明朝的历史到了万历年间，进入了一个转折点。
万历前10年，张居政专政时期和万历亲政的头四年（万历11年到14年），朝政比较清明。士大夫的表现也没有什么可提的。
但从万历15年开始，酒色财气都占了的明神宗开始怠政，开始20多年不理朝政了。而晚明的党争也从万历中叶开始了。
万历后期开始的党争特点有三：一是党同伐异，彼此攻击，将本党的好恶变成判断是非的主要标准，二是对立的两个派别在分野之后，各自一直保持其基本阵容，直至明亡；三是融合了统治阶级内部的各种斗争。
万历时期的党争开始就是以所谓的正邪之争开始的。首先是争国本，万历因为宠爱郑贵妃，在没有嫡子的情况下迟迟不立自己的庶长子朱常洛为太子。因此朝臣们力争，经过15年，神宗最后被迫立朱常洛为太子。
国本之争的胜利，在士大夫中培植了正气。随后的几次京察（就是京官考察）和楚宗案，都是正邪之间的交手。他们之间的党争主要是争夺首辅和朝中的官员任命。
万历四十三年（1615年）五月，有一男子张差，手持木棍，闯进太子朱常洛居住的慈庆宫，击伤守门太监，太子内侍韩本用闻讯赶到，在前殿逮捕张差。在提审过程中，张差语言颠三倒四，常提到“吃斋讨封”等语。刑部提牢主王之寀认为事有蹊跷，觉得张差决不像疯癫之人。
东林党主张继续追查张差是否真疯癫，而浙党为保全郑贵妃，不主张继续追查了。但东林的王之寀去利用威逼利诱，套得张差口供。终于知道张差是受郑贵妃手下两个太监刘成，庞保指使。张差和两个太监都被处死，但调查也就此止住。梃击案，东林党获得了胜利。随后的辛巳京察中，五党大为得势，将东林党人大肆排挤出去。一直到万历死前，五党在朝廷中大占上风。
随着神宗去世，光宗即位。东林的势力重新抬头，因为东林在争国本和挺击案中对光宗的帮助很大，所以光宗大力起用东林党人。但光宗仅仅即位一月，就因为食红丸而死。
随着光宗的死，移宫案和红丸案又给东林党人提供了表现的机会。
移宫案是在光宗死后的第二天，左光斗，杨琏等人让既不是光宗正宫，也不是熹宗生母的李选侍移出乾清宫，不准他和熹宗一起居住乾清宫。因为司礼太监王安在东宫时就和李选侍不和，所以在移宫一事上王安也支持东林。《明史》中为了替东林说话，说李选侍和客，魏是一党，这是不正确的。从当时的情况看，李和客，魏并没有合作的基础。在左，杨等大臣在宫外促请，熹宗和王安在宫内催逼下，李选侍被迫移宫。虽然《明史》中说，李选侍不肯移宫是想以拥皇太子以自重，但东林逼李选侍移宫也是担心会出现武则天垂帘那样的事情（东林对李选侍在东宫时的为人和所为也有所了解，所以有此担心）当然最主要的，东林党是从维护自己集团的利益方面着想的。从当时的情况看，王安和东林在移宫中获得了胜利。
但从后面的历史发展来看，东林这些书呆子们输得很惨，因为光宗的皇后早亡，李选侍移宫后，后宫没有女主主持。熹宗因为年幼，所以只能依靠乳母客氏，客氏成了皇太后，魏忠贤成了监国。移宫这件事上，东林党鼠目寸光，只顾眼前的利益为后面自己集团毁灭张本。
移宫后，东林党人又继续清算红丸案。本来光宗的死因从现有史料看，也很难断定就是因为红丸致命，但刑部主事王之采更直指光宗之死与郑氏、光宗宠妃李氏等阴谋夺权有关。622年（天启二年），明廷将崔文升发遣南京，李可灼遣戍边疆。“红丸”一案由于各派的争斗总算草草了解，但其中的疑点并没有弄清楚。后人为此曾进行过一系列的考证和争论，但最后也都没有结果。
因为在移宫案中熹宗对东林有好感，所以从天启元年到天启4年，明朝朝政处在东林党的掌控之下。东林党继续打击浙，楚等五党，将朝中的“邪派”多数清除。