据了解，菊花茶中含有的微量脂肪含量仅为0.9%，与菊花中的黄酮共同作用，有清热解毒的作用。但是有研究显示，菊花茶中的微量脂肪有可能让人体发寒，使免疫力下降。有些茶饮属清热解毒的药性，应该是在感冒或是感染期中饮用，如平时喝太多，会让体质越来越虚寒。菊花茶即属寒性，对中医所指的“阳虚体质”就不太合适，不能长期大量饮用。此外，有过敏体质的人如果想喝菊花茶，应先泡一两朵试试，如果没问题再多泡。
菊花是国际上著名的十大有毒观赏花卉之一，不适当的服用可能会引起拉肚子、呕吐等症状，而菊花作为植物，本身的叶子等也有一定的毒性，直接服用其生的叶梗或皮肤接触后可能会引起瘙痒、肿痛、喉痛等症状。
高血压病患者按中医辨证可有多种证型，属于阴虚阳亢型者用菊花最好。属于阴阳两虚型者则不宜用寒凉的菊花，只宜用培补阳气，滋养肾阴的药，治疗这一证型的病人多用温热的党参、黄芪、杜仲、熟地等，用之则血压回归正常。若用菊花、钩藤、石决明等，血压则居高不降。另外，痰湿型、血瘀型高血压病患者也不宜用菊花。滥用菊花治疗高血压病的现象较普遍，应对其不良反应引起重视。