对茶的性味，《新修本草》作“味甘、苦、微寒、无毒”解；《本草纲目》改为“味苦、甘、微寒、无毒”。虽然只调换了两个字的位置，但却符合了茶先苦后甘的实际味道。中医理论一般论为，甘者补，而苦者泻，可见茶是兼顾了补与泻的良药。
李时珍认为饮茶要因人而异，因时而宜，因季而变，切不可乱饮之。他在《本草纲目》中介绍其作用时，特别强调“茶苦而寒，阴中之阴。沉也，降也，明能降火。火为百病，火降则上清矣。”又进一步解释说：“若少壮胃健之人，心肺脾胃之火多盛，故与茶相宜。
温饮则火因寒气而下降，热饮则茶借火气而升散，又兼解酒食之毒，使人神思清爽不昏不睡，此茶之功也。若虚寒及血弱之人，饮之既久，则脾胃恶寒，元气暗损，饮之即觉为害，不痞闷呕恶，即腹内洞泄。故备储说，以警同好。”李时珍还十分重视茶叶的治病作用，其在《本草纲目》中也记载了20余首。