一、发生射精疼痛往往是参与射精过程的有关器官和组织可能患有某种疾病的重要信号，应当引起重视。发生射精疼痛的原因，首当其冲的当属泌尿生殖器官炎症。如膀胱、尿道、精囊、精索、前列腺等炎症，由于炎症刺激，造成了这些器官的充血、水肿，射精时便会疼痛。
二、射精疼痛的出现也可能是泌尿生殖器官的其他病变，如附睾、精囊、输精管、前列腺或后尿道等处的肿瘤，射精时由于其管道被肿瘤阻塞，可引起局部疼痛；尿道狭窄时会阻碍精液的排出，射精时则会引起会阴和阴茎的胀痛；阴茎硬结症者、严重包茎者，射精时会因阴茎的勃起与尿道的收缩而疼痛，这类疼痛只要及时予以相应的治疗处理便会逐渐消失。
三、男性在性生活中出现射精疼痛是一种很常见的现象，尤其是位于输精管开口处附近的精阜，发炎后极易引起射精疼痛。除了找医生治疗外，应戒烟、酒，忌辛、辣，并暂停性交，以减少局部充血及射精引起的疼痛刺激。射精疼痛的其次原因是泌尿生殖系统结石。
射精疼痛的危害：
1、性生活受影响。有时候男性射精疼痛是因为性交次数过多或过于兴奋，而射精疼痛会让性生活的质量下降。
2、引发疾病。有时候射精疼痛是由于一些疾病引发的，如尿结石、生殖器长肿瘤、尿道狭窄、阴茎硬结症等。
3、导致男性不育。射精疼痛如果发展严重，会导致男性不育。