左宗棠进兵西北之后，首先做的一件工作就是收服土匪武装，典型的就是董福祥，这里面还有一个故事。
一、收降董福祥
同治七年十二月十八日（1869年1月30日），刘松山在延安府定边县的镇靖堡打败了董福祥。董福祥的父亲董世有、弟弟董福禄被擒，董福祥突围而去。左宗棠闻听，连忙命刘松山将董氏父子押到了西安。就在左宗棠对二人劝降之际，忽听军卒禀报。“报！”“何事！”“城外有一人，口口声声称自己叫董福祥，独自一人请降！”
董福祥（1840年1月8日－1908年2月9日），字星五，甘肃环县（当时属宁夏固原）人，官至太子少保、甘肃提督、随扈大臣。1900年，义和团运动迅速发展，清廷采取“招抚”策略。董福祥部士兵纷纷加入义和团，杀死日本驻华使馆书记官杉山彬，并参与围攻东交民巷使馆。八国联军侵占北京时，董福祥率军护卫慈禧太后和光绪帝西逃。清政府与八国联军议和过程中，外国侵略者要求处死董福祥，清廷不允，旋被解职，禁锢家中。
“哦？”左宗棠心中一阵，对董福祥这个人不禁非常吃惊。“嗯，”左宗棠略略沉吟“放他进来，诸兵将不得擒拿他！领他到总督府来！”“遵令！”
过了半个时辰，董福祥昂首阔步地进了总督府大堂。只见此人，身高一米七以上，方脸大耳一派正气，两道非常浓的眉毛，几乎长到了一起，这被称作“一字眉”。一对豹环眼、高高的鼻梁，这张脸总体看来是方方正正、棱角分明。左宗棠看着他，并未言语。此时的董福祥身上破破烂烂、鲜血染身。
“你就是董福祥？”“你就是左宗棠？”“见到本督为何不跪？”“见到本将军为何不起？”“你为何逃而归？”“父亲身在敌营，为保父命，一命换一命！”“哦？董福祥。本督宿来希望过去的事情就让他过去，咱们应该往前看。只要你投降？一切既往不咎！”“哈哈，大丈夫誓死不降！”“哎！你不降我只能杀你了！来人呀，把董福祥推出去杀！”
刀斧手一听，上前推搡着董福祥来到了法场。左宗棠把高连升叫到面前，低声说道“我见这董福祥是条汉子，此种人我非常喜欢，很想将其收做帐下。听说此人乃是秦腔迷，你去请一位和他相交的师父来。”
就在这时，法场上传来了秦腔那悠远沧桑的曲调。左宗棠仔细一听，微微一笑，对高连升笑道，“不用请了，我知道这出戏。他唱的是《锁五龙》中的《斩单童》”。听着那雄壮、悲伤的曲调，左宗棠的心不禁连连颤动。他迈步走出大堂，一看此时的董福祥背对着大营直直站立。手舞足蹈着，毫无胆怯的迹象。“直杀得血水流成海，尸骨堆山无处埋。小唐儿被某胆吓破，马踏五营谁敢来！”
董福祥的动作合程合拍，就好像此时是在舞台上而非法场。“好一个顶天立地的好男儿呀，我不收此人将铸成今生大错！来人呀，备酒宴！”左宗棠说罢，他又令人将董福祥押往后堂。
董福祥唱得正欢，并不理会清兵，等他唱完了才随着军卒来到了后堂，迈入后堂一看桌上摆着一壶酒两个酒碗。饭菜并不丰盛，只有一只烤全羊和一盆汤，几个馒头、一小盆米饭。左宗棠身穿便服笑着坐在桌旁。“哈哈，左宗棠，你想劝降嘛？哈哈。你可真够小气的，这么简单。”
“董福祥，你休要胡言，我们爵帅平时就是一荤一素一汤，哪像你这般屠夫大鱼大肉铺张浪费！”“嗯，休得胡言！”左宗棠斥道。董福祥听罢，不禁一愣看了看左宗棠，之后一屁股坐下，张大口、伸大手吃了起来。左宗棠笑了笑，亲自端起酒坛先为董福祥瞒了一碗，之后又给自己满了一碗。
左宗棠端起酒，冲着董福祥学了一句秦腔，那词就是“我为单将军压惊了！”
“啊？”董福祥愣愣地看着他，口中低声说道“您也会唱秦腔？”左宗棠一听，心中大喜“得嘞，说着说着就成‘您’了。”
