妄派他的弟弟策零进行了一场艱苦的行军，长途奔袭，突然出现在拉萨，和碩特汗国末任拉萨汗被杀，和碩特汗国灭亡，而其后裔成为至今生活在青海高原的蒙古人。1720年，准噶尔军被清军逐出出藏，而西藏从此为大清所控制。
噶尔丹策零即位后，进军外蒙古，迫使雍正帝签定边界条约。规定以外蒙古杭爱山为界：山以西属准噶尔，山以东属大清。1753年，噶尔丹策零的孙子达瓦齐在姑父阿木尔撤纳(非准噶尔人)的帮助下夺得准噶尔汗位。达瓦齐后打败漠西蒙古的杜尔特部，逼杜尔特部归清。后来达瓦齐与阿木尔撤纳反脸。阿木尔撤纳占据伊梨独立，被达瓦齐击败，被迫逃到大清。1755年，乾隆帝派清军带阿木尔撤纳西征准噶尔，达瓦齐战败投降，准噶尔被大清所控制。但阿木尔撤纳不愿接受大清的统治，起义反抗，并被清将兆康击败。
此事令到乾隆帝震怒，下令除女人分赏官兵外，整个准噶尔部被灭绝。几十万准噶尔人死于清军的屠刀之下，鲜血染红了卫拉特草原，准噶尔人遭到了灭族之灾，数千里内，逐无一人，只剩下一个无人的准噶尔盆地，从此准葛尔成为了一个地名。
清军随后又征服了天山南路的回部，天山南北皆并入大清帝国。在大清的立场上看，这是征服的新疆土，故称为“新疆”。
阿木尔撤纳不甘心屈服，逃入西伯利亚，混在俄罗斯人中间，后来死于天花。事后，俄国曾请清使到场验看尸首。
对于清军屠杀准噶尔人民的问题，如果想要从清史中找到这些信息不易，国内许多学者大多予以回避，很少有专门论述这一事件的文章。但是纸包不住火，总会出现有良知，有节操的文人学者敢于记录真实的历史，还原当时的血腥与残暴。