石达开回京辅政，军事节节取胜，稳定了形势，极大地鼓舞了太平军的士气，安定了人心，使天国转危为安。然而，天国的形势稍微有了转机，洪秀全又开始把斗争的目光转向内部。石达开被迫出走。然而，他的出走是“另树一帜”，还是“远征报国”呢?
1856年夏天，正当太平天国运动发展到全盛的时候，发生了天京事变。天京事变是太平天国领导集团内洪秀全、杨秀清、韦昌辉争夺天国领导权力的内讧。它给太平天国造成极其惨重的损失，断送军事上的大好形势，破坏了队伍的团结。作为农民革命领袖的洪秀全，本应从中吸取教训，以大局为重，做好队伍的团结工作。但他为保住自己的帝王位置，任人唯亲，猜忌忠直，终于又发生了逼走天国重要领导人物石达开，造成太平天国力量又一次大分裂的严重事件。
天京事变后，在天国首义诸王中，除洪秀全和石达开两人外死丧殆尽。洪秀全的威望已大大下降，无论从威望、才干来说，石达开确是辅理政务、统帅军队、安抚百姓的理想人物。洪秀全虽然已对外姓人有猜忌疑惧的私心杂念，但在当时严峻的形势下，环视满朝文武，要找一个能力挽狂澜、收拾人心、重振大局的人来，除石达开外再无他人。因此，从解救燃眉之急考虑，也不得不采取权宜之计，召石达开回京辅政。从广大群众说，刚经历过刀光血影的天京事变，谁不盼望有一个像石达开这样的人物来辅助国政，稳定局势。十一月，石达开带军从宁国经芜湖回到天京，受到天京军民的热烈欢迎，“合朝同举翼王提理政务”，洪秀全亦加封石达开为“电师通军主将义王”，命他提理政务。石达开回京辅政，军事节节取胜，稳定了形势，极大地鼓舞了太平军的士气，安定了人心，使天国转危为安。
然而，天国的形势稍微有了转机，洪秀全又开始把斗争的目光转向内部。原来，洪秀全并没有从天京事变中吸取正确的教训，杨秀清独揽大权和逼封万岁的情景不断在他眼前出现，因而他时生疑忌。尤其是石达开辅政功绩卓著，又见石达开“所部多精壮之士，军力雄厚”，对其兵权的集中更为忌讳，再加上石达开为首义之王，威望极高，这都使洪秀全深为不安。他“时有不乐之心”，日夜思虑，“深恐人占其国”，使洪氏一家一姓的天下失之旦夕。他从维护洪氏集团的统治地位出发，对石达开进行限制、排挤。遂封其长兄洪仁发为“安王”，又封其次兄洪仁达为“福王”，干预国政，以牵制石达开。洪秀全对安、福二王的封赏，由他自己直接破坏了太平天国前期非金田同谋首义、建有殊勋者不封王爵的规定，也是他组建洪氏集团控制天朝政权的开始。接着，他又“专用安、福王”，使“主军政”。在挟制、架空石达开的同时，还要夺取他的兵权，“终疑之，不授以兵事，留城中不使出”，甚至发展到对石达开有“阴图戕害之意”。这种无理的刁难、挟制和阴谋陷害，实际上使石达开已无法施展其聪明才智，已无法实现匡国辅政的志愿，石达开也对洪秀全及其集团能否继续保持太平天国和建立统一的“天朝”失去信心和希望，不禁发出“忠而见逼，死且不明”的叹息。
石达开被逼出走前，怎样对待洪氏集团的挟制和谋害，他的面前有这样几条道路：取而代之、解甲归田、叛变投敌、束手待毙、率军远征。石达开和他的亲信将领，对当时形势是非常清楚的，深知他们不可能以“愚忠”来取得洪秀全的谅解和信任。有谋士劝他从刘邦诛杀功臣韩信的历史事件中吸取教训，并提出取洪秀全而代之的建议，但石达开以“惟知效忠天王，守其臣节”，坚决予以拒绝。在当时敌我双方生死搏斗的关键时刻，解甲归田，洁身引退的路也是难以走通的，他只好把希望寄托于“唯其妖灭尽，予志复归林”。至于叛变投敌更不是他能干出来的事情，最后只好率军远征，作为解决矛盾的手段。他认为，只有这样才可以避免另一次内部残杀，以保存革命力量，还可以另辟根据地，剿除妖魔，开疆报国，这实在是石达开这个农民英雄在无力解决内部矛盾的情况下，被迫选择的惟一出路。
对石达开的出走，因限于资料，说法甚多，至今仍是一个难解的千古之谜。
一种说法认为，石达开不顾大局，私自离京搞分裂活动，是另树一帜，另立“太平安国”。石达开的出走引起了清王朝的关注，清廷驻安徽的头目四出侦察打听石达开的动向，并及时向清廷汇报。他们认为石达开“意欲自成一队”，“似欲另立旗帜”。咸丰七年(1857)七月十一日，《福兴奏据探石达开另树一帜江右吃重请增兵协剿片》中有“现据探称，该逆自与洪逆内江后，据守安庆，潜于金柱关等处粘贴伪示，解散金陵旧党，愿从军者即赴安庆，不愿者给川资剃发回籍，示尾署太平安国丁巳元年字样，其为另树一帜，已无疑义。”苏州博物馆藏有咸丰七年(1857)六月二十八日两江总督何桂清致自娱主人书中，有洪秀全“在金陵惊慌无比，求石逆回救，不惟不允，且回文改号太平安国丁巳元年。”与以上福兴奏中“示尾署太平安国丁巳元年”一致，这说明石达开另立“太平安国”说并非孤证。
另一种说法认为，石达开的出走是为了保存革命力量，挽救革命。坚持这一观点的学者不同意上述认为石达开另立“太平安国”的观点，而是主张“太平安国”与石达开毫无关系。其理由主要有三条：第一，石达开在无为州和皖南青阳县所贴告示都未署“太平安国”。在安徽省有关方志中均无“太平安国”的记载。石达开另立“太平安国”说只是孤证，实难令人信服。第二，石达开出走后，虽对太平天国的官制礼文进行更改，但始终应用“太平天国”国号，遵守太平天国的正朔。始终自称洪秀全亲封的“翼王”、“本主将”，其部属一贯呼其为“翼殿”、“翼府”、“五千岁”、“殿长”等等。另外从石达开本人及其部将遗存的文物、文告、文书来看，也说明石达开虽然分裂出走，但所承担的反清历史使命与洪秀全一直是一致的。直至晚年，石达开一如既往拥护太平天国革命宗旨，信赖尊敬洪秀全，毫无私自立国与太平天国分庭抗礼的意思。第三，石达开出走后，洪秀全对石达开的态度以及太平天国官书中对石达开的评价都没有变。天王不忘石达开的开国立功。天王、幼天王在后期所颁的诏旨中，仍对石达开亲切地称呼为“达胞”、“达叔”。可以说，石达开出走主要是出于“吾当远征报国，待异日功成归林，以表愚忠耳”。也就是，石达开的出走是为了保存革命力量，挽救革命。
上述观点各执一词，那么石达开出走的真正原因是什么呢，要想解开这一历史之谜，还需要做进一步的研究。