经过左宗棠的苦劝，董福祥最终向楚军投降，后来，左宗棠将董福祥的人马编入“董字三营”，仍然由董福祥率领。
就是这位董福祥到后来官至九门提督，相当于现在的北京卫戍区司令。在后来的“庚子之变”时，董福祥见百姓在东交民巷被屠杀，一怒之下率领军队进攻东交民巷。其爱国之心天地可鉴，确实没有给楚军极少出现民族叛徒这一优良传统抹黑。
九门提督中的九门
二、妥善安置陕甘起义军
起义过后，如何安置回军及其逃荒百姓问题成为了，能否让陕甘大地长保和平的关键。长达11年的动乱，民族问题使陕甘问题的处置大大不同于太平军、捻军。太平军和捻军主要是汉族农民起义，把降军、流民发回原籍就可以了。
陕甘回民又与西南苗民不同，回民与汉人混居在一起。如果发回原籍，很难保证已经胜利的汉民中会有一些歹人、心怀仇恨的人不报复回民。这样，回民再次起义的现象肯定会爆发。典型代表就是陕西知识界领袖贺瑞麟，作为知识分子中的领袖，此公竟然公然叫嚣：不许陕回回陕。
更为棘手的是，11年间，无论是汉民还是回民都有帮助对方的情况，例如汉民帮助回民失败后，如果这些汉民回归原籍的话，很明显这些人会被“处理”掉。回民帮助汉民者人口也较多，不可能各个成为官员，他们中的大部分如果回到原籍的话，很明显这些人的命运也不会太好过。
为此，左宗棠提出了择地集中安置的方法，并针对迁移、安置、救援、保护等制定了以下几条原则：
一、有水草的土地肥沃的地方；
二、河流和平原相间的地方；
三、有较多无主荒地的地方，以免日后有人来争夺；
四、面积较为广阔的独立区域，以免汉回杂居再起纠纷；
五、每户回民必须都要分到土地、房屋、窑洞、种籽、耕牛、农具。每户的牲口也要配草料。
六、迁徙过程中，大人每人每天口粮8两或1斤；小孩5两或八两。
七、沿途地方官必须提供接送、保护、提供临时居住地以及一切生活物资。
八、到达迁徙地后，愿意投奔亲属的可以自便，严禁土豪劣绅恐吓讹诈，违者杀。
最终，这些移民都被安置在了陇东平原上，回民主要安置在平凉、会宁、静宁、安定、秦安等地，汉民主要安置在了安定等地。左宗棠的这些政策使得当时的一些陕甘汉人上层非常抗拒，他们认为左宗棠袒护回民不照顾汉民。许多当地官吏都暗中阻挠这些政策。
为了执行自己的政策，左宗棠贬废了多名地方文武官员、杀了多名土豪劣绅、地方官吏。例如平凉武生李振基、灵州吕廷桂和苗维新等人。在诸多官员中，最有名的当属按察使史念祖，因为杀降回被左宗棠弹劾罢官（后任云南按察使、布政使，广西巡抚等职）。自此以后，史念祖成为地方督抚级人物中最公开反对并咒骂左宗棠的官员。
在民族政策中，左宗棠还非常尊重回民风俗文化，有个叫赵履祥的县丞竟然提出了一套“同化方案”。左宗棠断然否定，并积极支持回民修建清真寺。为了保护回民不被一些势力寻仇，他还在回民聚集地设立“通判”一职，而这些官职一般都是在知府一级设立的官职。这些官职基本由回民担任，在这些内还组织了一定数量的民团组织，以回民民兵的形式保卫回民。
历史不能被人用来打扮
左宗棠1880年离开兰州后，左宗棠的民族政策换来了长期陕甘长期和平。直到上个世纪四十年代，甘肃河州一代的回民在解决纠纷的时候都还执行左宗棠的章程。青海地区的蒙回藏各民族仍然十分尊敬左宗棠，而极为痛恨年羹尧。但为何现在左宗棠却被人描摹得那样了，背后的原因很简单：有人在利用历史达到自己的目的。
左宗棠在西北所做的受到了极端民族主义的痛恨，然而，他的做法是对的。他要做的就是告诉所有人：不分汉回，只分良莠！