光绪二十六年(1900)七月，八国联军进攻北京，慈禧仓皇出逃前夕，珍妃死于宁寿宫外的玻璃井中，但珍妃是否坠井而死，一直众说纷纭。 珍妃，姓他拉氏，满洲镶红旗人，才色并茂，颇通文史，光绪十四年(1888)进宫，后晋封为珍妃。光绪帝与珍妃感情甚好，但慈禧与珍妃一直有嫌隙，后因珍妃支持光绪戊戌变法，受到慈禧太后怨恨，最后在光绪二十六年(1900)七月，八国联军进攻北京、慈禧仓皇出逃前夕，将珍妃溺死于宁寿宫外的井中，但珍妃是否坠井而死，一直众说纷纭。
第一种说法，珍妃生了天花，慈禧不得已派人把珍妃推下井。这一说法主要来自太监小德张过继孙张仲忱在《我的祖父小德张》一文中的叙述。他转述了小德张的回忆。据他回忆，小德张谈起珍妃时说，当年八国联军进城后，慈禧也来到了御花园旁，在养心斋前换上了便装。各宫妃嫔陆续到来，光绪皇帝也由瀛台过来，换上了青衣小帽。这时，慈禧把珍妃叫来，让她换好衣服一起走。此时的珍妃已被囚禁了整整三年。不大一会，珍妃披散着头发，穿着旗袍来了。老祖宗大怒说：“到这时候了，你还装模作样，洋人进来，你活得了吗?赶紧换衣服走!”珍妃说：“皇阿玛，奴才面出天花，身染重病，两腿酸软，实在走不了，让我出宫回娘家避难去吧!”慈禧不同意，仍然叫她走，珍妃跪在地上就是不走。这就为慈禧把珍妃扔到井里提供了借口，因为珍妃生了天花没体力逃难，投井是不得已而为之……
第二种说法，慈禧遣人杀害说。庚子之乱，八国联军即将打进北京城，此时珍妃已在西二长街百子门内牢院中囚禁六年，就在慈禧仓皇“西狩”前夕，托宫女带信给姐姐瑾妃，让她无论如何想办法留住皇帝在京主持大局。言外之意是可借机摆脱太后控制，收回权柄。谁知所托非人，信件落入二总管崔玉贵之手，转呈给了慈禧。于是慈禧盛怒之下，令其自尽，珍妃不从，才由崔玉贵将她沉入井中。另据《清朝野史大观》记载，八国联军兵临城下，慈禧等人收拾行装准备逃出紫禁城，珍妃进言说皇上是一国之君，应该留京，太后一怒之下命李莲英将其推入宁寿宫外大井中。
但这里有一个问题，即珍妃究竟因何被囚禁，是因为她“赞襄新政”吗?通过正史野乘，可以得出结论，她之被囚，绝非因为“赞襄新政”。从时间上来说，她之被囚在光绪二十年，而戊戌变法迟至四年之后的光绪二十四年才发生，她虽生长在得风气之先的广州，并受教于文廷式，但思想也不会先进到康梁的程度吧?如果她在光绪二十年即因“赞襄新政”被囚，岂不成了康梁之前驱，吾国思想与革命之启蒙者?珍妃利用光绪卖官鬻爵是事实，但她对慈禧的揽权干政，使光绪不得一展抱负的不满，也是显然的。慈禧之杀珍妃，不是因她“习尚奢华”，“屡有乞请”，也不是因她“赞襄新政”，而是因为她策划使光绪留京。光绪若能留京主持大局，则慈禧“西狩”便成流放，永无回京之望!
第三种说法，珍妃自己投井自杀。这一说法主要来自当事人的口碑资料。据《我所知道的慈禧太后》一书记载，隆裕曾经告诉作者的爷爷，说：“很多人都说是我嫉妒告她黑状，所以老太后派人把她推到井里去了。其实事情是这样的：当时被八国联军打败后，洋人军队打到了北京。在完全没有取胜希望的情况下，老太后西行。当时的情况非常紧急，因为谁也不清楚这帮洋人最后会干什么，会不会像烧圆明园那样，把紫禁城也烧了?当然西行带不了那么多人，因为人多了就会成为负担。但是因为当时光绪是皇帝，而我是皇后，同时又是老太后的亲侄女，要带也只能带我和皇上走。而其他的一些亲属就地回娘家躲避，妃子们也不例外。可是当时的珍妃非常气盛，不服从老太后的指挥，并当场顶撞了老太后。在那个紧急时刻，珍妃一直对老太后说：‘我是光绪的妻子，我要跟着去。您有偏见，皇后是您的侄女，所以您带她走。所以我也请求你带我走。’这就让老太后非常难堪。从另外一层上讲，本来老太后就对珍妃平日的作为有点不高兴，再加上这些紧急时刻的顶撞，老太后气得脸色发白，直打哆嗦。在皇宫里，大清朝几百年来从来没有人敢于这么顶撞太后，即便是皇上都从来没有过，何况一个珍妃。老太后也是一个非常要脸面的人，所以气得当时抬脚就走，珍妃一直跟着老太后说自己的理由，于是就来到了距离珍妃住所不远处。珍妃这时候还不死心，对太后说：‘我是光绪的妻子，就要跟皇上在一起，不在一起，宁愿死。活着是皇家人，死了是皇家鬼。’老太后一听，就更加生气，本来火烧眉毛的事情，哪还有时间吵架啊，于是就对珍妃说：‘你愿意死就死去吧。’当时离说话的地方不远处就有一眼井，于是珍妃紧走两步，说：‘那既然这样，我就死给你看。’于是直接就奔井口去了。老太后一看情况不对，这孩子跟我顶撞两句，怎么还真的去死啊。于是对崔玉贵说：‘赶紧去拉住她。’但是这个时候已经晚了，当崔玉贵跑过去的时候，珍妃已经跳下去了。老太后一看没办法了，内忧外患啊，于是没来得及管她，就走了。”
据此，此书指出，珍妃不是慈禧杀的，那些传言都是错误的。其实事情远远不像人们想像的那样，因为慈禧和珍妃都死了，所以人们就随意把一些屎盆子尿盆子都扣到了慈禧的脑袋上。与其他观点不同的是，此书的作者甚至指出，因为珍妃非常有才干，又非常聪明漂亮，所以慈禧非常喜欢珍妃。在慈禧看来，珍妃就是一个年轻的慈禧，这些都让慈禧对珍妃有着一种别样的感情。
珍妃之死无疑是清代后宫又一未解之谜，珍妃之死，正史的记录都语焉不详。野史和口述史料的记录详细，但可信度不及正史，且版本很多。自杀还是他杀至今仍不得解。