关于徐福出海的次数问题，《史记》明确记载的有两次，即秦始皇二十八年（公元前219年）是第一次，秦始皇三十七年（公元前210年）是第二次。有学者据此认为徐福出海共有两次。但也有学者认为，秦始皇三十七年并非徐福最后一次出海，因为这次徐福并未“入海采药不返”。还有学者主张三次说，四次说，多次说。
《史记·秦始皇本纪》记载：“二十八年（公元前219年），始皇东行郡县，······既已，齐人徐福等上书，言海中有三神山，名曰蓬莱、方丈、瀛洲，仙人居之，请得斋戒，与童男女求之。于是谴徐福发童男女数千人，入海求仙人。”太史公这段话，明确告诉我们徐福东渡第一次起航港在琅琊，这是无可争议的。秦始皇筑琅琊台后，以正式皇命的仪式接受徐福上书，责成李斯或琅琊郡守牵头筹备以最快的速度组成求仙船队，因此起航港不会舍近求远离开琅琊，有了皇命好办差，数千童男女就近选拔，五谷百工就近征调，船只现造来不及而且耗资大，挪用“起于黄、腄、琅琊，负海之郡，转运北河”的秦军运粮船队，徐福一行就“入海求仙人”了。这次求仙没有结果，只是记载到公元前212年“费以巨万计，终不得药”，又因为没有出现第二次求仙童男女和百工们未还“于是百姓悲痛愁思，欲为乱者十室而六”的局面，反而证明他们都安全返回了，只不过朝廷花了钱白跑了一趟，全部的压力都在徐福一人身上，这才使徐福隐居十年，遍走海疆，总结经验，小心探索，网络人才，寻找最佳起航港和航海路线.公元前218年秦始皇再次“遂之琅琊”，徐福没有露面。公元前210年秦始皇第三次“北至琅琊”，徐福巧妙解释了“终不得药”的理由，并打动秦始皇亲自下海为徐福第二次东渡打通海路。
《史记·秦始皇本纪》记载：“三十七年（公元前210年）十月丑癸，始皇出游······并海上，北至琅琊。方士徐福等入海求神药。数岁不得，费多，恐谴，乃诈曰：‘蓬莱药可得，然常为大鲛鱼所苦，故不得至，愿请善射与俱，见则以连弩射之。’自琅琊北至荣成山，弗见，至之罘，才见巨鱼，射杀一鱼，遂并海西。” 太史公这段话，第一层意思是徐福与秦始皇第二次在琅琊见面，徐福要汇报这十年的工作，解释“费以巨万计，终不得药”的原因，求得秦始皇的理解与支持，这是最最重要的。把原因说透，把理由找足，还要把秦始皇引导到自己寻找到的理想起航地去，这才是徐福的目的。此时的秦始皇也非十年前的秦始皇，几经折腾，身心疲惫，况且这次出巡还有躲灾的意思。如果说上次派徐福入海求仙可能还有探索海疆的目的，那么这次则是求仙药更为急迫一些，徐福足智多谋，抓住了秦始皇的心理变化，所以一说就通，一拍即合。秦始皇跟着徐福就从琅琊下海继续北上了，这同时也说明琅琊经过上次出航失败已经不是徐福心目中的理想起航港了。第二层意思说明了徐福东渡的成功起航地，徐福把秦始皇引到之罘沿海，因为“自威、宣、燕昭使人入海求蓬莱、方丈、瀛洲，其三神山者，其传在勃海中，去人不远”，这里是海市蜃楼的发生地，也是燕齐特别是齐方士的聚集地，当然也在徐福家乡的附近，徐福熟悉情况，经过十年的考察徐福还是把起航地选择在黄、腄沿海。胶东北部沿海海上与辽东、朝鲜民间早有往来，很多渔民、商人走过这条航路，这里也有“起于黄、腄”的秦军运粮船队，现成的黄河营古港、之罘古港完全可以容纳庞大的东渡船队。
《史记·淮南衡山列传》记载：“又使徐福入海求神异物，还为伪辞曰：‘臣见海中大神……。’秦始皇大悦，谴振男女三千人，资之五谷种种百工而行。徐福得平原广泽，止王不来。于是百姓悲痛愁思，欲为乱者十室而六。”⑷这是汉武帝时淮南王刘安的八公之一伍被向刘安进言分析秦朝得失时说的一段话，大意是由于这么多的童男女和百工随徐福走了没有回来，他们的亲属十家有六家对朝廷不满。我认为是秦始皇“遂并海西”的补记，也是徐福第二次东渡成功的结果反馈，而不是第三次东渡。因为秦始皇很快死于西归途中的沙丘宫，沙丘政变实际上断绝了徐福的回归之路，但是民间的这条航路始终是畅通的，秦朝的变故和徐福船队的消息是可以传递的。太史公为汉武帝臣，与刘安同时代，此时距徐福东渡不过半个多世纪，夹在《史记·淮南衡山列传》里用伍被的口说出了徐福一行的行踪，也是对前文的呼应与交代。
所以笔者认为徐福东渡只有二次！