1941年1月6日发生皖南事变，桂林办事处成为国民党攻击的主要目标。1月18日毛泽东致周恩来急电：“立即转克农，桂办应立即撤退，否则克农会被拘押，克农可回延安，密码密件立刻烧尽。”在重庆的南方局书记周恩来连发数电，向李克农通报了时局的严重性，指示他在紧急疏散聚集香港的民主文化人士后，迅速撤回重庆。
年轻时的李克农
然而从桂林到重庆，国民党特务设置了严密的封锁线和关卡，要想成功突破并不容易。l月24日，李克农带着一辆小汽车和一辆卡车，满载物资和人员撤出桂林。在关卡，有个叫韦贤的上校特务检查所长，看到李克农戴有“十八”的臂徽，误认作是陈诚的“十八爷”。这样，李克农就由十八集团军秘书长阴差阳错地变成了“十八军司令部秘书长”。他大智大勇，躲过国民党特务和军队的堵截，一个多月后经贵阳胜利到达山城重庆，当李克农绘声绘色向周恩来、叶剑英、董必武讲述他们一路遇到的惊险场面以及国民党上校特务韦贤误将十八集团军当作陈诚的十八军时，大家都笑了。
李克农在西安办事处为“红小鬼”分糖果
1941年3月底；李克农返回延安，向毛泽东、朱德汇报工作后，毛泽东在杨家岭自己的窑洞里请李克农一家人吃饭。席间，毛泽东对李克农的女儿李冰开玩笑说：“你知道你父亲是干什么的吗？”20岁的李冰睁大眼睛回答：“八路军驻桂林办事处处长呗！”毛泽东哈哈大笑：“错了，错了，你爸爸是个大特务，不过是共产党的‘大特务’！”
李克农与儿子李伦在桂林