1085年，神宗去世，皇太子赵煦即位，改元元佑。从此，太皇太后高氏垂帘听政，掌握大权达8年之久。
哲宗登基时，只有10岁，由高太皇太后执政。高太皇太后执政后，任用保守派大官司马光为宰相，“凡熙宁以来政事弗便者，次第罢之”。司马光上台后，不顾一切尽罢新法(熙宁变法)，“举而仰听于太皇太后”。宋哲宗对此感到不满。
元佑八年(1093年)，高太皇太后去世，哲宗亲政。哲宗亲政后表明绍述，追贬司马光，并贬谪苏轼、苏辙等旧党党人于岭南(今广西、广东、海南)，接着重用革新派如章惇、曾布等，恢复王安石变法中的保甲法、免役法、青苗法等，减轻农民负担，使国势有所起色。次年改元“绍圣”，并停止与西夏谈判，多次出兵讨伐西夏，迫使西夏向宋朝乞和。元符三年正月十二(1100年2月23日)病逝于汴京(今河南开封)。
哲宗是北宋较有作为的皇帝。不过在新党与旧党之间的党争始终未能获得解决，反而在宋哲宗当政期间激化，多少造成朝廷的动荡。
哲宗亲政后，召回章惇，章惇曾是神宗变法时的重要人物，他上任后，力图改革，使宋朝焕发出前所未有的生机。
章惇，字子厚，浦城人。他博学善文，考进士时，其名次在侄子章衡之下，深以为耻，在竞争异常激烈的情况下居然再次参考。一次，章惇与苏轼外出游玩，走到一个深潭边，见潭下临万仞绝壁，有根木头横在上面。章惇请苏轼到绝壁上去题字，苏轼见绝壁下深不见底，当即摇头，连说不敢。章惇却从容地吊下绳索攀着树下去，在壁上大书：“苏轼章惇来。”上来后竟然是面不改色，神采依旧。苏轼拍拍他的肩膀说：“君他日必能杀人。”章惇问为什么，苏轼说：“能自判命者，能杀人也。”章惇听罢，哈哈大笑。
熙宁初，章惇得王安石赏识，被委以要职。后来，高太后和司马光废除新法，章惇与他们的冲突就越来越激烈，甚至还与司马光在高太后帘前争论，言辞极为尖锐。高太后大怒，刘挚、朱光庭和王岩叟等人趁机上奏指责章惇，章惇被贬出朝廷。
新党对旧党的报复性打击与哲宗的鼎力支持是分不开的。哲宗不满司马光的“以母改子”，不满元佑旧臣早年对他的冷落，更不满高太后对他的种种压抑，因此，对旧党的仇恨心理不亚于元佑时被打击的新党。绍圣初，逢郊祀大礼，朝廷要颁布大赦诏令，通常连死囚都免去死刑。有大臣请示哲宗，可否赦免贬谪的旧党官员，哲宗回答得极为干脆，说决不可以。
绍圣四年(1097)，有人建议让谪居岭南的刘挚等人“稍徙善地”，以“感召和气”，哲宗却说：“刘挚等安可徙!”连在岭南附近做些调动也不允许。而对于王岩叟，哲宗指责他当初贬蔡确时，实际上是将矛头对准自己，用心极险恶，也就更加痛恨他。哲宗的这些言行相当于宣判了旧党人政治上的死刑，至少在哲宗统治时期，他们永无翻身之日。事实上，在哲宗初年，新党和旧党在变法的态度上都有所转变(司马光除外)。
如苏轼在给朋友的信中就表露出对神宗变法初期他的一些偏激言行的反思和自责，认为新法是有一定效果的。新党中章惇等人也曾指出新法中有许多弊端需要改正。
两派都看到了新法的利和弊，假如执政者能调和两派矛盾，消弭冲突，因势利导，北宋的政治或许会有转机。但很不幸的是，高太后的垂帘和司马光的上台使得党争激烈化，导致了绍圣后哲宗和新党的反扑，甚至连哲宗的孟皇后也不能幸免，成为党争的牺牲品。